В 1479 году великий князь московский Иван III побывал в Новгороде - после присоединения его к Московскому государству.
Слухи о благочестивой жизни и мудрости двух главных тайных еретиков Алексея и Дионисия дошли до него, сами они произвели на великого князя хорошее впечатление при встрече, и Иван III взял их с собой в Москву. Алексей стал протопопом Успенского собора в Кремле, а Дионисий - священником Архангельского собора. Так ересь попала из Новгорода в Москву. Дионисий и Алексей пользовались большим уважением в столице, и там они распространили свое учение между людьми известными и влиятельными. В числе принявших учение были: всесильный тогда при княжеском дворе дьяк Федор Курицын, его брат Иван Волк, дьяки Истома и Сверчок и другие. Даже вдова Елена, невестка великого князя и мать наследника престола, приняла это учение. Даже Иван III подпадал временами под влияние еретиков и тоже "склонял слух" к ереси. Великий князь конфисковывал тогда монастырские земли, и критика церковных "стяжателей", возможно, соответствовала его политике.
Сторонники "ереси жидовствующих" по вполне понятным причинам держали в тайне свою веру, и потому не сохранилось с той поры никаких письменных свидетельств, которые бы объясняли их учение. А ее противники были чрезвычайно пристрастны в своих обличениях, и очень трудно теперь полагаться на их оценки. Некий монах Самсонка под пыткой показал, что еретики изрекали хулу на Христа и на всех святых, расщепляли иконы, показывали иконам кукиш, спали на них, мылись на них, плевали на них, поливали "скверной водой" и кидали иконы в лохань, - даже в те времена далеко не все верили показаниям, полученным под пыткой.
В 1487 году новгородскому архиепископу Геннадию донесли, что несколько священников в пьяном виде надругались над иконами. Геннадий тут же начал вести розыск в Новгороде, и в этом ему помогал раскаявшийся поп Наум, передавший Геннадию тетрадки с псалмами и молитвами жидовствующих. На допросах еретики называли себя православными, но выяснилось, что втайне они держались своей ереси и распространяли ее в городах и селах, где у них было много приверженцев среди попов. Заподозренные в ереси - поп Григорий с сыном Самсонкой, поп Ереса и дьяк Гридя - сбежали в Москву к своим покровителям, но Геннадий отправил туда собранные при розыске материалы. Беглецы были схвачены, осуждены на соборе, их били кнутом и вернули назад, в Новгород, - но оттуда они снова сбежали в Москву и даже пожаловались великому князю, что архиепископ их "имал, и ковал, и мучил, да грабил животы". При великом князе Иване III еретики жили в Москве вольготно, "в ослабе".
В 1489 году новым митрополитом Руси стал симоновский архимандрит Зосима. Геннадий из Новгорода потребовал от него, чтобы он вместе с церковным собором предал еретиков проклятию, и привел в пример испанскую инквизицию, при помощи которой "шпанский король землю свою очищал". Зосима вынужден был созвать собор в 1490 году, и из его приговора над еретиками следует, что жидовствующие не признавали Иисуса Христа сыном Божьим, отвергали его божественность и святую троицу, "хулы изрекали на Иисуса и Марию", отрицали почитание креста, икон, святых и чудотворцев, отвергали монашество и считали, что Мессия еще не явился. Все они почитали "субботу паче воскресения Христова", признавали лишь единого Бога - "Творца неба и земли" и праздновали еврейскую Пасху.
Еретики упорно отрицали свою вину, но собор лишил их духовного сана, предал проклятию и осудил на заточение. Некоторых из них отправили к Геннадию в Новгород, и архиепископ велел встретить их за сорок верст от города, надеть на них вывороченную одежду, шлемы из бересты с мочальными кистями и соломенные венцы с надписью "се есть сатанино воинство". Их посадили на лошадей лицом к хвосту, а народу велено было плевать на них и кричать: "Вот враги Божий, хулители Христа!" Затем на их головах зажгли шлемы из бересты, некоторые из осужденных лишились после этого рассудка и умерли.
