Вопреки увещеваниям лоцманов, которые твердили, что уже слишком поздно для безопасного возвращения в Португалию, Албукерки и его четыре тяжело нагруженных судна отправились в плавание. Через два дня после того, как они покинули Малакку, его маленький флот попал в жестокий шторм, и «Энхобрегас» и китайская джонка пошли ко дну, не оставив ни одного выжившего. Несколько часов спустя «Флор де ла мар», с четырьмя сотнями душ на борту и с величайшими сокровищами, когда- либо находившимися на борту одного судна, напоролся на риф у северо-восточного окончания острова Суматра «Тринидад», проходивший невдалеке, бросил якорь с целью оказания помощи, но волны были настолько высоки, что все шлюпки были разбиты в щепу. Тогда Албукерки приказал соорудить плот и прыгнул на него вместе с пятью другими судовыми офицерами, обещая остальным скоро вернуться и привести помощь с «Тринидад».
Однако вместо того чтобы вернуться на покалеченный корабль, Албукерки приказал капитану обрубить якорную цепь и направляться к Индии. Через несколько часов «Флор…» разломился и скрылся в пучине. Только три человека смогло выжить, доплыв до берега. По достижении Индии Албукерки написал королю: «Мы потеряли величайшее сокровище на земле, какое я когда-либо видел».
Как только шторм затих, суматранские ныряльщики и рыбаки собрались на месте кораблекрушения, подбирая все, что было возможно. Однако большая часть драгоценного груза затонула на глубине тридцати семи метров, где скрылся корпус судна, соскользнув с рифа. Шкипер «Флор де ла мар» был одним из тех, кто покинул тонущее судно вместе с Албукерки. И хотя он указал на карте место гибели корабля, лежащего в удаленной точке земного шара, затонувшие сокровища были забыты.
— В 1961 г. я обнаружил эту карту сокровищ, а также стал натыкаться на постоянные упоминания о трагедии, — пишет уже известный нам подводный археолог Роберт Маркс. — Я буквально помешался на идее поисков затонувшего судна, лежащею в индонезийских водах. Год за годом тщетно обращался я к правительству Индонезии за разрешением на поиски и исследование «Флор де ла мар».
Этот знаменитый корабль снова попал в поле зрения в 1988 г., когда два псевдоохотника за сокровищами, итальянец Бруно де Винсентис и австралиец Пол Андел, заявили, что обнаружили его, используя сложное электронное сканирующее снаряжение со спутника, принадлежавшего США. Заявляя, что у них имеется соглашение с правительствами Малайзии и Индонезии, они принялись собирать значительные суммы с инвесторов во многих странах. Когда стало известно, что ни одно из государств не давало разрешения и сам факт находки подвергся сомнениям, эти два человека исчезли. Тем не менее их заявление о том, что сокровища «Флор…» оцениваются примерно в 80 млрд. долларов, взволновало весь мир, и примерно через несколько недель более шестидесяти поисковых компаний ломились в двери официальных лиц в Джакарте и Куала-Лумпуре.
В связи с тем, что корабль лежит в индонезийских водах, официально судно является собственностью Индонезии. Однако правительство Малайзии заявляет, что большая часть сокровищ принадлежит их стране, поскольку они были награблены в Малакке,
В конце концов, правительство Индонезии согласилось вернуть Малайзии только те ценности, которые принадлежали султану Малакки (и эти права собственности должны были быть подтверждены документально).
Правительство Индонезии предоставило эксклюзивное разрешение на поиски П. Т. Джаятаме Истикаципте, представителю могущественной местной группировки Салим в Джакарте. После этого в Сингапуре была создана поисковая компания. Ее возглавил бизнесмен по имени Тжетти, у которого уже был опыт поиска судов на островах Риау. Он организовал команду, состоявшую из австралийских и американских коммерческих водолазов, работавших в нефтяной индустрии, и была начата экспедиция. У них имелось три судна и новейшее поисковое снаряжение, но, потратив год и восемь миллионов американских долларов, они так и не смогли найти корабль с сокровищами португальского адмирала
Их неудача неудивительна, поскольку у них имелась не слишком точная историческая информация и они искали на территории, располагавшейся более чем в тысяче миль от точки на карте, отмечающей место гибели судна.