Вслед за этим дипломатическим актом со стороны правительства США все латиноамериканские страны (за исключением Мексики) порвали с Кубой дипломатические отношения.
Еще в марте 1960 года президент США Эйзенхауэр дал указание руководству ЦРУ о подготовке формирований из кубинских эмигрантов для нападения на Кубу.
Несколько позже первый секретарь американского посольства в Гватемале и руководитель американской разведки в Гватемале Роберт Кендэл Девис встретился с Роберто Алехосом, братом гватемальского посла в США, крупным землевладельцем и советником президента Мигеля Идигораса Фуэнтеса, и имел с ним беседу о базах подготовки кубинских эмигрантов в Гватемале для нападения на Кубу.
После встречи с Роберто Алехосом президент Идигорас дал указание о создании учебных центров на территории Гватемалы. Алехос предложил для этой цели свое поместье Эльветия площадью 20,2 квадратных километра. На землях поместья была создана база Тракс.
Кроме этого, Алехос предложил использовать в качестве полигона плантацию сахарного тростника Сан-Хосе-де-Буэнависта, между городами Реталюлеу и Гватемала.
Несколько позже по указанию президента Сомосы на территории Никарагуа отроится авиабаза Хени Велли в Кабесас.
В июле строится посадочная площадка в Раталюлеу для приема самолетов С-46, С-64 и В-26, которые должны были использоваться против Кубы. Эта посадочная площадка была построена американской фирмой «Томпсон Корнуэл» — в августе 1960 года. Стоимость строительства составила 1200 тысяч долларов.
Подготовкой агрессии против Кубы непосредственно занимались руководитель ЦРУ Ален Даллес и его заместитель Ричарда Мерсин Бисселл.
ЦРУ провело работу по объединению разрозненных контрреволюционных организаций и создало Революционный демократический фронт под руководством Кубинского революционного совета в составе Миро Кардона, Тони де-Варона, Антонио Массо, Мануэля Рая, Хуста Каррильо и Карлоса Эвия. Работу по объединению контрреволюционеров проводил Франк Бендер, который считался представителем ЦРУ в контрреволюционной организации.
Началась вербовка наемников. Основные вербовочные пункты располагались в городах: Нью-Йорк, Майами, а также в Панаме, Гватемале и Венесуэле. Кубинских эмигрантов приглашали в вербовочные пункты и предлагали 225 долларов, а также надбавки в размере 50 процентов на первого сына и по 25 процентов на остальных членов семьи за участие в агрессии против кубинской революции.
Наемников самолетом перебрасывали с авиабазы Оналока в Гватемалу или на остров Узеппан, где они проходили всевозможные проверки и тесты с использованием детектора лжи. 26 наемников изучали на острове Узеппан радиосвязь, а все остальные 22 июня были переброшены в форт Гулик (зона Панамского канала) для прохождения восьминедельного курса партизанской войны. В этой группе также проходили подготовку братья Хосе и Роберто Перес Сан-Роман, Хосе Барона, Уго Суэйро, которые были назначены командирами подразделений. 22 августа эта группа была переброшена на базу Траке в Гватемалу, где уже. находились 160 наемников.
В ноябре 1960 года прогрессивные элементы гватемальской армии под руководством Цесара Леона, Турспоса Лимы и Иона Сосы восстали против президента Идигораса и захватили порт Барриос. Идигорас по разрешению американцев использовал кубинских наемников в составе 100 человек под командованием Хосе Переса Сан-Романа.
После этого в конце ноября начинает формироваться бригада 2506-я, названная по номеру в честь кубинского наемника, который во время учений на базе Тракс упал в пропасть.
В марте 1961 года на базу Тракс прибыл наемник Висенте Леон, назначенный начальником разведки, с группой в составе 53 человек. К этой группе позже присоединились еще 9 наемников. Личный состав группы был специально отобран для выполнения задачи под наименованием «Операция 40», которая заключалась в уничтожении руководителей кубинской революции, захвате архивов службы безопасности, банков и других учреждений. После установления «нового порядка» группа «Операция 40» должна была преобразоваться в разведывательную службу.
