В своих указаниях о розыскной работе Зубатов особенно подчеркивал, что в общении с арестованными и причастными к политической работе лицами тон раздражения и запугивания совершенно недопустим. Люди, которые идут в ссылку и даже на смертную казнь, на угрозу и грубость реагируют не страхом, а раздражением. Человек не должен выходить из охранного отделения с уязвленным самолюбием. В особенности же он считал, что должны быть продуманы отношения к секретным сотрудникам; эти люди находятся в постоянной опасности, и недопустима со стороны розыскных органов неосторожность, которая могла бы «провалить» их.
Еврейский вопрос он учитывал как временное историческое явление, которое должно разрешиться по примеру западноевропейских государств, т.е. все ограничительные для евреев законы должны отойти в историю.
Выйдя с хорошей пенсией в отставку, Зубатов поселился сначала во Владимире, затем в Москве, ничем не проявляя себя в сфере нашей деятельности. В Москве я встретился с ним шесть лет спустя, состоя в должности начальника Московского охранного отделения. Бывали мы друг у друга как добрые знакомые. Он несколько опустился, и чувствовалось, что он относится к своей отставке как к несправедливой обиде. На грядущее он смотрел мрачно, предвидя, что революция явится гибелью России В этом он был твердо убежден.