Перед встречей глав государств СНГ в Минске 14 февраля 1992 г., на котором должен был обсуждаться подписание соглашения о создании ОВС СНГ, парламент Азербайджана обсуждал вопрос о том, надо ли Азербайджану присоединяться к этому соглашению. Перед выступлением Муталибова перед депутатами по этому вопросу, ему позвонил Борис Ельцин и попросил его подписать соглашение о создании ОВС СНГ, пообещав вывести 366 полк из Ханкенди. Но, несмотря на это, под давлением депутатов от НФА парламент принял решение о том, что Азербайджану не надо присоединяться к соглашению о создании ОВС СНГ. По мнению Муталибова, если бы тогда оппозиция в лице НФА заняла бы конструктивную позицию и исходила из сложившейся реальной ситуации в регионе, и Азербайджан присоединился к соглашению о создании ОВС СНГ, то 366 полк был бы выведан из Ханкенди и не произошла бы Ходжалинская трагедия.[58]
На встрече глав государств СНГ в Минске 14 февраля 1992 г. президент Аяз Муталибов и главнокомандующий ОВС СНГ маршалл Евгений Шапошников говорили на повышенных тонах. Муталибов потребовал от маршала Евгения Шапошникова «немедленно вывести из Ханкенди 366 полк бывшей СА, принимающий непосредственное участие в боевых операциях против азербайджанских населенных пунктов». Но, главнокомандующий ОВС СНГ маршал Евгений Шапошников проигнорировал все требования Аяза Муталибова в военной сфере и указал Аяза Муталибову на необходимость соблюдать осторожность при создании собственных Вооруженных Силах. На требование Муталибова вывести 366 полк из Ханкенди, Шапошников ответил, что "366 полк будет находиться в Ханкенди столько, сколько это будет необходимо"[59].
3 февраля 1992 г. несколько военнослужащих, не желавших принимать участие в боевых действиях против азербайджанского населения, покинули территорию воинской части. Факт участия 366-го полка в боевых действиях против азербайджанских населенных пунктов подтвердили в своих показаниях, данных работникам прокуратуры Азербайджана, бывшие военнослужащие полка: Кулумбетов Н. А., Бергазиев К. М., Сулейменов Б. Ж., Костырев А. Ю., Савкин А. А., Бурказ О. В., Юрьков И. А., Зуев П. Н., Антипин П. Е.
Также показаниями вышеуказанных военнослужащих установлено, что во время политзанятий военнослужащим 366-го МСП разъяснялось, что Азербайджан – мусульманская республика и ориентируется на Иран, Ирак и Турцию, руководители и народы которых враждебно относятся к христианам. А Армения – христианская республика и дружелюбно относится к России. Поэтому полк защищает интересы России, поддерживая армян. И поэтому надо помогать Армении, в том числе и военными мерами. Своим присутствием в Ханкенди полк препятствует уничтожению армянского населения.
Участие 366-го МСП в Ходжалинском геноциде полностью доказано. Только в первые дни после ходжалинских событий прокуратурой Азербайджанской республики было допрошено около 200 свидетелей, из которых 162 подтвердили участие полка в захвате Ходжалы и убийстве мирных жителей.
В Ходжалинском геноциде из трех батальонов 366-го полка два участвовали в полном составе: 2-й батальон под командованием майора Сейрана Оганяна и 3-й батальон под командованием майора Евгения Набоких. В справке МНБ Азербайджана № 34/537 от 17 марта 1992 г. и справке МВД Азербайджана № 17/26–251с от 17 мая 1993 г. приводятся факты участия военнослужащих 366 МСП в захвате н/п Ходжалы.[60] Так согласено данным компетентных органов Азербайджана 2-й батальон во главе с майором Оганяном в полном составе участвовал в нападении на Ходжалы. Батальон капитана Набоких Евгения также участвовал в захвате Ходжалы. За свое преступление капитан Набоких получил вознаграждение в сумме 1 500 000 /полтора миллиона/ долларов США, после чего, забрав в России своих родителей и жену армянку, выехал в Южную Америку. Свидетелем Ходжалинских событий и всего вышеизложенного стал офицер 366-го МСП капитан Маркушин Григорий.[61]
Сразу после ходжалинских событий был организован срочный вывод 366-го полка из Нагорного Карабаха. В расположение полка 29 февраля 1992 г. вновь прибыл замкомандующего ЗакВО генерал-лейтенант Оганян. На следующий день он вместе с командиром полка подполковником Юрием Завригоровым был у командующего ЗакВО генерал-полковника Валерия Патрикеева в штабе ЗакВО в Тбилиси. 2 марта было принято решение начать вывод полка. Выводом полка командовали заместители командующего ЗакВО генерал-лейтенанты Юрий Греков и Иосиф Оганян. При этом командование 23-й МСД, в подчинении которой находился 366-й полк, не было даже допущено в район вывода полка. 366-й полк был выведен на военную базу в Вазиани около Тбилиси. Приказом главнокомандующего ОВС СНГ от 10 марта 1992 г. полк был расформирован. Командир полка Юрий Завригоров уволен. При выводе полка из Ханкенди почти вся военная техника, вооружение и боеприпасы полка были переданы армянским вооруженным формированиям.