Керрль учредил Имперский комитет церквей во главе с пользовавшимся авторитетом доктором Цельнером, с целью объединения протестантских церквей. Однако в 1937 году само нацистское руководство от идеи унификации отказалось.
Безусловно, и в протестантской среде существовали группы, настроенные к нацизму оппозиционно. Уже 21 сентября 1933 года был образован Чрезвычайный союз пасторов, или Исповедальная церковь. Организацию возглавили три берлинских пастора: Мартин Нимелер, Герхард Якоби и Эйтель-Фридрих фон Рабенау. До января 1934 года в Исповедальную церковь вступили около 7000 священников. Исповедальники протестовали против применения «арийского параграфа» и ряда других акций режима. Хотя большинство членов Исповедальной церкви принципиально одобрили приход нацистов к власти и выступали лишь против «отдельных негативных эксцессов», некоторые функционеры решились на более радикальные действия.
К примеру, Мартин Нимелер в мае 1936 года подал меморандум Гитлеру. В этом документе он заявил о своем осуждении нацистского режима в связи с его антисемитизмом. До сих пор не вполне ясны причины этой акции, ведь до определенного момента сам Нимелер состоял в нацистской партии, декларировал свою верность «национал-социалистической революции»302 и публично восторгался Гитлером (не надо и говорить о том, что нацисты никогда не скрывали свой антисемитизм). В ноябре 1933 года приветствовал решение о выходе Германии из Лиги Наций и в поздравительной телеграмме Гитлеру назвал это событие национальным подвигом.
27 июня 1937 года Нимелер, обращаясь к своим прихожанам, сказал: «Мы не больше древних апостолов помышляем о применении силы для спасения от руки властей. И не больше их готовы молчать… когда сам Господь повелевает нам говорить»303. Спустя несколько дней пастора арестовали и заключили в берлинскую тюрьму Моабит. Гросс-адмирал Эрих Редер, командующий Военно-морским флотом Германии, искренне верующий христианин, предпринимал неоднократные попытки добиться освобождения Нимелера (в годы войны сам пастор был командиром подводной лодки). Он даже получил разрешение Гиммлера и Гейдриха на то, чтобы опального пастора посетил адмирал фон Ланс с целью убедить главу Исповедальной церкви дать письменное согласие не произносить больше с кафедры политических заявлений. Однако Нимелер отказался дать такое обязательство и до конца войны провел в застенке. Репрессии коснулись и некоторых других «исповедальников».
С другой стороны, в период между 1934 и 1936 годами органы юстиции вынесли ряд приговоров, признающих полномочность обвинений, выдвинутых представителями Церкви против имперского епископа и министра по делам Церкви. Это делало применение насильственных акций невозможным.
В целом ряде случаев репрессии против протестантов имели гораздо менее радикальный характер, нежели чем против католиков. Иногда судебные инстанции и вовсе отказывались применять санкции. В 1938 году в Кёльне суд оставил без последствий дело священника, который в проповеди назвал нацистов «коричневыми насекомыми-вредителями»304.
Показателен следующий случай, касающийся дела учителя средней школы доктора Вальтера Хобома, преподавателя истории, французского и английского языков. В июне 1937 года он обратился в рейхсканцелярию с просьбой об исключении его из Национал-социалистического союза учителей, так как в мировоззренческо-религиозной области он не может следовать за партией, которая многократно пыталась отстранить от общественной жизни членов Исповедальной церкви. В итоге состоялось расследование на предмет досрочной отставки «политически неблагонадежного» Хобома. В ходе слушаний последний заявил, что не отрицает национал-социалистическое мировоззрение как таковое, но не может одобрить направление, представленное Розенбергом, поскольку оно противоречит христианским принципам. В конце концов чиновники рейхсканцелярии пришли к выводу, что несогласие со взглядами Розенберга не является достаточным поводом для отставки. Хобому разрешили вернуться на работу.
К слову, против мировоззренческой позиции Розенберга неоднократно выступали и государственные функционеры. Когда «партийный философ» осенью 1939 года попытался укрепить свои шаткие позиции «полномочного представителя фюрера по наблюдению за всем духовным и мировоззренческим обучением и воспитанием НСДАП», его подвергли обструкции Геббельс, министр образования Руст, министр по делам Церкви Керрль. Последний написал в рейхсканцелярию пространный протест, в котором указывал: «В течение прошлых лет имя Розенберга для широких слоев населения — неважно, справедливо или нет, — в определенной степени стало символом враждебного отношения к Церкви и христианству… А Третьему рейху нужны христианство и религия, потому что ему нечего предложить взамен христианской религии и христианской морали»305.