Сооружение комплекса в Лос-Аламосе завершилось в первые месяцы 1943 года, хотя переделки и ремонты продолжались в течение всего срока его существования. Ученые и члены их семей стали прибывать в феврале — марте и обустраивать свое однообразное и неудобное жилье. Научная работа началась с установочных заседаний и споров, а затем пришла очередь специальных экспериментов. Первые результаты появились в середине года. Таким образом, проект «Манхэттен» в Лос-Аламосе и «Лаборатория-2» в окрестностях Москвы начали функционировать приблизительно в одно и то же время, хотя и с огромной разницей в ресурсах.
Советские секретные службы были информированы о проекте «Манхэттен» с самого зарождения этого замысла и внимательно следили за каждым этапом его развития почти вплотную. Из Нью-Йорка Зарубин направил краткий отчет в Центр:
«Сверхсекретно.
Москва, Центр.
Товарищу Виктору
834/23 от 14 июля 1942 года
Ситуация, создавшаяся в результате вступления США в войну против Японии, заставила правительство и Пентагон предпринять решительные действия по разработке военного аспекта применения атомной энергии. Все лаборатории по расщеплению атомов урана в Нью-Йорке, Беркли, Принстоне и Чикаго начали работать по единому плану с кодовым названием проект «Манхэттен». Правительство возложило ответственность за организацию всех сторон деятельности по проекту на армию.
Много времени ушло на решение вопроса о выборе места нахождения научного центра. В конце концов выбрали место на горном плато под названием Лос-Аламос в штате Нью-Мексико. Эта пустынная местность, равноотстоящая от атлантического побережья, к которому иногда в разведывательных целях подходят германские подводные лодки, и от населенных районов, которые могли бы пострадать от возможных несчастных случаев во время предварительных испытаний. Пока ученые, инженеры и техники размещены во временных строениях рядом с научным центром. Тех, для кого жилье еще не построено, ежедневно привозят на автобусах из города Санта-Фе.
Посторонние лица допускаются в расположение центра только по разрешениям Агентства Уильяма Донована. Всем постоянным обитателям атомного центра, из числа как сотрудников, так и членов их семей, разрешается пересекать границу городка в последнее воскресенье каждого месяца. Вся входящая и исходящая переписка подвергается цензуре. Строго запрещается отправлять письма через почтовые отделения за пределами Лос-Аламоса. Жители обязаны сообщать военной администрации и службе безопасности обо всех их новых знакомых и всех контактах, установленных во время их выездов с режимной территории, а также о лицах, которые ведут разговоры с посторонними людьми о функциях проекта «Манхэттен».
Введенный в центре режим безопасности имеет целью:
— предупредить любые утечки информации об атомном проекте;
— гарантировать, что применение атомной бомбы окажется абсолютно неожиданным;
— сохранить в тайне от советских представительств научные открытия и любые подробности американских планов, а также заводов, которые производят материалы для создания бомбы;
— ограничить осведомленность каждого сотрудника только уровнем его прямых служебных обязанностей — каждый должен знать только то, что касается его прямых служебных обязанностей, и не больше;
— каждое подразделение обязано выполнять только свои задачи и не должно знать, что делают другие.
Служба безопасности занимает особое место в проекте «Манхэттен». Она насчитывает около пятисот сотрудников. Много сотрудников ФБР находится в Лос-Аламосе и Санта-Фе, где проживают ученые и другие специалисты. За наиболее известными из них, т. е. имеющими доступ ко всем секретам, устанавливается наружное наблюдение. Они не имеют права покидать свои квартиры или комнаты после десяти часов вечера. На их рабочих местах устанавливаются скрытые микрофоны. Все их телефонные разговоры прослушиваются. За учеными неамериканского происхождения, которые, по мнению ФБР, могут поддаться соблазну и выдать секреты, установлен особый контроль.