Когда Секуэйра и его буйные соратники прибыли в Малакку, их гостеприимно встретили султан Малакки и его вассалы.
Португальцам было позволено основать торговую факторию, и на первых порах все шло довольно хорошо. Однако в скором времени султану стало ясно, что визит португальцев — только прелюдия к дальнейшему вторжению в город. Он заточил пришельцев в тюрьму и захватил и уничтожил их судно. В феврале 1510 г. Руй де Арауйо, один их португальских офицеров, пришедших с Секуэйрой, сумел передать письмо, предназначавшееся Албукерки. В письме он поведал о плохом к ним отношении. Он передал полное описание Малакки, подробно рассказав о ее великих богатствах и поторопив Албукерки с нападением.
Когда письмо Арауйо достигло адмирала, он только вернулся в Индию после разграбления Сиама и Бирмы. Узнав о том, как в Малакке обошлись с его людьми, он пришел в ярость и ускорил подготовку флота.
20 апреля 1511 г. он отправился в плавание с восемнадцатью судами, восемью сотнями соратников и двумястами малабарскими наемниками. Однако встречные ветры задержали его прибытие в Малакку до 1 июля. Послав на берег эмиссара для встречи с султаном, Албукерки потребовал немедленного освобождения своих соотечественников, возвращения их собственности, а также платы за потерянное судно.
Султан отказался выполнять какие-либо требования до тех пор, пока Албукерки первым не подпишет мирный договор. Португальский адмирал отказался выполнять это требование.
Несколько дней спустя Албукерки сжег несколько торговых кораблей, стоявших в гавани, и пригрозил спалить множество других судов, если его люди не будут отпущены. Он поклялся, что все португальцы немедленно покинут Малакку, как только Секуэйра и его люди будут освобождены. Султан поверил ему на слово и отослал португальских пленных к Албукерки — это был ход, имевший горькие последствия.
Перспектива португальской атаки казалась весьма сомнительной, поскольку Малакка имела население более ста тысяч человек; тридцать тысяч из них были способны носить оружие. В то же время у португальцев едва набралась бы тысяча бойцов.
Несмотря на такой значительный перевес и протесты большинства офицеров, Албукерки решил атаковать Малакку. 24 июля португальцы приступили к осаде юрода. Кровавая битва длилась двенадцать дней, и были убиты тысячи малайцев — их приканчивали даже после тою, как они сдавались. Султан, его двор и большая часть населения скрылись в холмах, найдя укрытие на другой стороне полуострова Джохор. Видя стратегическую важность Малакки, Албукерки сделал ее португальским владением, в качестве коих она и просуществовала до 1641 г., когда была захвачена голландцами.
Д'Албукерки дал своим солдатам три дня на разграбление заброшенною города. Добыча, захваченная португальцами в Малакке, потрясает воображение: более шестидесяти тонн золота, трофеи в виде зверей и птиц, золоченой мебели, трона султана, слитков и люнет из драгоценных металлов общей стоимостью 15 370 265 крон — и это только добыча, захваченная во дворце султана. Такое же количество золота было украдено из домов и складов богатых купцов. Португальцы заполнили более двухсот больших сундуков бриллиантами, рубинами, изумрудами, сапфирами и другими драгоценными камнями общей стоимостью в тридцать миллионов крон. Еще два с половиной миллиона крон было получено за покрывала для слонов и коней, вышитые золотом, серебром и украшенные драгоценными камнями и жемчугом. Среди трофеев также имелось две тысячи бронзовых пушек и тысяча железных пушек, которые не смогли защитить город. Сам Албукерки, по крайней мере так он заявлял, взял только некоторое количество позолоченной мебели из дворца султана и шесть бронзовых статуй, изображающих львов, которые были установлены в усыпальнице султанов. Он намеревался установить их на своей собственной могиле. Никогда завоеватель не получал таких потрясающих трофеев.
Интересно, что жадность д'Албукерки стала причиной первого в мире выпуска оловянных монет. Поскольку он непреклонно требовал, чтобы все золотые и серебряные сокровища отправлялись в Лиссабон, королю Португалии, у португальских колонистов в Малакке не осталось драгоценных металлов для чеканки монет и ведения торговли.
К концу декабря, довольный тем, как идут дела в новой колонии, Албукерке погрузил трофеи на четыре судна — «Тринидад», «Энхобрегас», безымянную китайскую джонку, и свой «Флор де ла мар», который и нес львиную долю сокровищ. Он пообещал остающимся, что вскорости пришлет подкрепления и припасы.