А восстание охватило уже часть Белоруссии и Литвы. В Чернигове была уничтожена вся еврейская община, затем в Стародубе, оттуда казаки пошли на Гомель. В этом белорусском городе "враги совершили страшное избиение; били несчастных кольями, чтобы медленно умирали. Кучами падали мужья, жёны, дети. И не было им погребения, и псы и свиньи поедали валявшиеся трупы". По официальным донесениям в Гомеле "было побито жидов с женами и детьми больше двух тысяч, а ляхов с шестьсот человек; из белоруссов же никого не побили и не грабили". По местным преданиям из всей гомельской общины спаслась только одна еврейка, родоначальница семьи Бабушкиных.
Осенью 1648 года отряды казаков и татар стали совершать набеги на внутреннюю Польшу. Шляхта и евреи спасались в укрепленных городах. Общий враг сплотил их, и даже мещане-католики забыли на время свою вражду к конкурентам-евреям. Сообща сражались, сообща переносили все тяготы осады и сообща вели переговоры с неприятелем. Осадив Львов, Хмельницкий пообещал пощадить город, если ему выдадут евреев. Но магистрат ответил ему, что он не вправе распоряжаться евреями, которые подвластны королю и несут службу наравне с мещанами, не уступая им в мужестве. Кончилось тем, что Хмельницкий снял осаду, получив контрибуцию со всего населения, и евреям пришлось для этого продать серебро и ценную утварь из львовских синагог. Зато в Белограе, Грубешове и Томашове казацкие отряды вырезали всех евреев, и в еврейском сочинении тех лет под названием "Бедствия времен" сказано: "В Томашове сидели мальчики еврейские за учебным столом; враги, прибывши туда, придавили их столом к стене, так что ни один не остался в живых". Типичная картина того времени определена одной фразой в письме поляка-современника: "Жиды все вырезаны, дворы и корчмы сожжены".
Летом 1649 года на границе Волыни и Галиции стояли друг против друга огромные армии: польская и украинско-татарская. Казаки одолевали и чуть было не забрали в плен короля Яна Казимира, но татарский хан неожиданно перешел на сторону поляков. Из-за этого Богдан Хмельницкий вынужден был согласиться на ограниченные условия Зборовского договора, по которому из состава Польского королевства выделили казацкую Украину с территориями Киевского, Черниговского и Брацлавского воеводств. Эта часть Украины признавалась автономной, охранялась казацкими войсками, управлялась православными чиновниками, а иезуитам и евреям было запрещено там жить. В договоре было сказано, что евреи не могут быть "ни владетелями, ни откупщиками, ни жителями в украинских городах, где казаки имеют свои полки… А которые жиды объявятся за Днепром, тех жидов в запорожском войске грабить и отпускать назад за Днепр".
С заключением мира жизнь стала на время спокойной. Король Ян Казимир разрешил евреям, насильно обращенным в православную веру, вернуться к вере отцов. Еврейские женщины, силой повенчанные с казаками, убегали от них и возвращались к своим семьям. Многие разыскивали своих мужей, не зная, погибли они или проданы в рабство. Коронный Ваад специально обсуждал вопрос о судьбе жен пропавших без вести евреев и принял постановление, облегчающее их участь, чтобы эти женщины могли вторично выйти замуж. В знак траура по мученикам Ваад запретил в течение трех лет носить шелковую, бархатную и шитую золотом одежду. Во всех общинах Польши и Литвы был установлен ежегодный пост с траурным богослужением в день Немировской резни - двадцатого сивана, и этот день совпал с давно установленным постом в память мучеников крестовых походов.
Но облегчить жизнь евреям в общинах Ваад был не в состоянии. Люди возвращались на старые свои места, но не было уже их домов и не было никаких средств к существованию. Был голод, болезни, моровая язва в тех краях - все это только усугубляло и без того тяжелое положение. Как сказано в сочинении "Бедствия времен": даже "старшины и прежние благодетели поступали в услужение, чтобы только иметь заработанный кусок хлеба". И тем не менее евреи благодарили Бога, радуясь наступлению мира.
