Вся работа социалистов-революционеров в этом деле была настолько конспиративна, что у местного охранного отделения не только не было сведений о готовящемся террористическом акте, но и личность Покотилова была установлена лишь впоследствии по пуговицам одежды и аптечному рецепту.
При Плеве директором Департамента полиции был А.А. Лопухин, самый молодой из сановников, бывший прокурор судебной палаты, человек выдающихся способностей и огромной памяти. Невольно приходит на ум вопрос, могли Плеве, избравший себе в сотрудники Лопухина и Урусова, быть организатором погромов? А между тем вся революционная пресса, как в России, так и за границей, сделала из него «погромщика».
Тщательный просмотр при Временном правительстве всех секретных документов Департамента полиции, Министерства внутренних дел и охранных отделений не дал ни одной бумаги, которая могла бы компрометировать старую власть в этом отношении. Наоборот, там были найдены указания на строгие кары, отрешения от должностей и даже увольнения за всякое незаконное действие исполнительных агентов в еврейском вопросе.
Вся острота еврейского вопроса заключалась в тяжёлых ограничительных законах, а не в погромах.
В то время ближайшим лицом к Лопухину и даже Плеве был заведовавший особым политическим отделом Департамента полиции С.В. Зубатов, человек не только безусловно сильный, но даже представлявший собою исключительную личность.
Выйдя из гимназии, Зубатов поступил на службу в Московское охранное отделение чиновником и, заинтересовавшись розыскным делом, стал изучать революционный вопрос во всей его широте, а также и возможности противодействия в этом отношении. В течение трёх лет Зубатов был одним из весьма немногих правительственных агентов, который знал революционное движение и технику розыска. В то время политический розыск в империи был поставлен настолько слабо, что многие чины его не были знакомы с самыми элементарными приёмами той работы, которую они вели, не говоря уже, об отсутствии умения разбираться в программах партий и политических доктринах. Зубатов первый поставил розыск в империи по образцу западноевропейскому, введя систематическую регистрацию, фотографирование, конспирирование внутренней агентуры и т.п. Он ясно представлял себе опасность разрастающегося влияния марксизма в рабочей среде и космополитизм в русской интеллигенции и общественности.
Здоровой русской национальной организации в России не было, и мечтой Зубатова было дать толчок к её созданию. Исходя из этого, он остановился на мысли легализовать в рабочей организации минимум политической и экономической доктрины, проводимой социалистами в своих программах, но на основах Самодержавия, Православия и Русской Национальности.
Была создана даже ячейка этой «легализаторской работы», но, не имея успеха в практическом её применении, она провалилась, вызвав нарекания и противодействия со всех сторон, начиная от бюрократии и кончая социалистами. Первые отрицали жизненность влияния марксизма на русскую рабочую среду, последние же считали проведение такой организации в жизнь по меньшей мере опасной для себя.
Зубатов определённо держался того мнения, что самодержавие как олицетворение суверенной национальной власти исторически способствует прогрессу России.
«При Иоанне Грозном четвертовали и рвали ноздри, а при Николае II мы на пороге к парламентаризму», — часто говорил Зубатов.
Особое значение придавал Зубатов организованному им в С.-Петербурге отряду опытных филеров, который посылался в провинциальные города. Отряд, называвшийся летучим, возглавлялся чиновником или жандармским офицером из числа подготовленных и инструктированных лично Зубатовым. Эти отряды на местах производили разработку агентурных сведений, поступавших к Зубатову преимущественно от сотрудников, освещавших центры партий.
Попутно с работой летучих отрядов, по представлению Зубатова, в крупных провинциальных городах организовывались охранные отделения, в общежитии известные под названием «охранок». Эти учреждения имели непосредственную связь с Департаментом полиции и являлись как бы автономными в отношении местных жандармских управлений, губернаторов и даже командира Отдельного корпуса жандармов, если он одновременно не совмещал в себе должности товарища министра внутренних дел.