Филарет был по складу своему чисто светский государственный человек, гонимый со всем своим родом Борисом Годуновым. Вполне понятно, что он свое освобождение из Соловецкого заключения Лжедимитрием I принял с радостью. Видимость политического переворота была феерической. Лжедимитрий I признан был всей боярской Москвой, иерархией и народом. Назначение Филарета митрополитом в Ростов было по форме соборным, каноничным и регулярным иерархическим актом. Теперь, при втором Самозванце положение резко изменилось. Ни у одного государственного человека не было сомнения в подложности Лжедимитрия II. Его именем все только вели политическую игру. Взятый в плен Филарет на этот грубый компромисс сдался наряду с другими и — можно думать — не без сознательного сговора и умысла. И в конце концов он вышел из этих тисков на доблестную патриотическую дорогу. Но в Тушине его заставили именоваться «нареченным патриархом», что было совсем неканонично при живом патриархе Ермогене. Известна грамота митр. Филарета, как «нареченного патриарха» в область Суздальскую, которая была неподвластна ему, как Ростовскому митрополиту. Разумный благонамеренный компромисс и внутреннее патриотическое настроение в то время в силу необходимости переплетались. Не избежали этих компромиссов и Троице-Сергиева Лавра и ее деятельный келарь Авраамий (в мире служилый человек Аверкий Иванович Палицын). Им приходилось иметь дело с властями, зависевшими не от легального московского правительства, а от Тушинского Вора, или от авантюривших с ним казаков. Казаки господствовали в подмосковной области, где само Тушино экономически принадлежало к имениям Лавры. Но в решающую минуту Лавра явила себя мучеником и героем православного русского царства. 23-го сентября 1608 г. навалились на нее поляки, а 12-го января 1610 г. отвалились. 16 месяцев держали ее в осаде, но взять не смогли. У поляков было около 15.000 войска (сообщение Авраамия Палицына о 30.000 преувеличено), а у осажденных менее 2.400 человек. Из них к последнему штурму 31-го июля 1609 г. осталось в живых менее 200 человек. И все-таки штурм был отбит. Дух осажденных, поддерживаемый многократными видениями во сне и наяву преподобных Сергия и Никона, был неизмеримо выше развратного и грабительского духа банд Сапеги и Лисовского. В конце концов банды бежали от наступавшей с севера армии кн. Михаила Васильевича Скопин-Шуйского.
Идейный смысл героического противостояния Лавры врагу был с самого начала выражен в соборном ответе соборных властей Лавры на предложение врагов о сдаче. Собор Лавры писал: «Да весть ваше темное державство, гордии начальницы, Сапега и Лисовский и прочая ваша дружина, — вскую нас прельщаете, Христово стадо православных христиан… — како вечную оставити нам святую истинную свою православную христианскую веру греческаго закона и покоритися новым отпадшим христианския веры, иже прокляты быша от четырех вселенских патриарх? Или кое приобретение и почесть еже оставити нам своего православнаго государя царя, покоритися ложному врагу и вам — латыне иноверным и быти нам яко жидом или горше сих. Они бо — жидове, не познавше Господа своего, распяша; нам же, знающим своего православнаго государя, под их же царскою христианскою властию от прародителей наших родихомся в винограде истиннаго пастыря Христа, како оставити нам повелеваете христианскаго царя и ложною ласкою и тщетною лестию и суетным богатством прельстити нас хощете? Но ни всего мира не хощем богатства противу своего крестнаго целования». Тут в наивных и не вполне грамотных формах выразился высокий, духовно-аристократический тон православно-национального самосознания, до которого часто далеко было грубым народным низам, увлекаемым ворами приманками грабежа. Троицкая Лавра своим доблестным стоянием стала светочем и примером для народа, начавшего опоминаться от хмеля самозванчества и стекаться в земские ополчения для освобождения своей земли от иноземцев.
Легальная царская власть в лице царя В. Шуйского не могла приобрести авторитета, собирающего вокруг себя народ. Боярские партии в большинстве были против Шуйского. Вскоре они повернули расчеты на иностранные династии: польскую и даже шведскую. Средние сословия и низы соблазнялись от близости к Москве Тушина. Тушинцы свободно приходили на окраины Москвы. Там смута разлагала существующий порядок. Начались открытые восстания против царя В. Шуйского. 17.11.1609 г. произошла первая попытка свержения Шуйского. Царя и патриарха Ермогена толпа вытребовала выйти на Лобное место Красной площади. Своей речью патриарх смог рассеять разные клеветы, внушенные тушинцами, и призвать народ к верности его крестному целованию.