Однако возникли и сложности. По мере роста вмешательства районных охранных отделений в деятельность местных полицейских властей их взаимоотношения с работниками ГЖУ стали всё более осложняться. Не помогали и периодически издаваемые Департаментом циркуляры с напоминанием о необходимости совместных усилий в борьбе с силами революции и обязательного взаимного информирования. Чиновники районных охранных отделений порой не проявляли должного такта в отношении своих губернских коллег. Жалобы и недовольство часто приводили к конфликтам и кляузам, которыми приходилось заниматься Департаменту полиции. С 1909 года деятельность районных охранных отделений ослабевает, что было в значительной мере связано с затишьем в деятельности революционных организаций.
В.Ф. Джунковский, назначенный в январе 1913 года товарищем министра внутренних дел, заведующим полицией, поднял вопрос о целесообразности существования охранных отделений. К этому времени Департамент полиции постепенно начал упразднять охранные отделения в тех местностях, «где в таковых не имелось острой необходимости за подавлением революционных движений». Часть охранных отделений была объединена с губернскими жандармскими управлениями. Объединение происходило в тех губерниях, где начальник ГЖУ был достаточно подготовлен в деле розыска. Проводя эти мероприятия, Департамент полиции обосновывал их «государственной пользой», однако, как считали некоторые чины полиции, главная причина была в том, что Департамент не находил «иного выхода из создавшегося положения», когда между ГЖУ и охранным отделением начинались явно «ненормальные» отношения. В своих воспоминаниях В Ф. Джунковский подробно пишет о своём отношении к охранным отделениям. «Будучи ещё губернатором в Москве, — пишет Джунковский, — я всегда отрицательно относился к этим, возникшим на моих глазах, районным охранным отделениям вообще и, в частности, к таковому Московского центрального района, наблюдая все отрицательные стороны этого новшества. <…> Все эти районные и самостоятельные охранные отделения были только рассадниками провокации; та небольшая польза, которую они, быть может, смогли бы принести, совершенно затушёвывалась тем колоссальным вредом, который они сеяли в течение этих нескольких лет»[7].
15 мая 1913 года Джунковский распространил циркуляр, которым «совершенно секретно», «срочно» начальники Бакинского, Екатеринославского, Киевского, Нижегородского, Петроковского, Тифлисского, Херсонского и Ярославского ГЖУ, Донского и Севастопольского областных жандармских управлений извещались о ликвидации охранных отделений в их губерниях. В циркуляре указывалось: «Обсудив положение постановки розыска в текущий момент, в связи с проявлениями революционного движения в Империи и принимая во внимание, что охранные отделения, кроме учреждённых в законодательном порядке (имеются в виду Петербургское, Московское, Варшавское. — З.П.), рассматривались как учреждения временные, я признал целесообразным, в видах достижения единообразия организации розыскного дела и руководства им, влить и оставшиеся самостоятельные охранные отделения в составы местных губернских жандармских управлений»[8]. В скором времени все охранные отделения (кроме столичных) были ликвидированы, а их начальники стали руководителями вновь созданных розыскных частей ГЖУ.
Понимая, что принимаемые меры не могут не вызвать недовольства руководителей упраздняемых охранных отделений, Джунковский в том же циркуляре писал: «…считаю необходимым указать, что объединение в Вашем лице деятельности обоих учреждений не должно рассматриваться как унижение служебного достоинства начальника упраздняемого охранного отделения, ибо установление такого порядка <…> вызывается не другими какими-либо соображениями, как только интересами важнейших для чинов Отдельного корпуса жандармов обязанностей, путём улучшения условий ведения розыскного дела».
Вслед за ликвидацией охранных отделений Джунковский приступает к подготовке мер по упразднению районных охранных отделений. В 1914 году все районные охранные отделения, кроме Туркестанского и Восточно-Сибирского, были упразднены. Остальные действовали до 1917 года. Центральным звеном политического сыска на местах вновь, как и до 1902 года, стали ГЖУ.
Так было ликвидировано важное звено в структуре политического сыска. Как показали последующие события, предпринятые Джунковским меры не способствовали ни укреплению политической полиции, ни оздоровлению обстановки в отношениях между её руководящими кадрами.