Авиация наемников имела 16 бомбардировщиков В-26 и несколько самолетов «Каталина», а также несколько транспортных самолетов С-46 и С-54. В составе авиации наемников проходили подготовку 150 человек, включая летчиков, авиамехаников и радистов.
В целях дезинформации подразделение наемников получило наименование «бригада», хотя оно было немного больше батальона. Всего бригада 2506-я имела: 1500 человек, 5 танков М-41, 10 бронетранспортеров с пулеметами 12,7-мм, 4 миномета 106,7-мм, 15 минометов 81-мм, 8 безоткатных орудия 75-мм, 15 безоткатных орудия 57-мм, 3 пулемета 12,7-мм, большое количество гранатометов 88,9-мм, пулеметов 7,62-мм, винтовок М-1 и автоматов М-3, а также радиостанций PRC-10 и телефонных аппаратов.
Для высадки бригады 2506-й американское командование выбрало несколько районов на южном побережье Кубы. В числе районов предполагаемой высадки указывались Тринидад и Сапата в провинции Лас-Вильяс, а также остров Пинас, план высадки на который позже был отклонен из-за большого количества войск на острове и сильных оборонительных сооружений. Был также отклонен план высадки в районе Тринидад, несмотря на порт Касильда и непосредственную близость к горам Эскамбрай, где действовали банды, организованные ЦРУ. Таким образом, в качестве предполагаемого района высадки остались болота Сапата. После выбора места высадки разрабатывается план «Операции Плутон». Замысел «Операции Плутон» был рассмотрен и утвержден комитетом начальников штабов США.
В «Операции Плутон» делалась ставка на выступление контрреволюционеров внутри страны. Так, 13 марта 1961 года на северной побережье провинции Гавана был высажен отряд в составе Рафаэля Диаса Ансона, Умберто Сори Марина и других руководителей контрреволюционных организаций, которые раньше были вывезены в США, где прошли специальную подготовку по организации контрреволюционных выступлений с задачей начать волну убийств из-за угла, актов саботажа. Группа доставила большие запасы боеприпасов, оружия, взрывчатых веществ. Первым шагом этой группы на Кубе было установление связей с руководителями контрреволюционного подполья. В середине марта 1961 года было проведено совещание главарей контрреволюционных банд. На этом совещании было объявлено о назначении Рафаэля Диаса Ансона главным руководителем Революционного демократического фронта и о назначении Умберто Сори Марина военным руководителем указанного фронта. На совещании были приняты решения об объединении контрреволюционных групп в одну организацию. Бывший руководитель Революционного демократического фронта Бове Кастильо работал во указанию ЦРУ над планом провокационного нападения на базу Гуантанамо.
Почти все участники этого совещания были арестованы, а планы, карты и схемы попали в руки кубинской службы безопасности. Военный план ЦРУ заключался в покушениях на руководителей кубинской революции, взрывах складов, магазинов, промышленных предприятий, мостов и т. д. Выполнение плана должно было начаться 24 марта с нарастающим числом актов по мере приближения сроков высадки десанта на Кубе.
За несколько дней до высадки бригады 2506-й агент ЦРУ прибыл на Кубу с канадским паспортом, встретился с предателем Дуанеем Пересом Аламо, который в то время был капитаном кубинской армии и военным руководителем контрреволюционных сил в провинции Камагуэй, и имел с ним беседу о вооруженном выступлении в этой провинции, которое должно было состояться по условному сигналу. ЦРУ считало, что с 24 марта на Кубе будет создаваться благоприятная для высадки десанта обстановка. Но действия кубинской службы безопасности предотвратили выступления контрреволюционных банд и многие акты саботажа. Однако ЦРУ не знало об изменении в расстановке внутренних сил и отдало приказ о начале второго этапа «Операции Плутон», который заключался в проведении серии воздушных налетов на кубинские аэродромы и высадке десанта в составе 160 наемников на южном побережье провинции Орьенте в 50–60 километрах от базы Гуантанамо. Эта высадка и действия авиации должны были отвлечь внимание от истинного района высадки основных сил бригады 2506-й.