Нового наследника Василия поддерживал Иосиф Волоцкий, который требовал от Ивана III немедленных крутых мер против еретиков. Великий князь обещал это сделать, но долго колебался, не грешно ли предавать их казни. Он признался Иосифу, что "ведал новгородскую ересь, которую держал Алексей протопоп и которую держал Федор Курицын"; знал также великий князь, что его невестку совратили в жидовство, и просил простить ему его прегрешения. "Государь, - ответил на это Иосиф Волоцкий, - подвинься только на нынешних еретиков, а за прежних тебе Бог простит".
В конце 1504 года был созван церковный собор. Жидовствующие пытались защищаться, Иосиф Волоцкий был обвинителем, - собор постановил предать смерти главных еретиков. Некоторые из них объявили, что они раскаиваются, но их раскаяние не было принято:
Иосиф Волоцкий отклонил его под тем предлогом, что раскаяние, вынуждаемое страхом казни, не может быть искренним. 27 декабря 1504 года в Москве в деревянных клетках всенародно были сожжены дьяк Волк Курицын, Дмитрий Коноплев и Иван Максимов. В Новгороде сожгли архимандрита Кассиана, Некраса Рукавого и других еретиков. Многих отправили в заточение по тюрьмам и монастырям. Всех еретиков предали церковному проклятию, и даже через два столетия после этого ежегодно предавались анафеме Кассиан, Курицын, Рукавый, Коноплев и Максимов "со всеми их поборниками и соумышленниками".
Результатом этой борьбы с жидовствующими стала более жесткая политика по отношению к евреям. На еврея смотрели как на антихриста, его считали колдуном, чернокнижником и совратителем, перед ним испытывали суеверный страх. Изредка купцы-евреи еще приезжали из Литвы и Польши; они "ходили с товарами" через Смоленск и Новгород, путь был небезопасен, порой жители грабили проезжих, да и в Москве к ним относились враждебно и даже отбирали товары.
Затем Московским царем стал Иван Грозный. О нем писал иностранец, побывавший в России: "Как ни был он жесток и неистов, однако же не преследовал и не ненавидел никого, кроме жидов, которые не хотели креститься и исповедовать Христа: их он либо сжигал живьем, либо вешал и бросал в воду". В 1563 году Иван Грозный завоевал город Полоцк. Евреям этого города было предложено креститься, а отказавшихся - вместе с детьми и с женами - утопили зимой в реке: прорубили лед и бросили всех в воду - около трехсот человек. Записано об этом в хрониках: "Всех жидов, которые не захотели принять святое крещение, велел (царь Московский) утопить в славной реке Двине". Подобная судьба постигла и евреев других завоеванных городов и крепостей. Спаслись лишь немногие, согласившиеся креститься по православному обряду.
Иван Грозный не впускал евреев-купцов в Москву даже временно. Король Польши Сигизмунд Август писал ему: "Ты не впускаешь наших купцов-евреев с товарами в твое государство, а некоторых велел задержать и товары их забрать… А между тем в наших мирных грамотах написано, что наши купцы могут ездить с товарами в твою Московскую землю, а твои в наши земли, - что мы с нашей стороны твердо соблюдаем". На это Иван Грозный ответил: "Мы тебе неоднократно писали о том раньше, извещая тебя о лихих делах от жидов, как они наших людей от христианства отводили, отравные зелья в наше государство привозили и многие пакости людям нашим делали… Мы никак не можем велеть жидам ездить в наше государство, ибо не хотим здесь видеть никакого лиха, а хотим, чтобы Бог дал моим людям в моем государстве жить в тишине без всякого смущения. А тебе, брат наш, не следует впредь писать нам о жидах".
"Ересь жидовствующих" не проявлялась открыто в России до конца восемнадцатого - начала девятнадцатого века, когда она была обнаружена властями. Но до сих пор в русском народе существуют различные секты иудействующих, сторонники которых уверяют, что веру свою "исповедуют издревле", якобы с пятнадцатого века, со времен новгородской "ереси жидовствующих", - но доказать это теперь невозможно.
