В результате стихийно возникавшие из окруженцев и местных сторонников советской власти партизанские отряды оказались без запасов продовольствия и вооружения. Им недоставало и кадров, имевших опыт борьбы в тылу врага. Многие специалисты по партизанскому движению, напомню, погибли в ходе репрессий 1937—1938 годов.
Как уже говорилось, в первые месяцы войны значительная часть населения видела в немцах освободителей от большевиков. Оставшиеся во вражеском тылу отряды красноармейцев, которым посчастливилось избежать плена, испытывали острую нужду в боеприпасах и продовольствии и не успели еще установить связь с Москвой. Но уже к зиме 1941/42-го засланные из-за линии фронта специальные небольшие партизанские группы и авторитетные командиры и комиссары сумели сколотить первые отряды, причинявшие немцам немалое беспокойство. Да и разочаровавшиеся в оккупантах местные жители стали помогать партизанам, пополняя их ряды или добровольно снабжая продовольствием и теплой одеждой. Поражение немецких войск под Москвой способствовало развитию партизанского движения. Многим стало казаться, что немцы скоро покатятся назад к границе под мощными ударами советских войск.
Москва сразу же постаралась поставить партизанское движение под свой контроль. Сначала им руководили Военные советы соответствующих фронтов и находившиеся при них представители НКВД, а также компартии союзных республик и подпольные обкомы оккупированных областей РСФСР. 30 мая 1942 года при Ставке Верховного Главнокомандования был создан Центральный штаб партизанского движения во главе с первым секретарем Компартии Белоруссии П. К. Пономаренко. К тому времени выяснилось, что партизанские отряды могут получать оружие, боеприпасы, а порой и продовольствие преимущественно по воздуху. Центральный штаб в этом отношении располагал значительно большими возможностями, чем командование отдельных фронтов, – он мог привлекать транспортную и авиацию дальнего действия. Кроме того, в сентябре 1942 года главнокомандующим партизанским движением был назначен Климент Ефремович Ворошилов, которому подчинялся Центральный штаб партизанского движения. Однако очень скоро выяснилось, что аппарат главнокомандующего и аппарат штаба дублировали друг друга, а Климент Ефремович превратился в еще одну промежуточную инстанцию между Центральным штабом партизанского движения и Ставкой. Поэтому уже в ноябре 1942-го его пост был упразднен.
Впоследствии Центральный штаб претерпевал всевозможные изменения: был расформирован, снова воссоздан и только 13 января 1944 года окончательно упразднен. Руководство партизанами передали республиканским штабам. Пономаренко возглавил самый крупный из них – Белорусский. Освобождение советской территории шло безостановочно, и местным штабам было сподручнее координировать взаимодействие партизан и частей Красной Армии, а также снабжать первых всем необходимым. Это, однако, не предотвратило крупные поражения партизанских отрядов Белоруссии практически накануне изгнания врага из республики.
В Прибалтике и Бессарабии массового просоветского партизанского движения так и не возникло. На Украине же с освобождением Левобережья Днепра оно по сути прекратилось и свелось к рейдам крупных партизанских соединений С. А. Ковпака, М. И. Наумова, А. Н. Сабурова и других в западно-украинские Карпаты. Фактически эти соединения правильнее было бы называть войсками специального назначения типа немецкой дивизии «Бранденбург», в которую был развернут одноименный полк. Они занимались диверсионной и в меньшей мере разведывательной деятельностью, атаковали неприятельские гарнизоны, захватывали склады, разрушали железные дороги и мосты. Однако им приходилось действовать среди по преимуществу враждебного местного населения и вести бои не только с немцами и их пособниками, но и с отрядами УНА и польской Армии Крайовой.
Сталин и Пономаренко вплоть до конца войны заблуждались относительно того, что партизанские отряды способны воевать главным образом с помощью оружия и боеприпасов, захваченных у врага. 18 августа 1942 года Пантелеймон Кондратьевич направил специальную директиву фронтовым штабам партизанского движения:
«Во-первых, партизанские отряды должны, и имеют к этому все возможности, обеспечить себя за счет противника. Партизаны, если у них нет в достаточном количестве оружия, боеприпасов и другого снаряжения, должны добыть все это в бою… Нельзя приучать отряды требовать и полагаться на снабжение только из центра и поощрять этим беззаботность в отрядах.
Во-вторых, фронтовые штабы, представляя заявки в Центральный штаб, упускают из виду, что все вооружение, боеприпасы, снаряжение и др. отпускаются для действующих фронтов и армий и… снабжение должно идти через них, а они, в свою очередь, вправе и должны предъявлять соответствующие заявки… для нужд партизанского движения. Доставка в отряды грузов самолетами также может во многом быть разрешена силами фронтов.
Само собой разумеется, что в снабжении специальным вооружением, например рациями, подрывными минами и т д., Центральный штаб партизанского движения будет оказывать помощь».