Не слушая советов быть осторожным, Юлий II задумал вернуть Болонью и Перуджу, два самых важных города папского домена, чьи деспоты не только угнетали своих подданных, но и игнорировали авторитет Рима. Папа объявил, что берет командование в свои руки и, пресекая взволнованные возражения кардиналов, в 1506 году, к изумлению Европы, возглавил армию и выступил на север.
Годы его правления прошли в завоеваниях, потерях и яростных конфликтах. Когда Феррара, будучи папским фьефом, сменила политический курс, Юлий II разгневался на изменников и снова лично возглавил армию. Поднявшись с постели после болезни, едва не лишившей его жизни, так что уже были сделаны приготовления к конклаву, седобородый папа облачился в шлем и кольчугу и суровой снежной зимой осадил Феррару. Свой штаб он разместил в крестьянском доме, постоянно ездил верхом, указывал диспозицию, распоряжался действиями батарей, ездил среди войск, отчитывал или подбадривал солдат и лично возглавил войско, ворвавшееся через брешь в крепость. «Зрелище действительно необычное — первосвященник, наместник Христа на земле… лично руководит военными действиями, в нем нет ничего от понтифика, только имя и облачение».
Суждения Гвиччардини уравновешиваются его же разоблачениями всех пап того времени, для всех, кроме него самого, явление святейшего отца-воина и подстрекателя войн было пугающим. Добрые христиане были шокированы.
Юлия II в его предприятии направлял гнев против французов, за время долгих споров ставших его врагами, тем паче что они объединились с Феррарой. Агрессивный кардинал д’Амбуаз, хотевший, как и Юлий II до него, стать папой, убедил Людовика XII в обмен на свою помощь истребовать у папы три кардинальские должности. Против своей воли Юлий II согласился, но отношения со старым соперником еще более ожесточились, и начались новые ссоры. По рассказам, отношения папы с лигой зависели от того, насколько его ненависть к д’Амбуазу оказывалась сильнее ненависти к Венеции. Когда Юлий II поддержал Геную в ее стремлении избавиться от французского контроля, Людовик XII, подстрекаемый д’Амбуазом, расширил права сторонников галликанства по назначению бенефиций. Конфликты нарастали, и Юлий II понял, что границы Папской области не будут зафиксированы, пока Франция сохраняет контроль над Италией. Бывший некогда «главным инструментом» вторжения французов, теперь он делал все, чтобы их изгнать. Поворот политики потребовал новых альянсов и приготовлений, напугавших его соотечественников и даже его врага. Людовик XII, как писал Макиавелли, в то время флорентийский посол во Франции, намерен «отстаивать свою честь, даже если потеряет все, чем владеет в Италии». Колеблясь между моралью и войной, король угрожал «повесить церковный собор папе на шею», а иногда, по подначке д’Амбуаза, заявлял, что «сам поведет на Рим армию и сместит папу». Кардинала д’Амбуаза увлекала мечта, что он не просто станет преемником, а низложит папу. В него тоже вселился вирус безрассудства, или тщеславия, что составляет основной компонент безумства.
В июле 1510 года Юлий II порвал отношения с Людовиком XII и закрыл двери Ватикана перед французским послом. Посол Венеции радостно сообщал, что «французы в Риме ходят крадучись и похожи на привидения». Юлий II, напротив, воодушевился и в мыслях уж видел себя освободителем Италии. Боевым кличем папы отныне стал: «Долой варваров!» («Fouri i barbari!»).
Папа совершил крутой поворот и объединился с Венецией против Франции. К ним примкнула и Испания, жаждавшая изгнания французов из Италии. Влившиеся в войско швейцарцы придали сил комбинации, образовавшей Священную лигу. Юлий II нанял швейцарцев на пять лет на условии выплаты им ежегодной субсидии, а возглавил их войско епископ Сьонский Маттеус Шиннер. С папой епископа сближал воинственный дух: властолюбивых соседей-французов Шиннер ненавидел даже больше, чем Юлий II, и готов был вложить в победу над врагом все силы, душу и талант. Долговязый, длинноносый, на редкость энергичный, он был бесстрашным солдатом и непревзойденным трибуном, его красноречие увлекало войска «подобно морю, вздымающему волны». Язык Шиннера, жаловался следующий король Франции Франциск I, доставил французам больше неприятностей, чем грозные швейцарские пики. В день вступления Шиннера в Священную лигу Юлий II сделал его кардиналом. Позднее, перед сражением с армией Франциска I, Шиннер явился на поле боя в красном кардинальском облачении и объявил войску, что хочет искупаться во французской крови.