Надо отметить, что зимой 1992 г. в Азербайджане сложилась очень сложная внутриполитическая ситуация. После провала августовского путча, президент Аяз Муталибов начал избавляться от сильных руководителей в своем окружении (так в отставку были отправлены председатель КГБ генерал-майор Вагиф Гусейнов и министр внутренних дел Магомед Асадов). В ходе катастрофы 20 ноября 1991 г. у села Гаракенд вертолета Ми-8, погибли многие видные государственные деятели Азербайджана (государственный секретарь Тофик Исмаилов, генеральный прокурор Исмет Гаибов, Государственный советник Магомед Асадов и др.). Также со стороны Муталибова начались уступки оппозиции в лице НФА. В результате такой пагубной политики Муталибов вскоре утратил контроль за процессами в стране. Власть постепенно уходила из рук Муталибова. Многие его соратники, увидев такое развитие событий, начали активно сотудничать с оопзциией в лице НФА, зачастую просто саботируя указания президента. Президент Азербайджана безынициативно плелся в хвосте событий, подчас даже не реагируя на происходящее. Увидел безволие и нерешительность президента, оппозиция в лице НФА и ПННА (предесдеателем которой был Этибар Мамедов), продолжила давление на власть, в том числе с использованием митингов и пикетов. 18 февраля 1992 г. НФА выдвинул ультиматум Муталибову, с требованием подать в отставку в течение 10 дней. Таким образом в стране сложилась ситуация внутриполитического хаоса, неспособности властей управлять сложными процессами в обществе и принимать волевые и решительные меры.
В 1990-х гг. в Агдаме располагались все государственные органы, которые могли повлиять на развитие событий в Ходжалы. Так, в городе располагались: постоянное представительство президента по Карабахской зоне и окрестным районам, управление внутренних дел по Карабаху, командование Минобороны по Карабахской зоне со штабом, представительства других государственных органов и ведомств, подразделения МВД и Минобороны. Также в Агдаме располагались военная комендатура района, районный отдел внутренних дел, местные отряды самообороны. В январе 1992 года, генерал-майор Дадаш Рзаев был назначен заместителем министра обороны по боевым операциям. Его штаб располагался в Агдаме. Начальником УВД по Карабахской зоне был назначен функционер НФА Тахир Алиев.
С января 1992 г. полномочным представителем президента по Карабаху и прилегающим районам был Муса Мамедов. Одновременно он занимал должность вице-премьера. В своих показаниях депутатской комиссии, расследовавшей ходжалинские события, Муса Мамедов указывал: «После захвата армянами 17 февраля 1992 г. села Гарадаглы я был на приеме у президента в Баку. Я ему сказал, что нам никто не помогает. Муталибов ничего конкретного не сказал. Он поручил все Шахину Мусаеву, который также должен был заниматься ситуацией в Ходжалы. Я пошел к Мусаеву и попросил его выделить вертолет для доставки продовольствия в Ходжалы. Мусаев грубо ответил мне, чтобы я не лез в его дела, что я не военный и ничего не понимаю. Мусаев не стал мне помогать. Я позвонил Муталибову и сообщил ему о разговоре с Мусаевым. Муталибов сказал мне, что Мусаев хороший военный и сейчас он даст ему указание помочь мне. Я снова пошел к Мусаеву и встретился с ним. Он снова не стал помогать, хотя вертолет имелся. Тогда я снова позвонил Муталибову…» Данные слова Мамедова показывают, какой паралич власти тогда был в Азербайджане.
До 14 февраля 1992 г. эвакуация мирного населения из н/п Ходжалы осуществлялась при помощи вертолетов ОВС СНГ. Это был связано с тем, что после того, как 28 января 1992 г. из ПЗРК был сбит МИ-8 под управлением командира Виктора Серегина, полеты гражданских вертолетов в зону боевых действий были прекращены. Поэтому эвакуация мирного населения из Ходжалы осуществлялась транспортными вертолетами ОВС СНГ под прикрытием боевых вертолетов. Как пояснил прокурор г. Ходжалы Атакиши Атакишиев, вертолеты для эвакуации мирного населения мирного населения из Ходжалов всегда предоставлялись воинскими частями ОВС СНГ дислоцированными в Гяндже, в рамках личных договоренностей.[62] С 14 февраля 1992 г. подразделения ОВС СНГ престали выделять вертолеты. С просьбой о выделении вертолета руководство Азербайджана обратилось к командованию российских войск в республике. В ответ командир войсковой части № 53669 Н. Звинчуков направил шифротелеграмму № 72/12 на имя государственного секретаря Азербайджана Митада Абасова следующего содержания: «На Вашу просьбу о выделении вертолета сообщаю, что решение этого вопроса находится в компетенции ГК ВС СНГ, к коему необходимо обратиться».