Не было препятствий и в развитии национальной культуры и языка. В 1864 году в Ковенской губернии, вопреки желаниям местной польской шляхты, было разрешено обучение детей литовского (жмудского) населения родному языку и изложение катехизиса на том же языке. Единственно, в литовской грамматике латиница была заменена кириллицей, что отнюдь не мешало свободному национальному развитию литовцев, а скорее способствовало социализации молодых литовцев в российском обществе.
Еще более Михаил Николаевич сделал для национального развития белорусов. Генерал-губернатор, очевидно, полагал, что белорусы вместе с великороссами и малороссами суть ветви одного корня — русского народа. Для него определения «православный» и «русский» были идентичны. Но это не означает, что он отрицал самобытность белорусского народа. Как раз отличия белорусов от поляков всячески подчеркивались. Именно при Муравьеве и его преемниках в местной печати, прежде всего, в «Могилевских губернских ведомостях» стали выходить материалы по истории «Русско-Литовского края». По инициативе официальных властей на языке белорусского народа увидели свет издания «Беседа старого вольника с новыми про их дело» и «Рассказы на белорусском наречии». В апреле 1864 года начала свою работу Виленская комиссия для разбора и издания древних актов, значение которой для формирования исторического самосознания белорусов трудно переоценить. Благодаря усилиям сотрудников этой комиссии было расчищено от сорняков поле исторического прошлого нашей страны. Первый глава комиссии П.А. Бессонов, назначенный лично М.Н. Муравьевым, стал, по сути, отцом-основателем научного белорусоведения. Изданный затем им сборник «Белорусские песни» является уникальным памятником народной культуры, который ученые-фольклористы используют до сих пор.
И вот эта деятельность — колонизация в области культуры? Да Михаил Николаевич Муравьев заложил фундамент для белорусского культурного возрождения! Более того, он был заинтересован в нем и по долгу службу, и по зову сердца. Ведь восстановление подлинных исторических и культурных традиций белорусского народа неизбежно вело к осознанию неразрывной, извечной связи всех восточнославянских народов. А это и была главная стратегическая цель Муравьева.
Борьба за умы и души должна начинаться в школе. Это неоднократно подчеркивал М.Н. Муравьев. Понять суть его деятельности по преобразованию сферы народного просвещения невозможно без представления о том, что происходило в школах Северо-Западного края накануне и во время мятежа. Сам главный начальник края так описывал состояние дел в данной сфере: «Польское дворянство и духовенство старались наполнить школы местной шляхтой», чтобы затем продвигать ее на административные посты. До начала 1860-х годов белорусские учебные заведения почти полностью находились в руках поляков. Один из главарей сепаратистов И. Огрызко признавался, что основная причина его убеждений — школа, «где он с малых лет слышал извращенные факты истории и питался мятежным духом». Учителя не ограничивались только пропольской пропагандой, но и открыто подбивали учеников на противоправные действия: глумления над православными символами и церквями, избиения лояльных правительству граждан.
М.Н. Муравьев пошел на закрытие Горыгорецкого земледельческого института. Но что это было за учебное заведение в тот период? В начале 1860-х годов занятия по профилю в институте практически игнорировались. Студентов открыто готовили к участию в мятеже. Инспектор института обучал своих подопечных стрельбе и создавал схроны с оружием. Неудивительно, что большинство преподавателей и студентов присоединились к мятежникам. Реакция властей была жесткой, но, согласитесь, справедливой. Связь с сепаратистами поддерживали и представители других учебных заведений. Учитель Виленского раввинского училища Пршибыльский читал откровенно подстрекательские лекции в публичном музее и состоял секретарем Литвы при Варшавском подпольном жонде. Результаты подобной деятельности не замедлили сказаться. Установлено, что из учебных заведений Северо-Западного края в шайки мятежников ушло около 2 тысяч учащихся. Причем несовершеннолетние «революционеры» отличались особой жестокостью. Ученик одной из гимназий Левиновский совершил девять убийств. Нужно особо подчеркнуть, что даже таких извергов, ввиду их малолетства, не приговаривали к смертной казни. Убийц отправляли на каторгу, а прочих попросту пороли и отдавали на поруки родителям, с которых брали штраф, «за то, что не имели надлежащего надзора и допустили к побегу в мятежные шайки».