Патр. Филарет долгое время не запрещал употребления церковно-славянских книг, богослужебных и учительных, вышедших из типографий Львовской, Виленской, Супрасльской, Киево-Печерской и др. Издания эти давно расходились в Московских пределах и стояли на полках библиотек у самих патриархов. Но в 1627 г. Филарет испугался этой бесконтрольности и решил применить к ним особую, строгую цензуру.
И в самой Киево-Литовской Руси шли споры о некоторых книгах. Так, игумен Московского Никитского монастыря Афанасий, по происхождению киевлянин, наблюдая широкое распространение в Москве «Учительного Евангелия» Кирилла Ставровецкого, по школьно-латинскому прозванию Транквиллиона, написал патриарху, что книга эта уже осуждена в Киеве собором, а посему «всякому верному христианину и в доме держати и чести не достоит…» Царь и патриарх просили Афанасия составить доклад, указав и подчеркнув все еретические и неправильные места. Параллельно ту же задачу богословской критики возложили и на московских богословов: Богоявленского игумена Илию и протопопа Ивана Наседку. Эти оказались еще более придирчивыми критиками и изложили свои замечания обстоятельно в 61 пунктах. В результате, в циркулярном указе царя и патриарха объявлялось всем, что в Учительном Евангелии «сыскались многие ереси и супротивства древним Учительным Евангелиям и иным св. отец божественным книгам». Отсюда практический вывод. Во всех городах разыскать книги этого автора «собрати и на пожарех сжечь, чтобы та ересъ и смута в мире не была». По этому же поводу и в этом же указе сделано еще более широкое и строгое обобщение, чтобы впредь никто никаких книг литовской печати и литовской рукописи не покупал, а кто «учнет литовские книги какие-нибудь покупати, тем быть от царя в великом градском наказании, а от патриарха в проклятии». 4.ХII.1627 г. в Москве всенародно сожжено было «за слог еретический и составы, обличившиеся в книге» 60 экземпляров Уч. Евангелия Транквиллиона. После этого пред патр. Филаретом встал вопрос о генеральной чистке от книг литовской печати. В 1628 г. царь и патриарх вновь приказали произвести по всем церквам точную перепись: а) сколько в каждой церкви книг московской печати и литовской?; б) от каких годов печати идут литовские книги?; в) не останутся ли церкви без пения, если все литовские книги отобрать? и г) церкви извещались, что решение царя и патриарха твердое, — что на место отобранных будут высланы книги московской печати, а литовские дозволялось держать лишь по нужде до получения новых, «чтобы в церквах без пения не было»; д) требовалось заявление о литовских книгах и от всех решительно граждан в ожидании указа, как в дальнейшем поступать с ними.
Эта полоса гонений на литовскую печать встречалась с другой деликатной задачей гостеприимства гонимых за православие книжных людей, бегущих из Польши под московский протекторат. Эти люди были друзьями православия, но иной, частично латинизированной школы. Таков пример новонаписанной в Литве книги, которую в 1626 г. привез с собой в рукописном виде, как беженец из Вильны, прот. Лаврентий Тустановский (по греческому прозванию Зизаний), брат известного борца против унии, в Вильне, Стефана Зизания [6]. На границу в Путивль Лаврентий Зизаний прибыл с двумя сыновьями и объявил воеводе, что идет в Москву бить челом о милостивом приеме, ибо из Ярослава (Галицкого) поляки его выгнали, церковь его разорили и все имение у него отняли. Он привез из Киева письма к царю и патриарху от православного Киевского митрополита Иова Борецкого (1619-1631 гг.). Он был принят с честью. Выразил желание, чтобы здесь была напечатана новая составленная им книга «Катехизис». И название и форма вероизложения были для Москвы новинкой. Почуяв напряженно-критическую атмосферу Москвы, Лаврентий понял, что книга обречена здесь на строгую цензуру. Посему, представляя рукопись Катехизиса патр. Филарету, Лаврентий прежде всего «бил челом государю, святейшему патриарху, чтоб книгу исправити». Патр. Филарет отдал катехизис своим компетентным специалистам: игумену Илии и Григорию Онисимову, осведомленным в греческом языке. Видимо, и директива сверху была благосклонна и замечания цензоров были сравнительно легкими, ибо патриарх вскоре распорядился отдать катехизис в печать, а по напечатании пожертвовал все это издание в распоряжение автора. Явно это была форма милостыни гонимому за православие русскому собрату из Литвы. А об исправленных местах уже по напечатании указано было обменяться мнениями в своеобразном богословском диспуте между представителями двух школ — киевской и московской: «поговорити с ним любовным обычаем и смирением нрава».