В октябре 1937 года он получил «второй удар» от Сталина, точнее, был арестован за принадлежность к «Польской организации войсковой» и приговорен к высшей мере наказания. Богуцкий был расстрелян 19 декабря 1937 года, а посмертно реабилитирован 31 марта 1956 года.
Именем Вацлава Антоновича Богуцкого названа улица в Гродно. В Минске на доме, где он жил, установлена мемориальная доска.