Но казаки продолжали волноваться. Многие из них должны были расстаться со свободой и вновь стать холопами, а возвратившиеся шляхтичи мстили им теперь за прежние обиды. Вскоре между польским войском и казацкими отрядами произошло крупное столкновение. На стороне поляков сражался еврейский отряд в тысячу человек. Поляки победили, и тогда по новому договору в 1651 году евреям снова разрешили селиться на казацкой Украине, территория которой была уменьшена: "Жиды, как' и прежде были жителями и арендаторами в имениях королевских и шляхетских, так и ныне должны быть". Часть казаков ушла за Днепр, в пределы Московского государства, и там возникли казацкие слободы - Харьков, Сумы и другие, составившие Слободскую Украину. Богдан Хмельницкий пытался сохранить свою автономную территорию, но в 1654 году отдал себя под защиту царя Алексея Михайловича, и под власть России отошла вся казацкая Украина. Тут же началась война между Москвой и польско-литовским государством, а с ней и новые несчастья.
Русские войска вошли в Белоруссию, Литву и в саму Польшу, и это принесло евреям огромные бедствия. Их снова грабили, убивали и изгоняли из завоеванных городов. Раввин Моше Ривкес писал: "Шайки русских и казаков рассыпались по всей Литве, завоевали Полоцк, Витебск и Минск и разоряли города. Казаки истребляли евреев массами и грабили их имущество. Когда страшное войско подошло к воротам Вильны… бежала оттуда почти вся еврейская община, одни на лошадях и повозках, другие пешком, неся малых детей на плечах. Далеко разносились вопли плачущих, и из моих глаз слезы текли ручьем". Не успевших убежать из Вильно перебили, и в пожаре, который бушевал семнадцать суток, сгорел весь еврейский квартал. Когда же беглецы вернулись, в городе свирепствовали эпидемии и голод, и многие от отчаяния покончили жизнь самоубийством. Местные мещане просили русского царя окончательно изгнать евреев из города, и царь Алексей Михайлович в своей грамоте предписал: "жидов из Вильны выслать на житье за город".
Затем был взят город Люблин - после долгой осады. В праздничный вечер казаки подожгли синагогу, когда в ней было много молящихся, и во время пожара в еврейском квартале убили сотни человек. Произошла эта резня в праздник Суккот, и долгие годы затем этот праздник для люблинских евреев был днем памяти и плача. В городе Быкове в Белоруссии убили триста евреев, затем "огнем и мечом" разорили Пинскую общину и весь Пинский округ. Богдан Хмельницкий снова осадил Львов и потребовал выдать ему евреев. "Евреи, - писал он магистрату, - как враги Христа и всех христиан должны быть выданы нам со всем своим имуществом, с женами и детьми". И опять магистрат города отказался выдать евреев и откупился огромной контрибуцией.
В Витебске евреи вместе с поляками обороняли город от осаждавших его русских войск: копали рвы вокруг крепости, укрепляли стены, ходили в разведку и сражались. "Во время осады, - свидетельствовали польские дворяне, - евреи постоянно отправляли стражу, каждый из них имел вооружение и свое ружье для защиты; они имели у себя собственный порох и, не жалея здоровья, защищались и отражали неприятельские штурмы… Они позволили разбирать их дома и брать из них материалы, необходимые во время осады… и вообще во всем хорошо себя вели и оказывали помощь". Когда город взял московский боярин Шереметьев, казаки ограбили всех евреев и насильно окрестили; часть из них вместе с поляками отправили в ссылку - в Псков, Новгород и Казань, и многие пленные замерзли по дороге.
Когда русское войско взяло Могилев на Днепре, местные жители попросили московского царя выселить из города всех евреев, своих давних конкурентов. На это было получено согласие Алексея Михайловича: "а жидам в Могилеве не быти и жития никакова не имети". Не успели еще выполнить это распоряжение, как к городу подошло польское войско, и Константин Поклонский - православный шляхтич на русской службе - "принудил насильно" евреев "выступить из города для уменьшения многолюдства, вредного во время осады", и обещал дать им проводников в Литву. Но когда они собрались за городом, он выехал к ним со своим войском и перебил всех - мужчин, женщин и детей. Заупокойную молитву в день их гибели читали в синагогах Могилева еще в двадцатом веке.