X-3 была спущена в 23.00 15 марта 1942 года и совершила первое погружение 24 марта. Через месяц были набраны добровольцы-офицеры «для проведения специальных операций». В конце мая они начали теоретическую и практическую подготовку в Форт-Блокгаузе, Госпорт (альма-матер подводников ЕВК «Долфин») и на X-3 на реке Хэмбл. После новых тренировок в Блайте и Ротсее они отбыли на вновь созданную базу сверхмалых лодок»«Кайлс оф Бьют Гидропатик Отель» в Порт-Баннатин, остров Бьют, названную ЕВК «Варбел». Название корабля было совершенно необычным для Королевского Флота, так как было составлено из фамилий 2 офицеров: капитана 2 ранга Вар(ли) и капитана 2 ранга Т.И.С. Бел(ла), который отвечал за обучение личного состава. Если бы суть этого названия стала известна Адмиралтейству, его несомненно отвергли бы. Варли оставался гражданским всю войну, выделяясь своим твидовым костюмом среди военных мундиров. Порт-Баннатин был великолепной базой возле главной базы подводных сил ЕВК «Циклопс» в бухте Ротсей, уже хорошо скрытой от любопытных глаз маленьким клочком земли. Он был прямо связан с Лох Страйвеном и на севере через Кайлз оф Бьют, канаву, слишком узкую, чтобы интересовать хоть кого-то кроме самых утлых рыбацких лодок. Примечательно то, что за 18 месяцев со дня постройки X-3 до первой операции, немцы даже не заподозрили об их существовании.
26 апреля после серии успешных испытаний X-3 была погружена на железнодорожную платформу и по суше перевезена из Саутгемптона в Фаслейн, где была спущена в воды Клайда. В сопровождении «Алекто» она перешла в Лох Страйвен. Ардтарейг Хаус в конце залива был назван «Варбел II». Мик отправился на верфь Виккерс-Армстронг, чтобы проследить за постройкой новых 6 лодок. Тем временем на X-3 продолжились тренировки экипажей под командой Камерона и его нового первого помощника Джона Лоримера.
А в ноябре произошел первый серьезный инцидент. Так как миджеты имели очень низкий борт, они были оборудованы воздухозаборной трубой, что позволяло им идти под главными моторами на поверхности, не рискуя захлебнуться. Эту трубу можно было использовать и как мачту. Хотя это не рекомендовалось, но постоянно практиковалось. Когда воздухозаборник убирался в корпус лодки, следовало надежно закрыть клапан перед погружением. Во время одной из тренировок никем не замеченный плававший кусок дерева попал в клапан и заклинил его. Когда миджет начал погружаться, вода хлынула внутрь прочного корпуса. Лоример приказал немедленно продуть цистерны, но в суматохе механик сорвал маховик, который закатился под палубный настил. Вода продолжала поступать, и лодка погрузилась на дно Лох Стайвена на глубину 110 футов.
Лоример быстро понял, что им следует спасаться из медленно затапливаемой лодки. Он и 2 курсанта (суб-лейтенанты Гэй и Лэйтс) одели дыхательные аппараты. Чтобы вода полностью залила лодку требовалось 40 минут, даже при открытых дополнительных клапанах. Все это время бравая троица стояла в темноте, протирая слезящиеся глаза из заливаемых аккумуляторов пошел хлор. Когда давление внутри корпуса и снаружи сравнялось, Гэй сумел открыть выходной люк и выскочить наружу. Однако Лэйтс израсходовал весь кислород в своем дыхательном аппарате и потерял сознание. Проявив незаурядное мужество Лоример снял с него неисправный аппарат и надел новый, а потом сумел вытолкнуть Лэйтса через люк. Когда он это делал, с Лэйтса соскочил и второй аппарат, но его уже выбросило на поверхность. Там Лэйтса подобрала шлюпка с «Презент Хелпа». Лоример тоже едва не потерял сознание от нехватки кислорода и усталости. Однако он сумел выскочить из лодки и благополучно поднялся на поверхность.
«Презент Хелп», с которого видели происшедшее, немедленно передал сигнал «Триппер», что означало катастрофу с подводной лодкой. К 23.00 того же дня спасательное судно «Тэдуорт» не только прибыло на место происшествия, но и подняло X-3 со дна. Это было выполнено блестяще, даже с учетом благоприятных условий. X-3 была отправлена в Портсмут на ремонт.
Учения на Клайде продолжались, так как под командой лейтенант Годфри Плейса прибыла X-4. Но в декабре произошел первый несчастный случай со смертельным исходом. Когда лодка находилась на поверхности, чтобы провести опробование дальности хода, суб-лейтенант Морган Томас зашел в переходную камеру, чтобы принять наружную вахту у Плейса, который пошел вниз и закрылся в носовом отсеке управления. Стояла темная ночь, Томас был захвачен врасплох неожиданной волной, которая смыла его за борт. Вдобавок эта же волна залила переходную камеру, люк которой оставался открытым. X-4 встала почти под прямым углом носом вверх и начала беспомощно дрейфовать. Плейс в носовом отсеке и старшина-механик Уайтели в кормовом оказались разделены затопленной переходной камерой и не имели никакой связи. Плейс сумел послать аварийный сигнал на «Презент Хелп», стоящий на якоре неподалеку в Лох Ранца. После 2 часов борьбы дрифтер сумел завести трос вокруг кормы X-4 и поставить лодку горизонтально. После этого осушили переходную камеру.