Но ересь продолжала распространяться при дворе великого князя, и этому способствовало одно обстоятельство. В 1492 году окончились семь тысяч лет от сотворения мира - по православному христианскому исчислению. Уже давно считали на православном Востоке, что мир будет существовать ровно семь тысяч лет, но срок этот прошел, а конец мира не наступил. Это обстоятельство вызывало всякие еретические мысли, сомнения в вере, всевозможные толкования Библии, - это подтолкнуло и "ересь жидовствующих". "Если Христос был Мессия, - говорили еретики православным, - то почему же он не является в славе, по вашим ожиданиям?" По еврейскому летосчислению шел тогда всего лишь 5252 год, и это был еще один сильный аргумент в пользу учения жидовствующих.
Знаменитый Иосиф Волоцкий, основавший в волоколамских лесах новый монастырь со строгим уставом, стал главным борцом с ересью. Из его посланий можно понять, в каком состоянии было тогда всеобщее брожение умов. Он писал: "С того времени, как солнце православия воссияло в земле нашей, у нас никогда не бывало такой ереси: в домах, на дорогах, на рынке все, иноки и миряне с сомнением рассуждают о вере, основываясь не на учении пророков, апостолов и святых отцов, а на словах еретиков, отступников Христа; с ними дружат, пьют и едят, и учатся у них жидовству. А от митрополита - сосуда сатаны и дьявола - еретики не выходят из дома и спят у него". Иосиф требовал, чтобы священники отказались от всякого общения с митрополитом Зосимой, не приходили к нему и не принимали у него благословения, потому что Зосима - "скверный, злобесный волк в пастырской одежде" - защищал еретиков и считал, что осуждать их не надо. И на самом деле, в нетрезвом виде Зосима высказывал порой еретические суждения о том, что Христос сам себя назвал Богом, что церковные уставы - это вздор, а иконы и кресты - просто "болваны". "Что такое царство небесное, что такое второе пришествие, что такое воскресение мертвых? - говорил он. - Ничего этого нет: кто умер, тот умер, и только; дотоле и был, пока жил на свете". В 1494 году Зосима, заподозренный в ереси, отрекся от митрополии - "по немощи своей". В летописях объясняется это так: Зосима был удален за страсть к вину и за нерадение о церкви.
Удаление Зосимы не помешало еретикам в Москве. Более того, они добились назначения в новгородский Юрьев монастырь архимандритом монаха Кассиана, который тоже держался ереси. Это было сделано стараниями всесильного дьяка Федора Курицына. Кассиан собрал вокруг себя новгородских еретиков, и в кельях его монастыря они сходились на тайные свои собрания. Но архиепископ Новгорода Геннадий нашел их и тут, и тогда некоторые из них бежали в Литву и к немцам, где окончательно перешли в иудаизм.
Невестка великого князя Елена была на стороне еретиков, ее поддерживали могущественные сановники, а Иван III торжественно провозгласил Дмитрия, сына Елены, наследником великокняжеского престола. Кто знает, что могло бы случиться в русском государстве, если бы Дмитрий стал великим князем, а вокруг него сгруппировались бы люди, придерживавшиеся "ереси жидовствующих"? Об этом много писали и говорили в России. Это напугало в свое время и церковь, и правителей. Существует даже предположение, что резко отрицательное отношение к иудаизму и к евреям в Московской Руси, неизвестное там до начала шестнадцатого века, началось именно тогда, в период борьбы с "ересью жидовствующих".
Но все обошлось в Московском государстве. Торжество Елены и ее приверженцев было непродолжительным. Влиятельного дьяка Федора Курицына не было уже в живых. Иван III из-за разных семейных неурядиц охладел к своей невестке Елене, заключил ее с сыном в темницу и назначил в 1502 году своего сына Василия наследником. Вместе с этим пришел конец влиянию жидовствующих при дворе великого князя.