В начале семнадцатого века, в Смутные времена, в Москве воцарился Лжедмитрий I. Он отменил всякие ограничения на въезд в Россию и переезды внутри государства, сделал торговлю свободной как для русских, так и для иностранцев, и в ту пору в Россию понаехало много купцов из других стран, в том числе, конечно же, и евреи. В особом "Сказании" тех времен, повествующем "о прелести злопроклятого еретика Гришки Отрепьева", сообщается, что "наполнил он, окаянный, Российское царство погаными иноверцами, еретиками, Литвою, и Поляками, и жидами". После убийства Лжедмитрия среди погибших в Москве были и евреи: ненависть к полякам-притеснителям распространилась, естественно, и на них, даже если они и были обычными купцами.
Затем объявился в России другой самозванец Лжедмитрий II, "Тушинский вор". В Тушино собрались вокруг него не только поляки, но и русские бояре, недовольные тогдашним Московским царем Василием Шуйским. Из Тушина вели переговоры с Польшей о приглашении на Московский престол польского королевича Владислава, и в проект договора между тушинцами и польским правительством был внесен особый пункт: "а жидам в Московском государстве с торгом и другими делами бывать не позволят". Но этот договор так и остался на бумаге, и в 1613 году царем стал молодой Михаил Федорович Романов. В его царствование посетил Москву иностранец Олеарий и отметил в своих записках, что русские "крайне неохотно видят и слушают папистов (католиков) и иудеев". Однако в еврейских документах первой половины семнадцатого века есть, тем не менее, упоминания о том, что евреи бывали в России: "после того, как я сам был в Москве", "я прибыл в Москву", "одно лицо, прибывшее из страны Московской" - и другие подобные указания.
В 1632 году началась война с Польшей. Некоторые польские города сдались русским, и тамошние евреи, попавшие в плен, были отосланы вместе с другими пленниками в отдаленные российские края: кто в Пермь Великую, а кто и в далекую Сибирь -" в службу" и "на пашню". Одни пленники принадлежали государю, а другие, захваченные частными лицами, принадлежали этим людям или тем, кому их затем продавали. В Москве пленников не оставляли, так как опасались, что после заключения мира они вернутся домой и расскажут там обо всем, что делается в российской столице, - а это считалось опасным в военном отношении.
В семнадцатом веке российские правители неохотно впускали в страну иноземцев - "басурман, а наипаче жидов некрещеных". Их боялись, как возможных шпионов и как проповедников безбожных обычаев. Иноземцы не могли рассчитывать в России на многолетнюю оседлость, их терпели и нередко изгоняли. Иностранные купцы приезжали для торговли в пограничные города, но в Москву их допускали с особого дозволения, а по окончании ярмарки они обязаны были немедленно уехать: местные российские купцы видели в них еще и нежелательных конкурентов. Временами в Москву приезжали послы из других стран с огромной свитой, и вместе с послами появлялись купцы с иностранными товарами. Иностранцев обязывали жить в особых частях города или даже за городом; они должны были носить свои одежды, отличавшиеся от русских одежд, чтобы их легко можно было выделить в толпе; посещать иностранцев местному населению было категорически запрещено. Даже иностранным послам не разрешали свободно передвигаться по Москве, возле их домов ставили особых караульщиков, и выходить на улицу они могли только по уважительной причине и непременно в сопровождении приставленных к ним служителей. Еврей-купец был иностранцем на улицах Москвы и тоже не мог рассчитывать на особое гостеприимство. В 1652 году царь Алексей Михайлович издал особый указ, по которому иностранцам разрешалось проживать в Москве только в пределах слободы Кукуй при реке Яузе - в так называемой Немецкой слободе. Им запрещали оставаться на ночь в Москве, и даже была особая поговорка, при помощи которой иностранцев гоняли на закате, как кур гоняют на насест: "Фрыга, шиш на Кокуй!" - то есть фряг, фрязин, чужеземец пошел в свою слободу Кукуй.
В 1659 году в Немецкой слободе провели облаву, и среди прочего недозволенного элемента, который без разрешения жил в Москве, были схвачены и евреи. Некие Ганка и Рыся - дочери Мееровы, с детьми - заявили, что их взял в плен подполковник Михайло Вестов в городе Мстиславле и привез в Москву. Его брат Самойло Вестов привел из того же города девушку Эстерку, дочь Юдину. Был там еще некий Оска Александров с женой, который "кормился черною работою"; Марко Яковлев с женой Дворкою торговал ветошью; Якубко Израилев, старик, бобыль, второй уже год жил в Москве и пек "на торг хлебы", а Моска Марков торговал мясом. Трое из этих евреев приняли лютеранство, а остальные, пойманные на облаве, решили остаться при своей вере, и их сослали с женами и детьми в Сибирь, на вечное житье. В Москве могли тогда жить только крещеные евреи, но многие из них тайно исповедовали прежнюю свою веру.
