Это событие уничтожило и авторитет духовенства. Вандалы, разграбившие город в 455 году, были чужеземцами, так называемыми варварами, но сейчас кровавую баню учинили братья-христиане. Похоже, они хотели осквернить князей церкви. Троя когда-то верила в священную завесу, которая их защитит. Рим рассчитывал на свой священный статус, но, когда пришел момент, оказалось, что статуса нет.
Никто не сомневался в том, что разграбление — Божья кара за грехи пап и иерархов, и мало кто верил, что винить за произошедшее нужно захватчиков. Последние с этим были согласны. Ужаснувшись случившемуся и опасаясь неудовольствия императора из-за «нападений на католическую веру и Апостольский трон», представитель имперской армии написал Карлу V: «По правде говоря, все убеждены в том, что все это случилось по воле Господа, прогневавшегося на тиранию и беспорядки папского двора». Более горестное мнение высказал генерал доминиканского ордена кардинал Каэтан, на Латеранском соборе выступавший от лица сторонников реформ и бывший папским легатом в Германии на суде над Лютером: «Мы, те, кто должен был стать солью земли, разложились, мы годны только на проведение церемониалов».
Климент VII чувствовал себя дважды униженным. Он вынужден был принять условия, навязанные ему победителями, и оставаться их пленником в замке Святого Ангела до тех пор, пока не найдет средства для своего выкупа. Услышав новость о его беспомощности, Флоренция немедленно изгнала властных представителей Медичи и восстановила республику. Скандал с заключенным в тюрьму папой заставил императора открыть двери замка Святого Ангела, и Климент VII под видом купца был препровожден в убогое убежище в Орвието, где он и оставался, все еще надеясь, что Франция придет и вернет баланс сил. На следующий год Франциск I и в самом деле явился с армией к Неаполю. Когда его снова побили и принудили отказаться от всех притязаний на Италию, папа вынужден был пойти на переговоры с Карлом V, ставшим теперь хозяином Италии. Трясясь от холода, ночуя на соломе, папа добрался до Болоньи и выторговал себе соглашение, какое смог, поскольку пространства для маневра у него было мало. Он должен был передать Карлу, как королю Испании, Неаполитанское королевство и короновать его как императора. В обмен Карл V обязался предоставить ему войска, которые вернули бы Медичи во Флоренцию. В одном случае понтифик своего добился: как папа он все еще Мог отказать церковному собору в реформе, которой добивался Карл. Возражение папы носило личный характер: Климент VII боялся, что кто-то прознает о том, что он незаконнорожденный, и тогда его лишат титула.
Главной заботой Климента VII теперь было возвращение его семьи во Флоренцию в качестве правителей города. По приказу императора часть отрядов, грабивших Рим, влилась в войско, взявшее в осаду родной город папы, и, продержавшись около 10 месяцев, Флоренция вынуждена была сдаться. На эту операцию папа потратил не меньше, чем Лев X в случае с Урбино, и с той же целью — возвращение власти семье. Наследование власти кланом Медичи держалось теперь на двух сомнительных бастардах, один из которых был мулатом. Семейные заботы отвлекали папу от проблемы протестантства и от серьезных раздумий о том, как церковь должна встретить эту угрозу. В последние годы жизни понтифика германские государства добились официального отделения от папства и образовали Протестантскую лигу.
Климент VII скончался, презираемый курией (согласно Гвиччардини), монархи ему не доверяли, флорентийцы терпеть не могли, отпраздновав его кончину кострами, римляне считали папу виновным в разграблении города. Они вытащили из могилы его труп, вонзили меч в сердце и оставили лежать на улице.
Ужасное в своем физическом выражении разграбление Рима казалось людям Божьим наказанием. Значение протестантского движения церковь долго не замечала. Потребовалось время на то, чтобы люди поняли, что происходит. Осознание папством своих ошибок тоже пришло не скоро. В правление преемника Климента VII, Павла III (бывшего кардинала Алессандро Фарнезе), в 1544 году, почти через тридцать лет после выступления Лютера, на Тридентском Вселенском соборе началось долгое и трудное возрождение «того, что было потеряно».