В царствование Алексея Михайловича снова была война с Польшей, и много евреев - мужчин, женщин и детей угнали в Россию вместе с прочими пленниками. Некоторые из них оказались в Москве, и в 1659 году их обнаружили при облаве в Немецкой слободе. Они сохраняли свою веру и жили в столице без разрешения, потому что в Москве могли тогда поселяться только крещеные евреи. Под угрозой высылки несколько евреев приняли лютеранство и остались в Немецкой слободе, но остальные пожелали сохранить свою веру, и их отправили в Сибирь, с женами и детьми - "на вечное житье". Кое-кто из сосланных снова пытался пробраться в столицу, но особым царским указом велено было их заново "сослать с Москвы в Сибирь".
В начале восемнадцатого века правительство стало ссылать в Сибирь, на Нерчинский, Ачинский и другие рудники осужденных на смерть или приговоренных к вечной каторге - "для извлечения из руд металлов". Изредка туда попадали и евреи, а их потомки оставались затем в тех местах, занимались торговлей, ремеслами или земледелием и долго еще помнили о своих предках-каторжанах. После разделов Польши новые подданные Российской империи ездили торговать во внутренние губернии и, очевидно, в Сибирь, но в 1791 году им очертили границу их проживания и передвижения. Сибирь не попала в черту оседлости, и теперь уже евреи могли оказаться там только в качестве ссыльных, каторжан, незаконно проживавших или поселившихся по особому разрешению. В начале девятнадцатого века евреи жили уже в Томске, Омске, Каинске, Нижнеудинске и в других городах Сибири. В Тобольске у еврейской общины было погребальное братство с книгой записей, отдельное кладбище и своя молельня, перестроенная из купленного дома. В дневнике графа М.Сперанского есть пометка за 1820 год: "Каинск - маленький городок, ныне только в план приведенный. Множество жидов и цыган". Каннские евреи - около ста человек - молились в собственной молельне, погребали умерших на своем кладбище, и, благодаря еврейским купцам, Каинск стал главным перевалочным пунктом отправляемого за границу пушного товара.
Многие ссыльные евреи были холостые, но им не разрешали жениться на русских женщинах без принятия православия. Девушек-евреек в сибирских городах было очень мало, и особые сваты специально ездили в черту оседлости и привозили оттуда невест. За них уплачивали свату огромные деньги, иногда до двухсот рублей и более - в зависимости от наружности невесты. В отчаянии каинские евреи стали просить, чтобы и им - по примеру прочих сибиряков - разрешили покупать привозимых из-за границы калмычек и жениться на них по еврейскому закону. Сибирские власти дали лестный отзыв о трудолюбии и безукоризненном образе жизни местных евреев, которые не желают жениться "на девках другого закона" и потому "претерпевают всегдашние нужды в хозяйственном устройстве и истомление жизни от безнадежности иметь когда-либо жену". И тогда в Петербурге постановили: "Евреи могут покупать или выменивать приводимых из-за границы женщин калмыцкого рода нехристианской веры и, обращая их в еврейский закон, сочетаться с ними браком". Перешедшие в еврейство жены-калмычки соблюдали законы еврейской веры, ходили в синагогу и мало чем отличались от прочих евреек.
Изредка попадали в Сибирь и вольные, "полезные для края" евреи и оставались там навсегда со своим потомством. Чаще всего это были винокуры, "известные опытностью своею и отличным искусством в винокурении", потому что местные мастера не владели секретами производства и их надо было еще обучить. Известен случай, когда лично Николай I - "в уважение к крайней необходимости" - разрешил винокурам Давыдовым поселиться на Иркутских заводах, но повелел взять с них подписку, что они "никого не склонят в еврейскую веру". А некий купец Моисей Прейсман, который прожил в Сибири без разрешения почти сорок лет, в виде исключения - "как полезнейший человек для края" - получил право "остаться и впредь на жительство в Сибири". Правда для этого ему пришлось пожертвовать в Нижнеудинске большую сумму для местного собора, "храм, колокольню и крыльцо он покрыл листовым железом, а кровлю окрасил зеленою краскою на масле, каковое пожертвование стоило ему, Прейсману, десять тысяч рублей ассигнациями".