В царствование Алексея Михайловича снова была война с Польшей, и многих евреев увели в плен вместе с поляками. Отправляли в Россию мужчин, женщин и детей; в Москве на Ивановской площади вовсю торговали пленниками, и некоторые из них стали крепостными у помещиков. После Андрусовского перемирия 1667 года бывшие пленные поляки, литовцы и евреи, оставшиеся в России, основали в Москве Мещанскую слободу. Это случилось в 1670 году: "по указу великого государя велено за Сретенскими воротами строить мещанам новую слободу". Слово "мещане" - иноземного происхождения, и в те времена оно прилагалось лишь к выходцам из Польши. Первая книга переписи Мещанской слободы упоминает про двух крещеных евреев, что жили там своими дворами: это были Матюшка Григорьев и Андрюшка Лукьянов. Третьим записан в переписи Лучка Григорьев -"еврейской породы", "бездворный подсоседник".
Евреи-выкресты жили тогда не только в Москве. Опальный патриарх Никон, жалуясь царю Алексею Михайловичу на своих врагов, писал в 1671 году среди прочего:"Да у меня же в Воскресенском монастыре были два жида крещеных, и, оставя православную веру, начали они старую жидовскую держать и молодых чернецов совращать. Я, сыскав об этом подлинно, велел жида Демьяна посмирить и сослать в Иверский монастырь, а Демьян другому жиду, Мишке, сказал: "Не пробыть и тебе без беды. Беги в Москву и скажи за собою государево слово"; тот так и сделал… А в это время молодые чернецы, бывшие в жидовской ереси, покрали у меня деньги, платье и тем жидам помогли, да им же помогал архимандрит Чудовский".
По словам иностранного врача Коллинса, который жил при царском дворе, в Москве образовалась небольшая еврейская колония. "В последнее время, - писал этот врач, - к русскому двору пробралось много жидов чрез покровительство одного лекаря жида, который. принял лютеранскую веру". Этот лекарь много раз упоминается в документах под разными именами: Данило Евлевич, Данило Ильич, Данило Жидовинов, Данило Фунгаданов, "Данило, а в крещенье Степан Фунгаданов", "дохтур Стенька Фонгадин", Стефан Фунгаданов, и наконец - "Данило фон Гаден, жид". Это был еврей из Силезии, из города Бреславля; приехав в Москву из Киева в 1657 году, он стал врачом царя Алексея Михайловича и сына его Федора. Гаден принял поочередно лютеранство, католичество и православие, но оставался, скорее всего, тайным евреем, а из Подолии к нему приезжали в Москву члены его семьи - правоверные евреи. Он был популярным врачом при московском дворе; царь одарял его всяческими милостями и даже позволил съездить к матери в Польшу, что редко разрешалось иностранцам. В семидесятых годах семнадцатого века к Гадену переселились его родные, и благодаря этому, как писали тогда, "значительно увеличилось число евреев в Москве".
Гаден погиб во время восстания стрельцов в 1682 году, обвиненный в отравлении царя Федора. Его притащили на Красную площадь, царица Марфа и царевны уверяли стрельцов, что Гаден невиновен, что он сам прежде отведывал лекарства, которые затем подавали царю, но это не помогло. "Он чернокнижник! - кричали стрельцы. - Мы в его доме нашли сушеных змей, и поэтому его надобно казнить смертью!" Несчастного поволокли в застенок и пытали. Там, не выдержав боли, он наговорил на себя и попросил дать ему три дня сроку, после чего он укажет на тех, кто более его достоин смерти за убийство царя. Очевидно, он просто хотел выиграть время, но стрельцы на это не согласились. "Долго ждать!" - закричали они, разорвали записку с его пыточными показаниями, снова потащили Гадена на Красную площадь и там подняли на копья, а затем изрубили на куски. Вместе с ним был убит и его сын. В документе того времени, при перечислении жертв стрелецкого бунта, сказано о нем среди прочих: "а именно убиты насмерть…Данило фон Гаден, жид". Еврейский свидетель тех событий сообщил следующее: "Я приехал в Москву через три или четыре дня после погрома и пошел на похороны с другими анусим (тайными евреями), ибо дан был приказ от царя похоронить убитых. Даниил (Гаден) был изрублен на куски: отрублены были одна нога и одна рука, тело проколото копьем, а голова разрезана топором. Я и другие анусим похоронили Даниила и его сына Цви в поле."