Враждебность к Сиксту IV медленно нарастала, особенно в Германии, где алчность клириков вызвала неприязненное отношение к Риму, которое теперь подогревалось вымогательствами папской курии — административного органа папы. В 1479 году ассамблея Кобленца направила в Рим гравамину, то есть список претензий. В Богемии, центре гуситского бунта, появился сатирический манифест, сравнивавший Сикста IV с Сатаной, гордившимся «полным отречением от заповедей Христа». Привыкшая за пятнадцать веков к нападкам то с одной, то с другой стороны, церковь нарастила толстую кожу и из-за мелких укусов уже не волновалась.
С целью повышения доходов Сикст IV создал Апостольскую палату, состоявшую из ста юристов. Они должны были контролировать финансы Папской области и судебные дела, в которых папство имело финансовый интерес. Доходы должны были приумножить состояние родственников и поспособствовать славе Святейшего престола. Последующие поколения благодарят Сикста IV за реконструкцию библиотеки Ватикана: он в три раза увеличил число хранившихся в ней книг и пригласил ученых, которые составили их каталог. Сикст IV снова открыл Римскую академию, пригласил в нее известных людей, он поощрял драматические представления, оказывал финансовую помощь живописцам. Имя папы запечатлено в построенной по его указанию Сикстинской капелле; он восстанавливал мосты, строил церкви и больницы, приводил в порядок грязные улицы.
Человек, культурными устремлениями которого можно только восхищаться, Сикст IV проявлял худшие свойства правителя эпохи Ренессанса: он враждовал, интриговал, воевал с Венецией и Феррарой и развязал злобную кампанию против знатной римской семьи Колонна. Самым скандальным его деянием стало участие и возможное наущение Пацци в заговоре против братьев Медичи. С Пацци его связывали сложные семейные интересы, заговор он одобрял или даже принимал в нем участие, во всяком случае, бурно отреагировал, когда заговор удался лишь наполовину. В гневе на Лоренцо Медичи, из мести повесившего архиепископа и тем самым нарушившего иммунитет священнослужителей, Сикст IV отлучил от церкви и его, и всех жителей Флоренции. Использование церковной санкции по мирским мотивам, хотя и не было новым явлением в истории церкви, вызвало у народа неодобрение, поскольку Сикст IV причинил вред флорентийцам, нанес ущерб их торговле, к тому же этот шаг вызвал подозрения в соучастии папы в заговоре. Набожный король Франции Людовик XI озабоченно написал: «Ваше Святейшество, во имя Господа, скажите, что Вы не виновны в столь ужасном преступлении». Мысль о том, что святейший отец замышлял убийство в соборе, все еще была невероятной, хотя вскоре она уже не будет казаться столь абсурдной.
Внутреннее здоровье церкви не интересовало Сикста IV, и все призывы о соборе он грубо отверг, ссылаясь на буллу предыдущего папы «Exsecrabilis». Вопросы тем не менее остались. К 1481 году реформа назрела. Посол императора, архиепископ Замометик, прибыл в Рим, где выступил с резкой критикой Сикста IV и курии. По приказу папы архиепископа заключили в замок Святого Ангела, однако вскоре он был освобожден дружественно настроенным к нему кардиналом. Сознавая риск, непреклонный архиепископ вернулся к прежней теме. В манифесте он призвал христианских правителей вновь созвать Базельский собор, дабы не дать папе Сиксту IV разрушить церковь. Посол обвинил папу в ереси, симонии, постыдных пороках, в том, что он участвовал в заговоре Пацци, заключил тайный союз с султаном, и в том, что Сикст IV обращается с церковной собственностью как со своим имуществом. В ответ Сикст IV предал анафеме город Базель и снова заточил архиепископа в тюрьму, где два года спустя узник наложил на себя руки, скорее всего не выдержав пыток.
Тюрьма не может заглушить идеи, которым пришло время, но это обстоятельство обычно ускользает от внимания деспотов… Что ж, как правило, им недостает мудрости. В последний год своей жизни Сикст IV отверг разумную программу, представленную ему в Туре Генеральными штатами Франции. Вдохновленная красноречием страстного реформатора Жана де Рели, ассамблея предложила реформу — запретить доносительство, множественные бенефиции и ненавистную практику ad commendam (от лат. commenda — опека), когда священнослужитель, а нередко и мирянин, получал должность на основании «рекомендации» и от него не требовалось исполнения связанных с нею обязанностей. Последний пункт вызывал особое негодование. Сикст IV мог легко запретить ad commendam, тем самым он снискал бы себе уважение реформаторов. Такую возможность папа упустил и программу проигнорировал. Через несколько месяцев Сикст IV скончался. Его правление было столь ненавистным, что солдаты Колонны, фракцию которого папа хотел уничтожить, две недели бесчинствовали в Риме, разбойничая и грабя. Сикста IV никто не оплакал, а возглавлявшийся им институт покрыл себя позором.