Нужно отдать должное терпению и трудолюбию этого добродушного на вид человека. Знакомство со всеми подразделениями и частями центрального подчинения было обстоятельным и кропотливым. Все понимали, что ему приходится нелегко. Разведка — особый вид деятельности вооруженных сил, который нельзя прервать, остановить на время, переосмыслить задачи. Все нужно решать, что называется, «на ходу». Отсюда и вытекают немалые трудности для новичка: громадный поток информации, принятие решений по запросам зарубежных аппаратов, доклады руководству Вооруженных сил и государства. И это в период, когда оставшийся на посту президента СССР М. Горбачев уже фактически не руководил страной, а президент России Б. Ельцин не имел права командовать Вооруженными силами и брать на себя принятие политических решений.
Евгений Леонидович выстоял период двоевластия достойно. Генерал с блестящей общей подготовкой, быстро ориентирующийся в обстановке, доверившийся своим подчиненным как профессионалам в решении текущих задач, он осторожно вел корабль Главного Управления по волнам бурлившего страстями общества.
Крушение СССР поставило точку в сложившейся неопределенности.
Могущественные Вооруженные Силы великой страны в одночасье превратились в так называемые Объединенные Вооруженные силы стран СНГ. Уникальный за всю историю человечества случай: многомиллионная современная армия, насчитывающая в своем составе десятки и сотни стратегических, оперативно-стратегических, оперативно-тактических объединений и соединений, десятки тысяч танков, самолетов различного назначения, ядерных боеприпасов и средств их доставки на любую дальность, сотни боевых кораблей различных классов и типов, многие и многие тысячи других современных видов оружия и военной техники оказались вне государственной принадлежности. Попытки убедить руководство ОВС СНГ взять все бывшие ВС СССР под юрисдикцию России (с последующим цивилизованным их разделом для других вновь образовавшихся государств на территории бывшего СССР) натыкались на единственный аргумент: ОВС СНГ — единственная структура, которая создает видимость правомочности существования Содружества Независимых Государств. В противном случае Б.Н. Ельцин опасался (!?) войти в историю как разрушитель СССР.
В этих условиях начался самопроизвольный захват независимыми республиками находящихся на их территории объединений, соединений, частей, вооружения и военной техники. Первой подала пример Украина. Уже 1 января 1992 года президент Л. Кравчук самостоятельно взял под юрисдикцию Украины находящиеся на ее территории войска Киевского, Прикарпатского и Одесского военных округов, все расположенные там стратегические объекты и средства, включая органы, силы и средства военной разведки, в том числе центрального подчинения. В результате целостность структуры военной разведки, управление ее разведывательными органами, в том числе находящимися далеко за пределами Украины, были нарушены. «Пример» по захвату войск оказался заразительным и для других республик СНГ.
Ситуация усугублялась тем, что в связи с решением руководства России сократить численность центрального аппарата военного ведомства на одну треть соответствующее сокращение коснулось и Главного управления военной разведки.
Руководство Главного Управления во главе с Е.Л. Тимохиным вводило корректировку в задачи военной разведки с учетом новых факторов угрозы безопасности новой России и изменений на политическом пространстве бывшего СССР. Устранение негативных и разрушительных для военной разведки последствий тех смутных лет пришлось на долю последующих руководителей Главного управления.
Администрация президента России вновь перетасовала кадры в министерствах и комитетах. Пришла очередь и военного ведомства. Созданный в июне 1992 года Совет безопасности во главе с Ю.М. Скоковым начал решение кадровых вопросов в Вооруженных силах.
В состав Совета при решении кадровых вопросов входили помимо самого Ю. Скокова Д. Волкогонов — советник президента России по военным вопросам, В. Степашин или A. Пальгунов — соответственно председатель и его заместитель Комитета Совета народных депутатов по вопросам обороны и безопасности, П. Грачев — министр обороны России, B. Дубынин — начальник Генерального штаба, Б. Бункин — академик, генеральный конструктор систем ПВО. Кандидатов на должности определяло руководство Министерства обороны и Генерального штаба, и Евгений Леонидович знал, что его фамилии в их числе не будет.