Но в русском стане шли свои раздоры и свое разложение. Прокопия Ляпунова убили. Казачий вождь Заруцкий поднял опять знамя Самозванчества на имя сына Марины, еще ребенка.
Слыша все это, Ермоген в августе 1611 г. нашел пути передать свои указания. Его конспиративное письмо к нижегородцам звучит так: «пишите в Казань к митр. Ефрему. Пусть пошлет в полки к боярам и к казацкому войску учительную грамоту, чтобы они стояли крепко за веру и не принимали Маринкина сына на царство. Я не благословляю. Да и в Вологду пишите к властям о том и к Рязанскому владыке. Пусть пошлет в полки учительную грамоту к боярам, чтобы унимали грабеж, сохраняли братство и, как обещались, положить души свои за дом Пречистой и за чудотворцев и за веру, так бы и совершили. Да и во все города пишите, что сына Маринкина отнюдь не надо на царство. Везде говорите моим именем». Это были последние распоряжения святителя Ермогена. Он скончался 17-го января 1612 г. Ослабевшее после убийства Ляпунова ополчение еще не смогло освободить Москвы и патриарха. Уже современники событий начали понимать героичность поведения Ермогена. Это отразилось в близких по времени свидетельствах. Они величают Ермогена «мужем, зело премудростию украшенным и в книжном учении изящным и в чистоте жития известным; противу врагов крепким и непоколебимым стоятелем, твердым адамантом, непоколебимым столпом, крепким поборником по православной истинной христианской вере, новым исповедником, вторым великим Златоустом, исправляющим несумненно, безо всякого страха, слова Христовы, истины обличителем на предателей и раззорителей христианской веры». Но то было время горьких и болезненных разделений и беспощадной партийной взаимокритики. В таком порядке анонимный автор одного хронографа сообщает нам и о недостатках Ермогена: «1) нравом груб, немилостив к наказанным из духовенства, доверчив к льстецам и лукавым; 2) «к царю Василию строптиво, а не благолепно беседоваше всегда», не совещался с ним «отчелюбно». 3) «Поздно захотел показать себя непреоборимым пастырем» (т. е. когда Москва по низвержении Василия была уже в руках мятежников). Тут автор передает молву, что Ермоген был уморен голодом. Однако, и этот неблагосклонный свидетель признает, что Ермоген «бысть словесен муж и хитроречив, но не сладкогласен; о божественных же словесех всегда упражняшеся, и вся книги Ветхаго Завета и Новые Благодати, и Уставы церковные и Правила законные до конца извыче». При патриархе Никоне мощи патр. Ермогена из Чудова монастыря были перенесены в Успенский собор, где они и оставались до его канонизации в 1913 г. по случаю трехсотлетия дома Романовых. В момент революции 1917 г. подвальное помещение в Чудовом монастыре, где сидел арестованный патр. Ермоген, переделывалось в благолепную церковку в предположении перенесения туда гробницы патр. Ермогена. Но теперь и самые здания Чудова монастыря разрушены до основания.
Польская партия, вероятно, довольна была исчезновением бунтующего Ермогена и вместо него на патриаршество имела готового кандидата в лице Игнатия, в свое время соборно свергнутого, но бесшумно проживавшего в том же Чудовом монастыре. Игнатий принял это неканоническое восстановление. Он совершал пасхальные богослужения 1611 г. Но сам понимал каноническую фальшивость своего положения, как лишенный собором не только своего звания, но и сана. Через некоторое время, воспользовавшись своей личной свободой, он бежал в Литву. Там он, вероятно в силу давнего тайного сговора, принял господствовавшую русскую унию. Жил он там сначала в Виленском Троицком монастыре, захваченном униатами. (В ХIХ веке тут помещалась православная литовская семинария). Но фигура Игнатия нужна была для продолжавшейся политической игры Сигизмунда III против России. Поэтому Сигизмунд пожаловал Игнатия особым поместьем, где тот и проживал, как магнат. Когда в 1616 г. Владислав, воюя уже с Михаилом Романовым, замышлял свой неудавшийся поход на Москву, он писал в своем манифесте: «мы нашим царским походом спешим к Москве, а с нами будут п. Игнатий да архиепископ Смоленский Сергий (забранный в плен в заложники вместе с м. Филаретом). Игнатий прожил еще долго под протекторатом Польши. Он умер в 1640 г. Его могила в Вильно, в Троицком монастыре.
Влияние подвига патриарха Ермогена
Продолжавшаяся Смута, вести о сожжении Москвы поляками, держание ими в своих руках Кремля и заключенного в нем патриарха все более волновали русское население, будили и подымали в нем национально-патриотическое сознание. Троице-Сергиева Лавра стала во главе агитации. Настоятель ее, архимандрит Дионисий, бывший игуменом Старицкого монастыря, где он покоил сосланного патриарха Иова. Здесь он был другом патр. Ермогена и благожелательным советником и защитником царя Василия Шуйского. В момент связанности арестом патр. Ермогена, Дионисий вместе с Авраамием Палицыным рассылали во все стороны одно за другим агитационные послания, высоко патриотические и трогательные. В них описывалась несчастная судьба первопрестольной Москвы, неволя патриарха Ермогена, призывались русские люди восстать против врагов за веру и отечество. «Праведным судом Божиим, за умножение грехов всего православного христианства в прошлых годах учинилось в московском государстве междоусобие, не только вообще между народом христианским, но и между близкими родственниками: отец восстал на сына, сын на отца и пролилась родная кровь». Осведомлялись дальше русские люди, как собираются и движутся освободительные рати, и все призываются спешить им на помощь. «Вспомните, православные, что все мы родились от христианских родителей, знаменались печатью, св. крещением, обещались веровать во Св. Единосущную Троицу. И, возложив упование на силу Животворящего Креста, Бога ради покажите свой подвиг: молите своих служилых людей, чтобы всем православным христианам быть в соединении и стать сообща против наших предателей и против вечных врагов Креста Христова — польских и литовских людей. Сами видите, сколько погубили они христиан во всех городах, которыми завладели, и какое разорение учинили в Московском государстве.