Прислушавшись к совету Намкха Гьялцена, Чже Цонкапа остался в Тибете. В монастыре Раденг, который был основан Дромтонпой и откуда происходит традиция групповых ретритов, в этом месте, где жили великие геше, он, пребывая в ретрите, написал в 1402 г. в возрасте 46 лет по просьбе учеников и ради помощи многим живым существам свой великий энциклопедический труд «Ламрим-ченмо», который является коренным руководством к практике постепенного пути. Позже были написаны еще «Средний Ламрим» и «Малый Ламрим» («Песнь духовного опыта»), а также множество комментариев к практикам. В трех текстах «Ламрим» объясняется полная система поэтапной практики Пути, основанная на преданности Гуру как корне всех реализаций. Учитывая, что в Тибете в то время наблюдался упадок нравственной дисциплины практикующих, Лама Цонкапа написал комментарий к главе о винае «Уровней бодхисаттв» Асанги. Для того чтобы подчеркнуть, что для тантрической практики преданность Гуру имеет еще большее значение, чем для общего Пути, он написал комментарий к «Пятидесяти строфам почитания Учителя» Ашвагхоши. В Тибете до Чже Цонкапы трудам Дигнаги и Дхармакирти не придавалось должного значения в контексте Пути, поскольку логика, как уже было сказано выше, считалась «внешней» дисциплиной. С целью подвигнуть учеников к пониманию значения буддийской логики и эпистемологии на пути просветления, он преподал ряд соответствующих курсов во время коллективных ретритов.
И все это время он не прекращал передавать учения тантр и проводить тантрические ретриты. Так, в его биографии говорится, что в монастыре Вёлка Джампа Линг он дал учение о стадиях высших тантр, совмещая это с объяснением «Ламрим чен-мо» [см.: Thurman 2009, p. 39]. Здесь указан принципиальный момент: практики Ламрима — постепенной системы реализации общего Пути — являются фундаментом постепенной реализации быстрого Пути тантр. Именно к Чже Цонкапе восходит система совмещенной практики сутраяны и ваджраяны, позже получившая название «линия Венсапы» по имени махасиддха Гьялва Венсапы Лобсанг Дондруба (1504–1566). Он был главным держателем традиции устных учений, которые были напрямую получены Чже Цонкапой от Манджушри, как говорится об этом в биографии Цонкапы. Намтар (агиография) шести первых махасиддхов устной традиции школы гелуг [Willis 1995], в которой содержится биография Гьялва Венсапы, является свидетельством того, что благодаря разработанной Чже Цонкапой уникальной системе тантрической медитации его последователи достигали высших реализаций, образуя непрерывную линию махассиддхов школы гелуг. Устные учения (gsung-chos), сущностные наставления (gdams-ngag) и тайные инструкции (man-ngag) этой линии трансмиссии Дхармы, восходящей к Чже Ринпоче, служат «ключом» к пониманию буддийского философского наследия Индии и методологической основой системной практики Пути (трех этапов, пяти путей) в единстве сутраяны и ваджраяны.
Что касается ваджраяны, то Ламой Цонкапой был написан ряд комментариев к тантрам Ваджрабхайравы, Чакрасамвары, Калачакры, Гухьясамаджи — таких как «Ясное описание пяти стадий Гухьясамаджи» (gSang-'dus- rim-lnga-gsal-sgron); комментарий к «Ритуалу мандалы Гухьясамаджи из двадцати строф» — тексту ученика Нагарджуны Нагабодхи и др. Грандиозным обобщением учений и практик тантр явился его трактат «Большое руководство по этапам тантры» (sngags-rim-chen-mo).
Примечательной чертой Ламы Цонкапы как философа и ученого являлось то, что, как правило, он создавал свои трактаты в ритодных условиях и при непосредственной поддержке идамов, практики которых он выполнял. Опора на сверхобычную связь с идамами — то, что с точки зрения современного академического рационализма выглядит как мифологизация его личности и творчества, в контексте буддийской учености квалифицируется как проявление высшего рационализма, основанного на единстве философии и медитации. Это явление не столько «нормальное», сколько вполне возможное и рационально объяснимое в махаянской традиции мировосприятия и концепции реальности, связанное также с активизацией сверхобычных ментальных ресурсов, превышающих возможности обычного интеллекта. Поэтому тексты Цонкапы являются не просто философским дискурсом, а результатом его медитативных инсайтов и духовного опыта. Все главные труды — тексты «Ламрим», важнейшие тантрические тексты, включая «Нгагрим-ченмо», и основные философские трактаты — имеющий огромное герменевтическое значение текст «Легше-ньингпо» (Legs-bshad-snying-po), «Океан аргументов» (Rigs-pa'i-rgya-mtsho) — комментарий к «Муламадхьямакакарике» Нагарджуны, «Разъяснение замысла» (dGongs-pa-rab-gsal) — комментарий к «Мадхьямакаватаре» Чандракирти — Чже Ринпоче написал в зрелый период, в последние два десятилетия его жизни. Из философских сочинений Чже Ринпоче два названных комментария имеют фундаментальное значение для понимания смысла срединного пути — мадхьямаки, которую обосновал Арья Нагарджуна.