В середине 50-х годов XVIII столетия в Санкт-Петербурге существовала крупная и влиятельная ложа (до 40 человек) во главе с графом Романом Илларионович Воронцовым (сенатором, конференц-министром империи). С этого времени многие члены рода графов Воронцовых были масонами (часто в масонстве принадлежность к ложам передавалась от отца к сыну, которого называли "луфтон" (волченок). Род Воронцовых стал родом негласных руководителей русского масонства. Семен Романович Воронцов — отец Воронцова-"Одесского" вошел в масонский круг еще в середине 70-х годов XVIII столетия, обретя в середине 80-х годов 6-ю степень масонства.
Для приема в ложи Российской империи в XVIII веке требовалась родословная, подтверждающая благородство происхождения, причем вступающий в ложу не мог иметь предками иудеев и быть моложе 25 лет. При допуске в ложи разных ступеней соблюдались имущественный и образовательный цензы — "ложи каменщиков были затворены для черни".
В XVIII веке масонство в Российской империи разделилось на несколько систем: английскую (шотландскую), шведскую, мартинистов, тамплиерскую, розенкрейцеров, филалетов. Помещения, в которых собирались "братья каменщики", назывались ложами. Во главе каждой ложи стоял управляющий Достойный мастер. Ложи образовывали масонский союз. Если этот союз подчинялся высшему орденскому правлению с центром в другой местности или в другом государстве (Англии, Швеции, Германии), то союз лож назывался Провинциальным, а стоящий во главе его мастер — Провинциальным Великим Мастером. После "накопления опыта" ложи образовывали единую Великую Ложу государства, в котором они основывались.
Главная роль в распространении английской системы масонства в России принадлежала И. П. Елагину, вступившему в масонское братство в 1750 году. Елагин добился учреждения первой русской Великой Ложи (26 февраля 1772 года) и сам был утвержден "Провинциальным Великим Мастером всех и для всех русских".
Ложи Шведско-берлинского толка организовывал Иоганн-Вильгельм Элленбергер (Ццннендорф). Мистическая масонская система розенкрейцеров проникла в Российскую империю в 70-е годы XVIII столетия и ориентировалась на берлинскую ложу розенкрейцеров "Три глобуса". 10 автономных лож в империи создали масоны-мартинисты, чтившие знаменитого французского мистика Л. Сен-Мартена.
Император Петр III высказывал масонам расположение и, очевидно, сам был масоном, как и его кумир — император Фридрих II. Императрица Екатерина II настороженно относилась к масонской деятельности, но до 1780 года не применяла к ним особых репрессий.
В Харькове первые масоны появились в 1764 году, в харьковской ложе "Умирающий сфинкс" находились основатели и попечители Харьковского университета, что был создан стараниями масонов: сына гетмана Разумовского Алексея Алексеевича Перовского, сенатора Захара Яковлевича Корнеева, украинского писателя и поэта Петра Гулак-Артемовского (ректор Харьковского университета в 1841–1849 гг.). Особое внимание масоны того времени уделяли созданию высших учебных заведений, формированию литературы и распространению книжной культуры.
В 1780–1785 годах императрица написала против масонов три комедии: "Обманщик", "Обольщенный", "Шаман Сибирский". С этого момента масонство в России попало "под подозрение". 1 августа 1792 года вышел указ Екатерины II о запрещении масонства, тогда же лидеры масонов: Новиков, Багрянский, Колокольников, Невзоров, Кречетов были арестованы, князь Трубецкой и Лопухин были высланы в свои имения.
С восшествием на престол Павла I масоны, находившиеся в опале, были прощены. Сразу же после восшествия на престол в 1796 году Павел I привлек к управлению страной масонов: братьев Куракиных, Репнина, Плещеева, Долгорукого, Гагарина и других. С воцарением Павла I масоны надеялись провести широкие реформы в России (ввести конституцию, облегчить положение крепостных, создать университеты). Но с середины 1798 года Павел I стал отстранять масонов с ответственных постов, а в 1799 году так же запретил деятельность в Российской империи масонских лож.
В начале 1761 года был произведен в шотландские мастера третьего градуса масонства подполковник Александр Васильевич Суворов (будущий генералиссимус), который ранее (очевидно в конце 50-х гг. XVIII ст.) прошел две предыдущие ступени масонства. В дальнейшем его карьера развивалась при участии масона и генерала Петра Панина и масона и генерала Николая Репнина.