Так же интенсивно, как Цонкапа учился сам, он преподавал Дхарму своим ученикам, собирая их в условиях коллективных ретритов. Так, например, в течение трех месяцев ежедневно, разделив время от рассвета до заката на пятнадцать сессий, он передал учения по линии Марпы и Миларепы вместе с комментариями к ним — семнадцать текстов, включая «Праманаварттику» Дхармакирти, «Абхисамаяланкару» Майтреи, «Абхидхармакошу» Васубандху, «Сутрасамуччаю» Асанги, «Виная-сутру» Гунапрабхи, пять ключевых текстов Нагарджуны, «Мадхьямакаватару» Чандркирти, «Четырехсотенную» Арьядевы и «Бодхичарьяватару» Шантидевы. Причем, все передаваемые тексты он знал наизусть и объяснял их во всей логической глубине и в тонкостях. И все это Чже Ринпоче совмещал с собственной ежедневной практикой и с самопосвящениями в мандалы идамов [Thurman 2009, p. 26]. Учения для своих учеников он совмещал с продолжением собственного обучения у мастеров тантр.
По просьбе учеников после достижения тридцатилетнего возраста им были написаны сотни работ, собрание которых составляет восемнадцать томов. Когда в возрасте тридцати двух лет он приступил к написанию комментария к сутрам праджняпарамиты, он сделал это «на основе синтеза всех индийских комментариев — а их насчитывалось двадцать один — к трактату Майтреи «Абхисамаяланкара», который сам является комментарием к праджняпарамитским сутрам» [Thurman 2009, p. 25]. Этот его труд называется «Золотые четки благих разъяснений» (legs-bshad-gser-phreng) (1388–1389). Прочитав этот текст уже в зрелом возрасте, сакьяпинский мастер лоцава Такцанг Шераб Ринчен (Stag-tshang-lotsaba Shes-rab-rin-chen,1405–1455), который в юношеском возрасте выступал критиком Чже Цонкапы и приписывал ему восемнадцать противоречий, изменил свое мнение. Ранее, в таких сочинениях как «Понимание всех философских систем» (grub-mtha'— kun-shes) и «Восемнадцать великих противоречий» ('gal-ba'i-khur-chen-bco-brgyad) он с юношеским высокомерием критиковал позицию Цонкапы о том, что логико-эпистемологическая традиция Дигнаги и Дхармакирти совместима с мадхьямакой, в особенности отрицая такую возможность для прасангики Чандракирти. Такцанг утверждал тогда, что логика (прамана; tsad-ma), так же как и медицина, грамматика и искусства, не относится к внутренним, буддийским, наукам, и что она несовместима с доктриной пустоты как конечной природы реальности. Эта критика со стороны Такцанга вызывала споры на протяжении веков и породила ответные отклики со стороны философов-гелугпинцев: Четвертого Панчена-ламы Лосанга Чокьи Нимы (Pan-chen-blo-bzang-chos-kyi-rgyal-mtshan, 1570–1662), Джамьянга Шепа Дордже ('Jam-byangs-bzhad-pa'i-rdo-rje, 1648–1721), Джамьянга Кхьенце Вангпо ('Jam-byangs-mkhyen-brtse'i-dbang po, 1820–1892). Судя по тому, как об этом писал амдоский ученый Тукан Лосанг Чокьи Ньима (Thu'u-bkwan-blo-bzang-chos-kyi-nyi-ma, 1737–1802) в своей историко-философской работе «Хрустальное зерцало философских систем», Такцанг-лоцава оказал определенное влияние на тибетских буддистов в эпоху после ухода Чже Цонкапы, поскольку появилась литература, выражавшая взгляды, противоположные позиции Чже Ринпоче. Но ученики и последователи Чже Ринпоче, по словам Туквана, «превратили их в пепел с помощью священного и логического потока алмазного огня», к тому же и сам Такцанг после того, как более внимательно изучил тексты Цонкапы, «потерял свою гору гордости и обрел веру последователя Дхармы в отношении Цонкапы, и искренне хвалил его» [Taktsang-Lotsawa]. Он пришел в восхищение и осыпал трактат и автора хвалебными словами, и написал такие слова: «Когда восходит солнце Вашей мудрости, цветок моей гордыни растворяется» [Ibid.]. Он признал, что ошибался в отношении Цонкапы, потому что был еще незрелым юношей и имел закрытый ум.
В тот период, когда Чже Цонкапа находился в реципрокных отношениях Учитель-Ученик с ньингмапинским ламой-махасиддхой Кхенчен Намкха Гьялценом по приглашению того учителя в монастыре Лходрак, у него зародилось намерение отправиться в Индию к Майтрипе с целью развеять с его помощью свои сомнения в понимании мадхьямаки. Но Намкха Гьялцен, посоветовавшись со своим идамом Ваджрапани, сказал, что Цонкапа принесет больше пользы живым существам и своим ученикам, оставаясь в Тибете, а свои сомнения он может рассеять, задавая вопросы непосредственно идаму [Цонкапа 2012, с. XLVI]. Как сказал когда-то Кьябдже Триджанг Ринпоче, младший наставник Его Святейшества Далай-ламы XIV, «мы обязаны созданием «Ламрим-ченмо» и других трудов этому ньингмапинскому ламе, потому что если бы Цонкапа ушел из Тибета, он был бы для нас потерян» [Thurman 2009, p. 33].