В середине 30-х годов XIX века М. Л. Магницкий передает императору доносы — "записки" против масонов, они, по его мнению, еще плетут нити заговора в империи: "Обличение всемирного заговора против алтарей и тронов публичными событиями и юридическими актами" и "О водворении иллюминатства под разными видами в России". Магницкий впервые соединил масонство с еврейским заговором, связав масонов и евреев (отсюда идет обвинение "жидомасон"), центром заговора против русского трона Магницкий определил Лондон. Необходимо заметить, что в русские ложи (вплоть до начала XX века) евреев не принимали, за исключением одного случая в ложе "Понт Евксинский".
Любопытное описание масонских лож той поры можно найти в нашумевшем романе А. Ф. Писемского "Масоны" (С — Пб. 1880). Писемский уверен, что масоны в 30-х годах XIX столетия в империи были, хотя в большинстве исторических трудов утверждается, что с 1822 по 1906 годы "настоящих" масонов в Российской империи не существовало. В романе Писемского показан российский губернский город, в котором многие представители элиты — тайные масоны, и масонская деятельность не прекращается, несмотря на указы императоров.
В 40-х годах XIX столетия, когда масонских храмов в Одессе и ее окрестностях уже не существовало, масоны Одессы полностью законспирировались и, возможно, перестали принимать в тайные ложи новых членов, да и сами собрания — "работы" лож были нерегулярными и походили на дружеские застолья. Для властей они "испарились". Но в то же время есть данные, что, примерно, в 1845–1875 годах в Одессе существовала законспирированная "Приморская ложа", которая в дни Крымской войны 1853–1855 годов открыла в Одессе госпиталь и богадельню для "севастопольских инвалидов".
Возможно, "законспирированным" масоном был Александр Иванович Казначеев — одесский градоначальник (в 1848–1854 годах). В юности Казначеев был ординарцем фельдмаршала Голенищева-Кутузова (масона высших степеней), дружил с Пушкиным, работал в канцелярии Воронцова, который охарактеризовал Казначеева словами: "…не знаю человека более благонамеренного, души более чистой". Будучи градоначальником Одессы, Казначеев открыл богадельню, приют для детей, Вторую городскую гимназию, начал строительство нового здания Ришельевского лицея.
В 40-х годах XIX века Тарас Шевченко (выкупленный из неволи масонами и, скорее всего, сам масон) стремился наладить связь с польским политическим деятелем, писателем и масоном Михаилом Чайковским (он же Садик-Паша, участник польского восстания 1830–1832 годов, член Польского демократического общества), который в Дунайских плавнях собирал казаков в поход против императора Николая I. Шевченко передал Чайковскому рукопись "Гайдамаков". Интересно, что Шевченко призывал не только к восстанию против неволи, но и к созданию просвещенного масонского правительства, желая своей Родине "дождаться Вашингтона".
Масонство продолжали пропагандировать и с помощью "наглядной агитации". Так скульпторы В. Демут-Мариновский и П. Клодт (очевидно масоны), создавая памятник Святому князю Владимиру в Киеве, поместили на нем многочисленные знаки масонского ордена — мастерки и циркули, жезлы, изображения акации, розы на кресте, зашифрованные сакральные числа.
С началом реформ императора Александра Второго в Российской империи стало заметно оживление конспиративной масонской деятельности. "Старые" масоны — общественники, типа С. С. Ланского (который стал премьер — министром империи), поддержали Великую реформу и александровскую "перестройку". Масоны участвовали в комитетах по крестьянской реформе, в разработке планов либеральных преобразований в России.
С 1856 по 1863 год русское правительство не преследовало (но официально не разрешало) существовавших тогда в России масонских лож. Сам император Александр II был посвящен в английское масонство во время поездки в Англию в бытность свою наследником престола (воспитателем императора был масон Жуковский). Полицейские меры против масонов были отменены, на "вольных каменщиков" смотрели "сквозь пальцы", а на высшие правительственные должности новый император стал назначать масонов высших градусов: Ланского, графа Лорис — Меликова, графа Панина, адмирала Беклемишева и др. В то же время подписки о не принадлежности к тайным организациям и масонству продолжали собираться у офицеров русской армии до последних лет XIX века.
В то время масонские заседания происходили в обычных частных домах у кого-либо из членов ордена. Масоны отказались и от специальных масонских одеяний и украшений (фартуков, запонов и т. д.). С внешней стороны они представляли просто дружескую группу в 7 — 10 человек, мирно беседующих за чашкой чая или рюмкой коньяка. Когда рядом не было "лишних ушей", они переходили "на ты", называли друг друга братьями, и обсуждали свои вопросы (касательно развития масонства).