Распространение "ереси жидовствующих" сопровождалось появлением книг еврейских философов по логике, астрономии, астрологии и другим наукам. Эти книги переводились с иврита на древнерусский язык главным образом для того, чтобы доказать правильность еврейского летосчисления и исторической традиции в сравнении с византийской. Были переведены "Слова логики" Маймонида, "Тайная тайных", книга по астрономии "Шестокрыл" Эммануэля бен Яакова Бонфиса, астрологическая книга "Лопаточник", а также "Логика Авиасафа" мусульманского философа одиннадцатого века Газали, тоже переведенная жидрвствующими с иврита. Переводились на древнерусский язык Книга Даниила и апокрифическая Книга Ханоха, и был у жидовствующих даже сборник еврейских праздничных молитв, так называемый "Псалтырь Федора Жидовина", который перевел крещеный еврей Федор.
У православного духовенства не было этих книг, и потому им было трудно спорить с еретиками. Не случайно новгородский архиепископ Геннадий просил прислать ему книги, много книг по списку, "ибо все эти книги имеются у еретиков". И он же поручил переводчику посольского приказа Дмитрию Герасимову - "Мите Малому, толмачу латынскому" - перевести Библию на церковно-славянский язык, чтобы обличать со знанием "ересь жидовствующих".
В 1490 году, в самый разгар "ереси жидовствующих", приехал в Москву на постоянное жительство один еврей из Венеции. Звали его Леон, или - Мистро Леон, Жидовин; это был первый врач, приехавший в Россию из Европы, который стал лейб-медиком великого князя Ивана III. Когда заболел сын великого князя Иоанн (муж Елены и отец Дмитрия), Леон вызвался его лечить, жизнью своей ручаясь за успех. "И князь великий велел ему лечить сына своего князя Ивана, - записано в русской летописи за 1490 год. - Лекарь же дал ему зелие пить и жечь начал скляницами по телу, вливая горячую воду. И от того стало ему тяжче и умер. И того лекаря Мистра Леона велел великий князь поймать и казнить его смертною казнью, голову ссечи; они же отсекли ему голову на Болвановке апреля двадцать второго".
Из этой записи следует, что лекарь Леон Жидовин практиковал в России всего лишь несколько месяцев, после чего ему отрубили голову на Болвановке, в Москве. В те времена верили в непогрешимость медицины и в плохих результатах лечения усматривали вину одного только врача.
В 1517 году снова объявился некий "жидовин, волхв, чародей и прелестник" Исаак, который совращал православных, - и снова был созван церковный собор, и опять казнили еретиков. (Возможно, что Исаак не был евреем, Словом "жидовин" называли иногда и отступников от веры. К примеру, одного русского монаха называли "Аврамко-жидовин, чернец лживый".)
В том же веке выдвинулся при дворе Ивана Грозного Матвей Башкин, выходец из мелкопоместных "боярских детей". Башкин собрал кружок вольнодумцев и под влиянием протестантизма и "ереси жидовствующих" отвергал святую троицу, считал Христа только человеком, отрицал почитание икон и церковное покаяние. По решению собора Башкина заточили в Волоколамский монастырь, и дальнейшая его судьба неизвестна.
Один из соратников Матвея Башкина Феодосии Косой бежал в Белоруссию, где у него тоже объявились ученики, а потом ушел в Литву, принял иудаизм и женился на еврейке.
Сохранилось еврейское народное сказание о событиях в Полоцке в 1563 году: "Была лютая зима. Московский царь Иван Грозный завоевал Полоцк и повелел всех евреев с их женами и детьми - всех до единого! - согнать к берегу реки Двины, неподалеку от княжеского замка. Собрали всех евреев, их жен и детей, числом три тысячи, и поставили всех у реки Двины, как приказал царь. И лишь двое детей - мальчик, сын одного коэна, и девочка, дочь коэна, - во время суматохи были позабыты и не приведены к реке. И приказал Иван Грозный поставить всех евреев на лед реки и затем разрубить лед. И были все потоплены, числом три тысячи. Спаслись только те двое детей, которых Иван Грозный затем пощадил; их приютили добрые люди. Выросли они и поженились, получив прозвище Бар-Коэн - Баркан. От них пошла новая община и фамилия Баркан".
Еще в начале двадцатого века в память этого трагического события члены погребального братства в Полоцке постились ежегодно в определенный день и устраивали богослужение на старом кладбище, в нескольких километрах от города, где - по преданию - были похоронены всплывшие трупы мучеников 1563 года.