При Николае I в Сибирь стали посылать еврейских солдат и кантонистов. Со временем они обзаводились семьями, образовывали в городах еврейские общины и строили солдатские синагоги. В 1835 году власти выделили земли в Тобольской губернии и за Омском для расселения на пустующих окраинах России евреев-земледельцев. Намерения властей были поначалу самыми наилучшими: предполагали выстроить к прибытию поселенцев "избы из казенного леса", выделить по пятнадцати десятин "удобной земли на каждую душу мужского пола и снабдить каждое семейство за счет казны земледельческими орудиями, рабочим скотом и прочими необходимыми домашними вещами". Но вскоре в Петербурге спохватились и постановили: поселение евреев в Сибири "решительно и навсегда прекратить". Лишь небольшое количество переселенцев из черты оседлости успело поселиться на отведенных землях, где они образовали свои поселки и занимались хлебопашеством. Потомки этих колонистов расселились затем по всей Сибири и с гордостью подчеркивали свое происхождение: "Мы не ссыльные, - говорили они, - не "ноздреванные" какие-нибудь, мы вольные". В начале двадцатого века исследователь писал о них: "Еще в настоящее время можно встретить во многих селах Сибири старый тип еврея-земледельца - широкоплечего и высокого, коренастого, с загорелым лицом, одетого в русскую поддевку и говорящего чистым русским языком с сибирским акцентом. Многие из них и по сей день принимают близкое участие в делах схода, выбираются в сотники, сельские писари и старосты".
При Александре II некоторые категории евреев получили право селиться во внутренних губерниях России, в том числе и в Сибири. Они торговали там хлебом, ввозили скот из Монголии, снабжали необходимыми припасами районы приисков, занимались ремеслами, работали артелями по погрузке пароходов и железнодорожных вагонов, проникали в самые отдаленные места Сибири со своими товарами и во многом способствовали развитию малонаселенного края. Даже самый предвзятый исследователь признавал, что "для Сибири еврей пригоден и полезен", он "делается образцом и примером для неподвижного сибиряка-горожанина, которому есть чему у него поучиться", и он превращает каждый городок Сибири в торговый или промышленный центр.
Практически евреи не конкурировали тогда с местным населением, потому что всем хватало места и работы. Современник писал: "Коренное население, не знавшее ни дворянства, ни крепостничества, - народ смелый, здравомыслящий и честный. С евреем сибиряк живет в ладу; ни он, ни начальство не знают о существующих для евреев особенных законах… Но вот приехал вновь назначенный генерал-губернатор Восточной Сибири. В одном большом селе, где его встретили хлебом-солью, он заметил в толпе и еврейские лица, и спросил депутацию: "Что, жиды, небось, здорово вас обирают?" Когда сельчане ответили ему: "Нет, ваше высокопревосходительство, они народ хороший", - он сказал: "Ну, стало быть, вы их не знаете". Дав такой бесплатный урок местным жителям, администратор необъятного края вскоре развернул широкую деятельность по утеснению евреев".
С 1898 года право повсеместного жительства для привилегированных групп евреев перестало распространяться на Сибирь. В указе было записано: "Евреям приезд и водворение в Сибири воспрещается", и с этого момента они могли попасть туда лишь с разрешения местных властей. Многие рвались в Сибирь за куском хлеба, от скученности и голода черты оседлости, но их перехватывали по дороге, не разрешали оставаться даже на самое короткое время и немедленно высылали обратно. По всей Сибири установили особые кордоны на границах губерний, на пристанях и на железнодорожных станциях, где в паспортах приезжавших евреев ставили особый штамп - "въезд в сибирские города воспрещен". В еврейских общинах не хватало учителей, резников, раввинов, но получить разрешение на их приезд не было никакой возможности. Лишь евреи-каторжники и ссыльные имели привилегию - попасть в Сибирь и остаться там -навсегда. Доходило порой до абсурда: некий резник, проживший в Сибири двадцать с лишним лет, достал удостоверение о том, что он - сосланный в Сибирь конокрад, и после этого получил право на постоянное жительство. Выходило так, что честный и порядочный еврей из черты оседлости не мог попасть в Сибирь никоим образом, но еврей-преступник попадал туда на законном основании.