Уже в Кубанском походе был организован Военно-политический отдел Добровольческой Армии. Он был независим от штабами подчинялся непосредственно генералу Алексееву, который и отвечал за все политические, финансовые и гражданские дела. Однако вновь сформированный орган во главе с Генерального штаба полковником Лисовым постоянно вмешивался в работу армейских структур, запрашивая необходимую для своей работы информацию. Лишь после образования Особого совещания и смерти генерала Алексеева Военно-политический отдел был расформирован, а его функции распределены между Штабом главнокомандующего и соответствующими структурами Особого совещания. Тогда же было учреждено и контрразведывательное отделение.
В своей деятельности оно было вынуждено постоянно соприкасаться и с соответствующими учреждениями казачьих правительств, территории которых обладали автономией и не входили в сферу управления главнокомандующего. В секретном рапорте на имя Деникина особо отмечалось: «По-видимому, каждый администратор, занимающий даже второстепенную должность и имеющий контроль над секретными суммами денег, создает свою собственную контрразведку. Функции этих контрразведок чрезвычайно разнообразны. Мешая друг другу, все эти учреждения препятствуют порядку и процветанию. Они подрывают авторитет как власти, так и военных».
Деникину было прекрасно известно обо всех недостатках и трудностях работы собственной контрразведки, поэтому необходимость реформирования ее была задачей первой необходимости. Водном из проектов реорганизации отмечалось: «Институт контрразведки в том виде, в каком он ныне существует в Добровольческой армии, совершенно не достигает своей цели. Он терроризирует тех, на кого Добровольческая армия могла опереться, и недостаточно энергично, если не сказать более, занимается своим прямым делом — преследованием коммунистов».
Контрразведку принято обвинять в жесточайших репрессиях. Да, органы власти белых подписывали смертные приговоры своим врагам. Но казни носили опять же персональный, а не повальный характер, и смертный приговор в соответствии с законом, подлежал утверждению лицом не ниже командующего армией. Контрразведка белых армий правом казнить или миловать не обладала. Ее функции ограничивались арестом и предварительным дознанием, после чего материалы передавались судебно-следственным органам. За эти годы никто из отечественных историков почему-то не задался одним простым вопросом: как можно осуществлять пытки и истязания, не имея собственных тюрем? Все арестованные содержались в общегородских тюрьмах или на гауптвахтах. Вспомните старый советский фильм «Новые приключения неуловимых». Пойманного красного шпиона ведут с допроса через весь город! А как после пыток представить арестованных суду, где работают профессиональные юристы, которые тут же подняли бы шум по поводу явного нарушения законности?
15 сентября 1919 года генерал Лукомский, председатель Особого совещания при главнокомандующем ВСЮР, представил Деникину пространный доклад о контрразведке. В нем приводились ужасающие факты коррупции, неоправданной жестокости и злоупотребления служебным положением. Так и не предложив каких-то конструктивных мер, Лукомский ограничился лишь настоятельными рекомендациями распустить все незаконные и самовольные контрразведки, запретить вести любую деятельность без санкции Главного командования. Однако только 28 мая 1920 года генерал Врангель, новый главнокомандующий, издал приказ о судебной ответственности за самовольную организацию «наблюдательных органов», как стала называться тогда контрразведка.
Сотрудников контрразведки постоянно в чем-нибудь обвиняли. Социалисты говорили, что они делают все, чтобы вернуть государя императора. Евреи кричали про жуткий антисемитизм. Монархисты громогласно разоблачали масонскую тенденцию деятельности контрразведки. Союзники по Антанте всегда видели в них скрытых германофилов, а казаки люто ненавидели за попытки ограничения свободы. Нормально работать в таких условиях было невозможно.