Джонсон решил назначить Клиффорда на пост министра обороны, чтобы обеспечить поддержку, которой президент лишился стараниями Макнамары. Ирония состояла в том, что, едва заняв место Макнамары, Клиффорд словно «унаследовал» разочарование бывшего министра. Летом предыдущего года, во время поездки по странам СЕАТО, он уже испытал одно разочарование. Убеждая союзников увеличить численность своих войск, действующих во Вьетнаме под эгидой СЕАТО, он наткнулся на равнодушное отношение руководителей этих стран к его миссии. Так называемые союзники, которые предположительно должны были стать «костяшками домино», практически не выказывали серьезной заинтересованности. Таиланд, над которым нависала угроза оказаться следующей жертвой, держал во Вьетнаме контингент численностью 2500 военнослужащих, хотя численность населения Таиланда составляла 30 миллионов человек. Клиффорд обнаружил, что усилия Америки вызывают уважение и одобрение у руководителей этих стран, но не побуждают их усиливать свои контингенты и не заставляют испытывать серьезную озабоченность. Этот взгляд «изнутри» на сложившуюся в Юго-Восточной Азии ситуацию вынудил в очередной раз задуматься, что же защищает во Вьетнаме Америка.
По прибытии в Пентагон Клиффорд не обнаружил никакого плана достижения военной победы (никаких вторжений на Север, никаких преследований противника в Лаосе и Камбодже, никаких минирований гавани Хайфона), а только ряд различных ограничений, которые препятствовали осуществлению любого плана. Он выяснил, что и его гражданский помощник, и его заместители испытывают разочарование, которое находит разные формы выражения, от служебной записки Таунсенда Хупса «О недостижимости военной победы» и до утверждения Пола Нитце, что уж лучше подать в отставку, чем пытаться защищать в Сенате военную политику администрации. Клиффорд изучил доклад группы системного анализа, в котором утверждалось, что, несмотря на массированное пополнение американских войск, численность которых превзошла 500 тысяч человек, на 1,5 миллиона тонн бомб, сбрасываемых ежегодно, на 400 тысяч наступательных операций, проводимых каждый год, на 200 тысяч военнослужащих противника, убитых в бою за три года, и на 20 тысяч убитых военнослужащих США, «степень нашего контроля над сельской местностью и городами сейчас в сущности такая же, какой она была до августа 1965 года».
Далее, Клиффорд обнаружил ужасные оценки того, какое воздействие на общественное мнение оказывает каждый новый виток эскалации конфликта, а также прогнозы возрастания расходов на войну с 2,5 миллиарда долларов в 1968 году до 10 миллиардов в 1969 году. Он увидел, что вложения государственных средств во Вьетнам истощили имевшиеся в распоряжении силы в Европе и на Ближнем Востоке и что, по всей вероятности, чем больше война «американизируется», тем меньше Южный Вьетнам что-либо делает для себя. Клиффорд пришел к убеждению, что «военный курс, которым мы следуем, не только бесконечен, но и безнадежен». Война зашла в тупик. Не желая тратить свои блестящие способности на участие в безнадежном деле, которое могло подорвать его безупречную репутацию, Клиффорд решил убедить президента в необходимости отказаться от негибкой позиции. Входя в круг лиц, приближенных к президенту, большинство из которых «словно пребывали во сне», он оказался один против восьмерых, но на его стороне были реальные факты.
Нашлись и политические силы, которые оказали ему помощь. Сторонники антивоенного движения были настроены против демократов потому, что Джонсон являлся членом этой партии. Для многих демократов война стала непреодолимой помехой. Вот что сказал спичрайтеру Джонсона сенатор Миллард Тайдингс из Мэриленда: «Если бы сегодня проводились выборы, то любой сколько-нибудь добропорядочный республиканец нанес бы мне поражение». Советники Тайдингса уверяли, что он может спасти положение, только обрушившись с критикой на президента; хотя он этого не сделал, ему все же пришлось «высказаться против войны. Она ослабляет страну, а вместе с ней и демократов». Тайдингс назвал имена еще нескольких сенаторов, которые извещали, что в их штатах сложилась такая же обстановка. Это подтвердил и комитет Демократической партии штата Калифорния, который направил президенту телеграмму с подписями 300 своих членов. В телеграмме говорилось, что, по их мнению, «единственный способ предотвратить серьезные поражения Демократической партии в этом штате в ходе выборов 1968 года — немедленно предпринять все усилия, направленные на то, чтобы обеспечить урегулирование вьетнамской войны невоенными способами». Проводившиеся в то время опросы показывали, что в преддверии выборов выставивший свою кандидатуру на переизбрание Джонсон отстает от каждого из шести потенциальных соперников-республиканцев.