Конец Люшкова до сих пор покрыт мраком неизвестности. Наиболее достоверная версия основана на рассказе капитана японской разведки Такеоки Ютака, бывшего главы специального разведывательного агентства в Дайренском разведывательном отделении. Она сводится к следующему. В начале 1945 года Люшкова было решено отправить в Маньчжурию, поскольку все разведывательные данные об СССР и пропагандистские разработки на случай советско-японской войны теперь хотело сосредоточить у себя командование сильно ослабленной к тому времени Квантунской армии. Непонятно, почему туда не откомандировали другого перебежчика, Францевича, который был все-таки специалистом в военном деле и куда лучше Люшкова мог оценить данные о боевой мощи и планах Красной Армии.
Трудности в сообщении с Маньчжурией и долгая бюрократическая переписка по поводу откомандирования перебежчика привели к тому, что в Дайрен (Дальний) Люшков прилетел только 8 августа 1945 года, в день объявления Советским Союзом войны Японии и уже после американской атомной бомбардировки Хиросимы. Там его встретил Такеока. Он не без основания считал, что уже слишком поздно и никакой пользы Квантунской армии Люшков больше не принесет. На следующий день они вместе с переводчиком Какузо Такая прибыли в Порт-Артур. Красная Армия уже вторглась в Маньчжурию, и японцы вместе с Люшковым сочли за благо вернуться в Дайрен, где поселились в отеле «Ямато». 10 августа Такая предложил съездить в штаб Квантунской армии в Синкине, чтобы узнать, что делать с Люшковым дальше. Для разговора они вышли в другую комнату, поскольку Люшков уже немного понимал по-японски. Такеока резонно заметил, что в штабе сейчас наверняка не до Люшкова. Но решил, что у Такая семья в Синкине и он просто хочет попытаться эвакуировать своих родных вЯпонию. Поэтому добрый капитан разрешил переводчику уехать, а сам вернулся к Люшкову и заверил его, что ситуация под контролем.
Такая Такеока встретил через 19 лет в одном токийском отеле. Переводчик повинился, что подложил такую свинью своему коллеге, заставив его возиться с незнакомым ему русским перебежчиком (по счастью, Такеока немного говорил по-русски). Бывший капитан рассказал о судьбе Люшкова. Такеока и Такая договорились встретиться еще раз, но больше им увидеть друг друга не удалось.
11 августа полковник Цутому Ямашита, исполнявший обязанности начальника специального агентства в Харбине, вызвал к себе лейтенанта Танаку, ранее работавшего с Люшковым, и сказал, что в новых условиях перебежчика необходимо убрать, иначе Советы смогут-де узнать, что японцы пользовались услугами перебежчика. И ликвидацию должен осуществить Танака. Тот испытывает нравственные мучения, поскольку считаетЛюшкова своим другом и учителем, который помог ему лучше узнать Советский Союз. Лейтенант делится своими сомнениями с Такая. Тогда последний соглашается принять на себя эту неприятную миссию, но выдвигает два условия. Его вместе с семьей эвакуируют в Японию и выплачивают кругленькую сумму в 30 000 йен. Такая отбывает в Дайрен, а 14 августа возвращается в Синкин (под Харбином) и рапортует о выполнении приказа, получает денежки от легковерного полковника и благополучно отбывает в Японию. Только в 1964 году Такая признался Такеоке, что к Люшкову он не ездил (что капитан, впрочем, и так знал), а два дня обретался в Мукдене, чтобы создать видимость выполнения задания.
Между тем после отъезда переводчика Такеока продолжал запрашивать Ямашиту и штаб Квантунской армии отом, что же все-таки делать с Люшковым. 15 августа капитан получил из Токио радиограмму о том, что Япония капитулировала. Это известие вызвало нарастающую дезорганизацию в рядах Квантунской армии. Ее командование должно было с часу на час отдать приказ сложить оружие. Поскольку штаб Квантунской армии покинул Синкин еще 12-го числа, Такеока лишился связи со своим начальством. Все эти дни ему было недосуг даже навестить Люшкова, который, никуда не уходя, сидел в отеле. Такеоке предстояло самому принять решение о судьбе перебежчика, но, по счастью, он встретил начальника Квантунского укрепленного района генерал-лейтенанта Гензо Янагида. Такеока, посетив генерала, возглавлявшего в 1941 году Харбинское специальное агентство, был очень удивлен, что Янагида ничего не знает о побеге Люшкова из СССР и саму эту фамилию слышит впервые (материалы, которые готовил Люшков для японцев, подписывались псевдонимом Манатов).
Капитан предложил на выбор пять вариантов того, как поступить с Люшковым:
1) отправить его обратно в Японию (Такеока знал, что это очень трудно сделать);
2) позволить ему бежать в Северный Китай (нелегко, но возможно);
3) побудить его совершить самоубийство;
4) предоставить ему возможность спасаться самостоятельно;
5) передать его в руки русских.
Первая реакция генерала была: «Почему бы не отпустить его на все четыре стороны?» Однако поразмыслив, Янагида решил, что будет нехорошо, если Люшков все-таки попадет в руки Красной Армии. Тогда русским могут стать известны секретные детали того, как японский Генеральный штаб использовал перебежчика.
«Жаль Люшкова, – вздохнул самурай, – но, чтобы предотвратить возможные потом неприятности, лучше сейчас нам от него избавиться».
Такеока убийства Люшкова не хотел, и эта идея казалась ему просто отвратительной. Капитан понимал, что не так уж велики секреты, которые знал Люшков, чтобы из-за них лишать его жизни. Да и что в самом деле мог бы сообщить Генрих Самойлович. СМЕРШ? Что рассказал японцам все, что знал, и что по поручению японской разведки писал тексты пропагандистских листовок и обзоры, посвященные положению в СССР и состоянию Красной Армии? Об этом руководитель СМЕРШ Виктор Семенович Абакумов знал бы наперед, без всяких там допросов перебежчика. Да и кому это интересно сейчас, когда Квантунская армия и Японская империя доживают последние часы? А главное, Такеока, хоть и окончил разведывательную школу в Накано и уже шесть лет служил в армии, никогда еще не убивал человека. А теперь что же, придется лишать жизни ни в чем не повинного, симпатичного ему чужестранца? Да ко всему, когда войне конец… Но старший начальник, генерал Янагида, приказал капитану ликвидировать Люшкова, если тот не согласится сам покончитьс собой.