"Зачистка" — миссия, в который Караул Смерти сталкивается с известным врагом, возможно, тем, за которым раньше наблюдала разведывательная группа. Её цель — очистить данную область, планету или всю систему от присутствия чужаков. Потому что Империум решил упрочить свое присутствие в области, которая должна быть безопасной от угроз, или потому что в ней планируется масштабная колонизация. В целом, Караул Смерти вовлекается в такие миссии, против таких врагов, с которыми у Имперской Гвардии и обычных сил Космического Десанта мало опыта сражений, что в случае Адептус Астартес указывает на действительно серьёзную угрозу. У Караула Смерти могут быть специальные навыки или обширный опыт сражений против подобных угроз, которого может недоставать другим доступным силам. Миссии по зачистке довольно различны по своим масштабам: от простой атаки на территорию, удерживаемую ксеносами, до изнурительной кампании против целого вида чужаков. Порой Империум терпит присутствие ксеносов на своей территории, пока те не угрожают ему, но некоторые расы чужих настолько мерзкие, что их присутствия нельзя допустить в принципе.
Особенно опасный тип миссии — ликвидация определенной цели. Задача подобной миссии состоит в том, чтобы убить определенного чужака, тем самым подорвав действия его подчиненных, так что другим Имперским силам достаточно внезапно появиться. Это одни из самых опасных миссий, которые выполняет Караул Смерти, и балансируют между риском потери чрезвычайно опытных и ценных воинов Караула Смерти и отказом от миссии. Несмотря на потенциальный риск, есть много чужих рас, против которых эта миссия может оказаться чрезвычайно эффективной. Например, тираниды, как известно, являют собой наиболее иерархизированную структуру из всех, какие только наблюдались — прогрессивные и высшие формы жизни управляют низшими. Кажется, что даже самые высшие формы не приказывают, а скорее направляют волю коллектива, поэтому убийство такого существа может оказать разрушительное действие на меньших существ. Несколько таких миссий были успешно проведены во время войны против флота-улья Бегемот, в котором небольшие элитные истребительные группы Караула Смерти высаживались на биокорабли тиранидов, с боем прорывались не по коридорам, а по артериям, и убивали организмы, управляющие целыми флотами. Подобный эффект наблюдался и в битвах с Тау. После убийства одного из касты эфирных, обычно хорошо скоординированные силы Тау были повергнуты в полный хаос и превратились в идеальная мишень для атаки.
Не такие распространенные, но потенциально жизненно важные миссии — поиск и восстановление ксеноартефактов. Разумные расы распространены в галактике — вымершие и ныне живущие, и артефакты, созданные их нечеловеческими руками, обнаруживаются повсюду. Большая их часть полностью безопасны и не очень ценны, и могут даже быть утилитарными или декоративными вещами на некоторых мирах. Другие, более редкие, созданы очень качественно или сделаны из драгоценных материалов, и они часто находят свое пристанище в частных коллекциях богатых аристократов. На многих мирах любой обмен "чужим" — вне закона, поэтому их совершают в тайне. Незаконность и сопутствующий риск делает их все более ценными для скучающих и избалованных людей из правящих классов. Однако некоторые ксеноартефакты совсем не безопасны. Это артефакты огромной мощи, иногда оружие, и часто наделены властью управлять слабовольными. Эта так называемая "холодная торговля" процветает по всему Империуму, в которой смелые, часто безрассудные авантюристы достают такие реликвии, чтобы продать их частным коллекционерам за огромные суммы. Караул Смерти может быть призван, чтобы остановить подобную деятельность или вернуть все эти артефакты прежде чем преступники поймут, как их использовать. После возвращения артефакты передаются Инквизиции для изучения и использования, хранения или уничтожения, в зависимости от решения инквизитора и природы объекта. Никто не может даже предположить сколько потенциально разрушительного оружия было обнаружено и спрятано, некоторые из них хранятся в хранилищах крепостей Караула до того времени, когда у человечества не будет иного выбора кроме как использовать их ужасную мощь.