Полнейшее удивление вызвал тот факт, что с 1944 по 1946 год Судоплатов возглавлял так называемый отдел «С», или группу Судоплатова. Но его утверждение, что самые выдающиеся умы проекта «Манхэттен» сотрудничали с советскими секретными службами, опрокинуло все устоявшиеся представления. Для американской научной общественности оно имело эффект разорвавшейся бомбы.
Если верить Судоплатову, то Роберт Оппенгеймер, Энрико Ферми и Лео Сцилард передавали информацию советским разведчикам. Просто, в отличие от Фукса, делали они это нерегулярно и не напрямую. Они якобы встречались с советскими агентами в специальных лабораториях, оставляя документы, чтобы те могли их скопировать. А вот Георг Гамов сотрудничал с советской разведкой непосредственно. Под угрозой репрессий по отношению к его родителям, оставшимся на Украине, он передавал агентам то, что ему приносили друзья из Лос-Аламоса. Даже высокочтимый Нильс Бор оказался запятнанным. После войны он принимал у себя на родине, в Дании, советскую делегацию. В ходе встречи он дал ценные сведения, которые помогли решить проблему, тормозившую пуск первого советского реактора. Оказывалось, что великие люди, которых дотоле восхваляли учебники по истории и обожествляли ученые и общественность, не только сочувствовали советской власти, были убежденными пацифистами, но и обыкновенными предателями, действовавшими весьма эффективно. Книга Судоплатова «Спецоперации: Лубянка и Кремль» вызвала бурю протестов. Газетные статьи, телевизионные дебаты, комиссии научных экспертов изо всех сил старались опровергнуть утверждения этого невесть откуда взявшегося чудовища. «Разоблачает Судоплатова тот факт, — провозглашали они, — что он был профессиональным убийцей и дезинформатором». Однако этот тезис был весьма ненадежен, поскольку он предполагал, что в таком случае одному в рассказе Судоплатова можно верить, а другому — нет. Иные оппоненты ссылались на то, что обвинения, выдвинутые Судоплатовым в адрес великих ученых, были расплывчатыми, а детали — сомнительными. Лео Сцилард не работал в Лос-Аламосе, вопреки утверждениям Судоплатова. Бруно Понтекорво не мог сделать в 1942 году доклад о реакторе Ферми, поскольку в то время он еще не был сотрудником Металлургической лаборатории. Роберт Оппенгеймер не приглашал Фукса в Лос-Аламос, и так далее.
Супруги Шехтер и советолог Роберт Конквест ответили критикам письмами, опубликованными в «Нью-Йорк таймс» от 6 мая. Наиболее сильный аргумент Конквеста, который он повторил в предисловии к книге Судоплатова, заключался в следующем: сотрудники секретных служб Сталина сообщали друг другу самые конфиденциальные сведения «исключительно из уст в уста». Это напоминание, косвенно подтверждающее версию Судоплатова, как будто развеяло сомнения. Шехтеры настоятельно подчеркивали, что их книга представляет собой «устную историю» и что все документы, содержащие доказательства, должны в скором времени «всплыть» в Москве.
Дополнительную поддержку авторам книги оказал издатель Роджер Дональд из «Литтл, Браун и К°», который ссылался на документ, приводимый в примечаниях к книге. Это было прошение о реабилитации, адресованное Судоплатовым в 1982 году Юрию Андропову, возглавлявшему в то время КГБ. Перечисляя свои заслуги перед Советским государством, Судоплатов писал: «…отдел «С» оказал существенную помощь нашим ученым, предоставив им самые последние документы об исследованиях в области создания атомной бомбы, документы, которые мы получили от таких знаменитых источников, как физики Р. Оппенгеймер, Э. Ферми, К. Фукс и другие». Дональд отмечал, что маловероятно, чтобы Судоплатов говорил неправду в прошении, адресованном Андропову, который легко мог проверить достоверность сведений.
Этот аргумент был опровергнут Присциллой Джонсон Макмиллан. Она отметила, что слово «источники», употребленные в данном случае Судоплатовым, не обязательно означают признанных агентов, в отличие от слова «друзья». Кроме того, она полагала, что Судоплатов вполне мог преувеличить свои заслуги, обращаясь к Андропову. Однако имя Фукса дискредитирует ее опровержение. Поставив в 1982 году Оппенгеймера и Ферми в один ряд с Фуксом, Судоплатов отождествил их с агентами.