Но эти искупительные милости за неправедно причиненные страдания ничуть не свидетельствовали о широте взглядов п. Филарета. Психологически и умственно он был на уровне московских консерваторов. Так, он не решился вычеркнуть добавку в чине водоосвящения: «и огнем». Он велел впредь печатать без перемен, но с примечанием к этому месту: «быть сему глаголанию до соборного указу». Пользуясь присутствием патр. Феофана, Филарет просил его перед отъездом в феврале 1620 г., прислать за подписью всех патриархов ряд выписок из древних Требников. Патриарх ехал медленно, надолго останавливаясь в Киеве, в Валахии. Тем временем Наседка, для воздействия на московское общественное мнение, написал обширную апологию в 40 главах своей поправки без задиристой полемики в спокойном духе. Лишь через 5 лет, в апреле 1625 г., пришел отклик с медлительного Востока. Прибыл от патриархов Иерусалимского и Александрийского посланец с письмами, отвергавшими «и огнем». Лишь в декабре 1625 г. Филарет указал отобрать старые тексты, замарать в них «и огнем» и сделать разъяснительное примечание на поле.
Другим злободневным вопросом, которому патр. Филарет уделил особое, близкое его сердцу внимание — был вопрос о чиноприеме в православие и чистых латинян, и униатов, и вообще «ляхов и литовских людей», крещенных не в три погружения. Принимать, но каким чином? Первым ли: — через перекрещивание; вторым ли: — через миропомазание; или третьим: — через покаяние? Патр. Филарет, настрадавшийся от поляков и не имевший никакого богословского образования, склонен был занять самую крайнюю нетерпимую позицию. Если в прошлом конфликте с местоблюстителем м. Ионой он оказался как бы либералом, то в данном случае он превзошел Иону своим крайним консерватизмом. До сведения Филарета дошло донесение двух московских священников, что митр. Иона не велел им крестить принявших православие ляхов, Яна Слободского и Матфея Свентицкого, а, миропомазав, допустить к св. причащению. Делалась ссылка по указанию Ионы на древнерусскую практику по Вопрошанию Кирика к Нифонту. Патриарх вызвал к себе на объяснение м. Иону и упрекал его, что Иона якобы вводит нечто новое, не приказывая перекрещивать латинян. Чтобы подавить Иону авторитетом, патриарх поставил вопрос на повестку очередного пленума освященного собора 16.Χ. 1620 г. С обвинительной речью на нем выступил сам Филарет, доказывая, что еретическое крещение не есть крашение, но «паче осквернение». Вот патр. Игнатий за то и низвергнут, что не крестил Марину. Патр. Ермоген требовал крещения королевича Владислава. В ту пору по приказу Ермогена Филарет сам изучал канонические правила и убедился, что все еретики не имеют действительного крещения. Вся богословская логика патр. Филарета свидетельствует о страшном понижении уровня знаний у тогдашней русской иерархии и особенно у самого Филарета от страстного озлобления на латино-поляков. Патр. Филарет говорил: «латиняне — папежники суть сквернейшие и лютейшие из всех еретиков, ибо они приняли в свой закон проклятые ереси всех древних, эллинских, жидовских, агарянских и еретических вер, и со всеми погаными язычниками, со всеми проклятыми еретиками обще все мудрствуют и действуют». И обращаясь к Ионе, Филарет задавал вопрос: «как же ты начинаешь вводить в царствующем граде противное правилам св. апостолов и св. отцов и велишь принимать латинян, сущих аки псов и ведомых врагов Божиих, не через крещение, а только через миропомазание, а потом допускать их к св. причастию и венчать на русских дщерях? Почему не хочешь быть единомысленным со всем освященным собором рус. церкви? Ты прельстился умом и ищешь хвалы и чести от отверженных от Христовой церкви. А я о таковой, вводимой тобою еретической прелести и слышать не хочу и по святым правилам запрещаю тебе служить литургию до большого собора». Ученая диалектика у Филарета и у его собора была такова. В 96-м правиле VI Вселенский Собор (т. е. Трулльский), обобщая нормы воссоединения с церковью еретиков, одних из них (ариан, македониан, новатиан) предписывает присоединять через миропомазание; других, более чуждых — через крещение: таковы — павлиане, евномиане, монтанисты, манихеи, валентиане, маркиониты. Но Филарету угодно причислять латинян к этой последней категории, ибо ему кажется, что «в латинских ересех все те ереси есть — суть». Ссылку на Кирика он отклоняет, как относящуюся к древниим временам, когда латинские ереси еще не выросли. «Последи того у латинян многие ереси учинилися, а после седми вселенских соборов Сергий патриарх со всеми вселенскими патриархи и со всем освященным собором папежев — римских еретиков из поминовения извергоша и конечному проклятию предаша». И далее, не стесняясь никакими архивно-историческими справками, просто, так сказать, на глазомер, Филарет заявляет: «в нашем московском государстве, с самого его основания, никогда не бывало, чтобы еретиков латинян и других еретиков не крестили». Подсудимому Ионе велено было выслушать записку, составленную Ермогеном и дополненную Филаретом. В собранных цитатах, конечно, не говорилось о латинянах, а только о древних ересях, но записка произвольно и максимально утверждает, что латинство есть итог и хранилище решительно всех древних ересей. Признаки и доказательства берутся без всякой системы главным образом из поверхности латинства и даже из протестантства и новых сект его, т. е. из всего западного христианства. Латиняне якобы переняли: 1) субботний пост в четыредесятницу от мелхиседекиан, жидов, армян; оттуда же — дозволение есть сыр и яйца по воскресеньям великого поста, и, конечно, целогоднее празднование субботы; 2) безбрачие духовенства взяли у монтанистов, равно и случаи совпадения христианской Пасхи с иудейской; 3) обливательное крещение заимствовали от евномиан (?); 4) от ариан — крещение в одно погружение и запрещение молитв за умерших. Последние два обвинения явно относятся к крайнему современному виду протестантизма, — к социнианству.