21 апреля 1826 года одним из первых своих рескриптов на имя министра внутренних дел новый император России Николай I подтвердил запрещение деятельности масонских лож. А в начале 1826 года Николай Павлович пишет начальнику Главного штаба Дибичу: "По всему делу видно, что в Одессе должно быть гнездо заговорщиков". Почему центр, по мнению императора, находился в Одессе, остается загадкой…
В 1826 году в Одессе, как и во всей империи, прошла новая компания "поиска масонов", причем в своем масонстве признались и давали показания о своем участии в масонских ложах: Ж. Лоран и М. Калинеский, Г. Виард, Ж. Лоран, А. Пиллер… Но масоны продолжали работать в Ришельевском лицее — Дудрович проработал в нем до 1837 года, Виард и Пиллер — до преобразования лицея в Новороссийский университет. В то же время в 1822–1828 годах некоторые профессора — масоны самостоятельно покинули Ришельевский лицей или были уволены из лицея.
С 1828 года установился особо строгий полицейский надзор за деятельностью "тайных масонов". Полиция проводила многочисленные обыски, реквизицию масонских книг, бумаг и реманента, предупредительные задержания отдельных масонов. Из библиотеки Ришельевского лицея изымались и уничтожались "подозрительные книги". В ответ на это в масонских ложах империи было упразднено ведение протоколов заседаний, отменено всякого рода письменное делопроизводство и запись членов. Единственны ми документами, сохраняемыми в письменном виде, был устав, регламент русских лож и масонская Конституция. Эти документы тщательно хранились в тайниках и вынимались из них только для прочтения новому члену после его принятия в ложу.
Большинство масонских братьев навсегда позабыло дорогу в ложи и со страхом вспоминало "грехи молодости". Но часть масонов, до 25 % состава лож, ушло в глубокое подполье, отдельные масонские мастера проводили инициации считанных новичков и никоим образом не распространяли информацию о масонстве. Только немногие, из числа "просветлённых" и наиболее преданных ордену братьев высоких степеней в глубокой тайне продолжали свою деятельность. Запрещение масонства, в некоторой степени, было полезным для масонского движение, которое уже к началу 20-х годов XIX века стремилось избавиться от случайных людей в ложах, оградить ложи от заговорчества и экстремизма декабристов, поднять планку нравственности и христианских ценностей. Не помог ли сам император масонам, таким образом, "очиститься", ведь у масонских лож того времени не было реального механизма "чистки" лож. "Подполье" предохранило масонские организации от вырождения и отточило масонскую конспирацию и систему масонской взаимопомощи.
Запрещение тайных обществ больно ударило, прежде всего, по официальным масонским структурам, но на тайные работы масонов — "шотландцев" высших степеней, розенкрейцеров и мартинистов оно повлияло мало. Небольшие группы масонов — мартинистов в 10–15 "братьев" — продолжали существовать в Москве, Петербурге (возможно в Киеве) беспрерывно.
Столичные розенкрейцеры объединились вокруг тайной ложи "Теоретического градуса", во главе с Сергеем Степановичем Ланским (Великий мастер Провинциальной ложи и будущий министр внутренних дел во время подготовки Великой реформы). В своей речи на открытии ложи "Теоретического градуса" Ланской говорил о "тайных начальниках" и "невидимом капитуле", от имени которых он руководит ложей. И хотя в 1828 году, хранившиеся в ложе масонские рукописи были изъяты полицией, через месяц собрания ложи "Теоретического градуса" были возобновлены. "Капитул Феникс", объединявший масонов высоких градусов в Российской империи, несмотря на запреты, продолжал собираться до 1830 года в столице. В конце 1820-х годов, на короткое время, возобновилась тайная деятельность Великой ложи "Астреи". Тайную масонскую ложу в Москве до начала 1860-х годов возглавлял Сергей Павлович Фонвизин. В Москве до 1863 года (а возможно и до 1900 года или беспрерывно до 1918 года) проходили заседания "Теоретического градуса" масонов — розненкрейцеров.
Последнее ритуальное посвящение в ложе относится к 1850 году. И хотя некоторые исследователи подчёркивают, что "масонские встречи продолжались по 1899-й год", последним официальным масонским актом в России стал акт закрытия работ "Теоретического градуса" в 1863 году.