Во второй половине 1988 г. начался заключительный этап «очищения» Армении от инородцев, в первую очередь от азербайджанцев. Сёла азербайджанцев каждый день обстреливались. Последние, в свою очередь, в целях защиты создали посты наблюдения, используя охотничьи ружья, имевшиеся далеко не у всех, а также топоры, вилы, лопаты и другие возможные средства отражения нападений. Но количественное и качественное превосходство было на стороне армян, которые пользовались поддержкой руководства республики и районов. С 27 ноября почти одновременно по всей территории Армении осуществлены нападения на окружённые сёла. Вот два конкретных, очень характерных примера.
Вечером 27 ноября заместитель председателя КГБ Мехрабян, начальник РОВД Спитакского района Саркисян и председатель райисполкома Хачиян прибыли в сёла Сарал и Гурсалы и объявили азербайджанцам, что те должны в течение двух часов покинуть сёла. Последние отказались. Тогда сотни хорошо вооружённых боевиков начали обстрел сёл. Подоспевшие из Кировакана военные с трудом отразили нападения. На следующий день Саркисян и Мехрабян вновь прибыли в с. Сарал и, угрожая уничтожить сельчан, повторили свои требования. К селу было пригнано 34 автобуса, причём каждый автобус был предназначен для двух семей. Погрузив только постельные принадлежности и взяв минимум необходимого, сельчане в сопровождении военных выехали, но 30 ноября около с. Гамзачаманн Гугарского района колонна из автобусов была обстреляна. Трое азербайджанцев погибли, семеро тяжело ранены. В тот же день утром до 40 самосвалов въехало в село, часть домашнего скарба хозяев без их ведома сожгли, другую часть погрузили на машины и увезли в Спитак. А вот показания русских жителей Варденисского района. По воспоминаниям Л. В. Толстяк (ныне живёт в с. Кушчара Ханларского района Азербайджана), 27 ноября председатель Агропрома республики Мовсесян прибыл в с. Зод (Варденисский район) и дал азербайджанцам три дня для отъезда[15]. А дабы «поторопить», сельчан обстреляли, лишили электроэнергии, хлеба. Но здесь уезжать азербайджанцам пришлось по горным дорогам, в метель, при этом машины всё время обстреливались. Практически все бандитские нападения на азербайджанские села возглавлялись ответственными партийными и советскими работниками районов при непосредственном участии сотрудников милиции. Особенно усердствовали первые секретари Красносельского, Спитакского, Гугаркского, Ехекнадзорского, Иджеванского, Ноемберянского, Мегринского, Варденисского и ряда других районных комитетов компартии Армении, принимавшие личное участие в насильственной депортации азербайджанского населения[16].
Советские и правоохранительные органы Армении руководили не только изгнанием, но и организовывали убийства. Вот показания Р. И. Дадашева и Н. П. Белянкина. Первый 27 ноября, спасаясь, выехал со своей семьёй и семьёй родственника М. Т. Тагиева из с. Достлуг (Масисский район), благополучно прибыл в Азербайджан. М. Т. Тагиев на следующий день собрал все домашние вещи на машине Н. П. Белянкина и также отправился в путь, но по дороге машину остановили полковник милиции Г. А. Сарибекян, майор ГАИ Барсегян, стоявшие рядом А. Карапетян, Л. Е. Григорян, Р. В. Хачатурян. Последние двое вытащили М. Т. Тагиева и после зверских истязаний (отсекли топором часть затылка, выкололи глаз, сожгли часть руки и лица, сломали пальцы рук и ног и вырезали на теле крест) убили. Узнав о смерти родственника, Р. И. Дадашев благодаря знакомому следователю Низамову (татарин) 10 декабря смог привезти труп М. Т. Тагиева в Азербайджан, при этом видел в руках Низамова папку со списком около 130 убитых азербайджанцев[17].
Особенно страшные злодеяния происходили в Гугаркском районе. Достаточно указать, что из 15 сожжённых азербайджанцев 13 приходятся на этот район, причём 12 из них жители села Вартан. Только за три дня, с 27 по 29 ноября 1988 г., в Гугарке, Спитаке и Степанаване было убито 33 азербайджанца. В селе Гезалдара Гугаркского района Армении был убит 21 азербайджанец[18]. В своём интервью председатель КГБ Республики Армения генерал-майор Арутюнян Усик Суренович признал, что слово «Гугарк» для азербайджанцев стало таким же, как для армян – «Сумгаит»[19].
Зима 1988–1989 гг. было периодом самого массового изгнания азербайджанцев из Армянской ССР. В этот период было бито несколько десятков азербайджанцев, сотни были ранены, были зафиксированы массовые погромы и нападения на азербайджанские сёла. Десятки тысяч человек были вынуждены, бросив свои дома и всё имущество, зимой пешком через горные перевалы убегать в Азербайджан. Многие замёрзли при переходе на горных перевалах или получили сильные обморожения. По свидетельству Арифа Юнусова: «46 азербайджанцев, что бежали из Армении в Азербайджан зимой 89-го, и замерзли на Зодском перевале, и их потом откопали»[20]. Декабрь 1988 г. в сложнейшей многовековой истории армяно-азербайджанских отношений занял особое место как заключительный этап полного и теперь окончательного изгнания азербайджанского этноса из Армении. К началу 1989 г. численность азербайджанцев в Армении была уже мизерной, основная часть азербайджанского населения была изгнана из республики.