Александр Гальперин вспоминал: "Конспирация в организации выдержана была очень последовательно и строго. Члены одной ложи не знали никого из других лож. Масонского знака, по которому масоны в других странах опознают друг друга, в России не существовало. Все сношения ложи с другими ячейками организации происходили через одного председателя ложи — Venerabl’я. Членов ложи, которые раньше состояли в различных революционных организациях, поражала выдержанностью последовательность конспирации… безусловное доверие друг к другу, стремление к взаимной поддержке, к помощи друг другу. Это были действительно отношения братьев в лучшем смысле слова… Сношения с провинцией велись не путем переписки, а через специальные объезды членов Верховного Совета или их представителей… Позднее, когда я был секретарем Верховного Совета и знал по своему положению почти всех членов лож, мне иногда бывало почти смешно видеть, как иногда члены разоблачали меня за агитирование в духе последних решений Верховного Совета, не догадываясь, с кем имеют дело… В момент моего вступления в Верховный Совет в братстве было всего только два еврея — я и Браудо; позднее в петербургские ложи были введены еще Р. М. Бланк и Штернберг… в провинции: в Киеве, например, и в Москве евреев в ложах совсем не было; из евреев в провинции я знаю одного в Одессе" (Гальперин ошибался, в одесских ложах было не менее 6 евреев).
Большинство масонов Российской империи принадлежало к деятелям земств, к партиям кадетов, прогрессистов, народных социалистов, украинских федералистов, к "Товарыству украинських поступовцив". Небольшое количество масонов было среди российских меньшевиков и эсеров, украинских социал-демократов (монархисты, черносотенцы и большевики не принимались в ложи).
Так называемых "политических", нерегулярных российских масонов образца 1910–1917 годов объединяло стремление избавиться от монархии, добиться демократической республики, буржуазных реформ и конституции. Масонские ложи этого периода, в отличии от своих предшественников, были, в большинстве своем, крайне политизированы. Большое количество "партийцев", составивших костяк масонских лож, толкали движение к решению сложных социальных и политических проблем с помощью насильственной смены власти в стране.
При всей разветвленности системы и опыте царской полиции, масонская сеть в Российской империи так и не была ею выявлена. Масон Николай Семенович Чхеидзе вспоминал: "Именно потому, что масоны в большинстве своем оставались членами разных партий, власти реагировали на их действия, исходя из уже утвердившихся полицейских оценок степени опасности для режима той или иной партии, не придавая особого значения масонству как таковому".
"Допустить, что Департамент полиции не располагал о них (политических масонах) никакими сведениями, не представляется возможным, так как в распоряжении Департамента имелась огромная армия провокаторов", — отмечал А. Островский. Но в руководстве полиции были так же масоны, которые пустили следствие по ложному следу — в поле зрения Департамента полиции попало не политическое, а оккультное масонство — члены разного рода мистических кружков. "Никакой угрозы они не представляли, и наблюдение за ними было заведомо пустой тратой времени, сил и средств". Политические масоны были в безопасности. Полиция сообщала, что в Киеве "масонов нет", в то время как в городе было их более сотни. Удивляет, еще то, что среди сотен "политических" масонов империи не нашлось провокатора или предателя, который бы выдал систему "политического" масонства.
Большинство лож в России и на Украине принадлежало структуре "Великого Востока", но были и ложи регулярного Шотландского обряда "Великой ложи", итальянских масонов, ложи мартинистов, тамплиеров, розенкрейцеров…
Летом 1912 года в Москве состоялся первый Конвент масонских лож "Великого Востока народов России" (такое название было присвоена "Великой ложе" Российской империи на конвенте 1912 г.), на котором присутствовал один делегат из Одессы. В 1912 году был принят устав "Великого Востока народов России" — ВВНР, провозгласивший целью ордена — "защиту прав человека и гражданина". "Великий Восток Народов России", будучи фактически организацией независимой от международных масонских центров, по большей степени пренебрегал духовно — обрядовой и символической стороной своей деятельности.
В отличии от других масонских систем, ВВНР заявлял, что строит масонские ложи в двух степенях: ученика и мастера. Каждая ложа должна состоять из 7 — 14 членов, которые избирают сроком на один год офицеров ложи из мастеров: Венерабля (Достойного мастера), 1-го и 2-го Наблюдателей, Оратора, Казначея, Секретаря. Ложа, состав которой превышал 13 членов, могла выделить из своего состава 7 членов, образующих новую ложу. Новых членов положено было принимать с большой осторожностью, обсуждая новых кандидатов в ложах и анализируя сведения об их биографии. При допуске в ложи соблюдались имущественный и образовательный цензы. Масонские "работы" проводились без записей, записи членов не велись. "Братья" знали лишь членов своей ложи, а венерабль — секретаря Верховного Совета.