После захвата армянскими войсками Шуши и Лачина в начале июня 1992 г. были проведены очередные организационные изменения. Начальник генштаба генерал-майор Шахин Мусаев, и на его место 25 мая 1992 г. был назначен генерал-лейтенант Валех Баршадлы. Вообще странно, что генерал Валех Баршадлы согласился работать с правительством НФА, когда сами руководители НФА не давали ему осенью 1991 г. толком работать в должности министра. Была создана 706-я МСБР для обороны Губадлинского района, командиром был назначен полковник Нусрет Намазов. Также была создана 705-я бригада в Нахичевани. Были созданы 896-й МСП в Джебраильском районе, командир полковник-лейтенант Гейдар Пириев, 865-й МСП в Зангеланском районе, командир полковник Фирудин Шабанов. В июле 1992 г. вместо полковника Исы Гасымова командиром 702-й МСБР был назначен полковник-лейтенант Эмиль Касимов.
В августе 1992 г. были созданы армейские корпусы. 1-й АК занимал оборону на госгранице Азербайджана и Армении по линии Дашкесан – Газах, командиром был назначен генерал-майор Дадаш Рзаев. 2-й АК включал в себя всю Карабахскую зону (Кельбаджар, Гёранбой, Агдере, Тертер, Агдам, Агджабеди, Мартуни, Физули, Джебраиль, Губадлы, Лачин, Зангелан). Командиром 2-го АК был назначен Сурет Гусейнов, начальником штаба 2-го АК был назначен полковник Ильхам Асланов. Приказом министра обороны Рагима Газиева, были расформированы все местные отряды (батальоны) самообороны, с переходом всего личного состава и вооружения в ряды Вооруженных сил. Целью этих реорганизаций было включить все имеющиеся силы в состав Министерства обороны и объединить под единым командованием.
В начале сентября армянские войска провели удачную наступательную операцию на Агдамском направлении, захватив шесть сел. После этого 4 сентября 1992 г. генерал-лейтенант Валех Баршадлы был снят с должности начальника генштаба. На его место был назначен полковник Нуреддин Садыхов с присвоением ему звания генерал-майора. До этого он работал заместителем начальника генштаба. В СА был старшим преподавателем разведывательного факультета Военной академии им. Фрунзе. Также был снят со своей должности командир 708-й ОТБР полковник Эльхан Оруджев. Командиром 708-й ОТБР был назначен полковник-лейтенант Талыб Мамедов. После неудачного наступления на Лачин в октябре 1992 г. командиром 706-й МСБР был назначен полковник-лейтенант Расим Мухтаров. В ноябре 1992 г. полковнику Задиру Рзаеву было присвоено звание генерал-майора, и он был назначен заместителем командира 2-го АК. Командиром 701-й МСБР был назначен полковник Азизага Гани-заде. На базе 820-го МСП (Ленкоранский полк) была вновь создана 704-я МСБР, командиром был назначен полковник-лейтенант Микаил Гаджиев. Зоной ответственности 704-й МСБР было выделено направление Агдажбеди – Мартуни. Командиром 702-й МСБР вместо полковник-лейтенанта Эмиля Касимова был назначен полковник Мурад Гамидов.
Таким образом, к началу 1993 г. организационная структура азербайджанских войск в Карабахской зоне выглядела следующим образом:
– 701-я МСБР (север Лачинского района), полковник Азизага Гани-заде;
– 703-я МСБР (Агдеринский район), полковник Наджмеддин Садыхов;
– 708-я ОТБР (Агдамский район), полковник Талыб Мамедов;
– 704-я МСБР (Мартунинский район), полковник-лейтенант Микаил Гаджиев;
– 702-я МСБР (Физулинский район), полковник-лейтенант Мурад Гамидов;
– 896-й МСП (Джебраильский район), полковник-лейтенант Гейдар Пириев;
– 706-я МСБР (Губадлинский район), полковник-лейтенант Расим Мухтаров;
– 865-й МСП (Зангеланский район), полковник Фирудин Шабанов.
Командиры бригад/полков одновременно были командирами направлений, и в их оперативном подчинении находились все силы и средства, которые имелись на вверенном направлении.
После зимнего наступления 1993 года и контрнаступления армянских войск в Агдеринском районе подал в отставку министр обороны Рагим Газиев. Вместо него министром обороны был назначен генерал-майор Дадаш Рзаев. Сама Карабахская зона была поделена на две части: 1-го АК (север Лачина, Кельбаджар, Агдере, Тертер), командиром был назначен Наджмеддин Садыхов, с присвоением звания «генерал-майор»; 2-го АК (Агдам, Агджабеди/Мартуни, Физули, Джебраил, Губадлы, Зангелан), командиром был назначен генерал-майор Рафик Агаев.