Уйдя с головой в военную карьеру, Чезаре старался взять под контроль территории Папской области, заявившие о своей автономии. Некоторые современники думали, что целью его было обретение домена или даже королевства в центральной Италии. На его кампанию уходили огромные средства из папских доходов, однажды в течение двух месяцев он истратил 132 тысячи дукатов — примерно половину среднего папского дохода, в другой раз, за восемь месяцев, ему понадобилось 182 тысячи дукатов. В Риме он вел себя как верховный владыка, как тиран, его окружали шпионы и доносчики. Чезаре отличался в воинских искусствах, одним ударом он валил быка. Он любил искусство, покровительствовал поэтам и художникам, но мог, не раздумывая, отрезать язык или руку человеку, если до него доходили слухи, что бедняга повторил о нем шутку. Один венецианец распространил клеветнический памфлет о папе и его сыне, за это его убили, а тело бросили в Тибр. «Каждую ночь, — сообщил венецианский посол, — находят четыре-пять трупов — епископов, прелатов и прочих, так что весь Рим дрожит от страха. Все боятся, что герцог их убьет». Мрачный и мстительный, герцог расправлялся со своими оппонентами самым надежным способом — сеял между ними вражду. То ли для самозащиты, то ли из желания скрыть прыщи, уродовавшие его лицо, из дома он никогда не выходил без маски.
В 1501 году на второго мужа Лукреции Альфонсо напало пять человек, но он уцелел, хотя и был сильно изранен. Лукреция преданно его выхаживала, но Альфонсо убедили, что заказчиком нападения был Чезаре и будто бы он не успокоится и отравит его. В страхе Альфонсо перестал допускать к себе врачей, но тем не менее шел на поправку. Однажды он увидел из окна ненавистного шурина — тот шел по саду. Схватив лук и стрелу, Альфонсо выстрелил в Чезаре, но не попал. Через несколько минут он был забит до смерти телохранителем герцога. Александр VI, должно быть, был напуган тигром, которого сам же и взрастил, а потому ничего не предпринял.
Папа не испытывал угрызений совести из-за погибшего зятя. Судя по дневнику Бурхарда, последние сдерживающие факторы, если они и были, исчезли. Через два месяца после смерти Альфонсо папа был почетным гостем на банкете, устроенном Чезаре в Ватикане. Этот пир в порнографических анналах прославился как «каштановый банкет». Из сухого изложения Бурхарда явствует, что после ужина пятьдесят куртизанок танцевали вместе с гостями, «сначала одетые, а потом нагие». На полу между канделябрами рассыпали каштаны, которые «куртизанки собирали, ползая на четвереньках, а папа, Чезаре и его сестра Лукреция на это смотрели». Затем гости стали совокупляться с куртизанками, в качестве призов выдавались красивые шелковые туники и плащи «для тех, кто удовлетворит больше всех куртизанок». Месяцем позже Бурхард сообщает о том, что во двор Ватикана привели кобыл и жеребцов, а папа и Лукреция с громким смехом наблюдали за ними с балкона. Позже они снова смотрели, как в том же дворе Чезаре расстреливает толпу безоружных преступников.
Траты папы опустошили казну. В последний день 1501 года в отороченном горностаем платье из золотой парчи и алого бархата Лукреция в третий раз вышла замуж — за наследника д’Эсте из Феррары. За величественной церемонией последовала неделя празднеств, пиров, театральных представлений, скачек и боев с быками. Борджиа назвали самой высокопоставленной семьей Италии. Александр VI сам отсчитал братьям жениха 100 тысяч золотых дукатов в качестве приданого Лукреции. Чтобы иметь средства на подобное расточительство, как и на бесконечные кампании Чезаре, папа с марта по май 1503 года создал восемьдесят доходных мест в курии и продал каждое за 780 дукатов. Он назначил сразу девять новых кардиналов, пятеро из которых были испанцами, и получил от них в общей сложности от 120 до 130 тысяч дукатов. В это же время крупные денежные суммы были получены после смерти богатого венецианского кардинала Джованни Микеле, который скончался, два дня промучившись какой-то кишечной болезнью. Ходили слухи, что его отравили, поскольку Чезаре нужны были деньги.
Это был последний год жизни Александра VI. Папа находился во враждебном окружении. Семья Орсини с множеством приверженцев вела войну с Чезаре. Испанцы высадились на юге и бились с французами за Неаполь; вскоре испанцы одержали победу и установили над королевством контроль, продлившийся три с половиной столетия. Серьезные священнослужители, болевшие душой за веру, все настойчивее поднимали вопрос о соборе. В трактате кардинала Сан-Джорджо, одного из назначенцев Александра VI, отмечалось, что постоянный отказ папы созвать собор вредит церкви и огорчает христиан и если все увещевания не помогут, кардиналы соберутся сами.