12) При начальнике отдела состоит особое лицо для поручений, являющееся его ближайшим помощником, и 5 уполномоченных для связи с партийными организациями в центре и на местах».
По новому штату комсостав Региструпра выглядел так: заместитель начальника Управления — В. Павулан, для поручений при нем — Д. Ипполитов, начальник Агентурного (сухопутного) отдела — Н. Чихиржин (Назаров), для поручений при нем — В. Вальтер, места начальников всех четырех отделений были вакантны; Агентурный (морской) отдел или, как его еще называли, Морской разведывательный отдел, возглавлял А. Деливрон, Отдел военной цензуры — Я. Грейер, старшим консультантом Консультантства был В. Зиверт, шифрами по-прежнему ведали В. Панин и П. Озолин.
Между тем, видимо, из-за загруженности работой на фронте, Семен Иванович Аралов уже с апреля не подписывал приказы по Региструпру, а руководство тем временем подбирало ему замену. Председатель РВСР Л. Троцкий телеграфировал из Харькова 22 мая 1919 года: «…Не думаю, чтобы Лашевич был тверже Аралова. У него только другой уклон мягкости. Скорее уже для Полевого Штаба подходит Гусев…» 5 июня председатель РВС Республики телеграммой из Харькова передал ряд кадровых предложений для ЦК РКП(б) в связи с реорганизацией Украинского фронта. Аралова он предлагал назначить членом РВС 12-й армии. Назначение состоялось через две недели. Семен Иванович сдал дела по должности военкома ПШ новому члену РВСР С. Гусеву, а в самом начале июля сдал дела и по должности члена РВСР.
12-ю армию, куда направили Аралова, еще предстояло создать из частей 1-й и 2-й Украинских советских дивизий, в свою очередь сформированных из партизанских отрядов. Семен Иванович вспоминал: «В муках и тяжелых боях родилась эта армия. С первых дней ее существования я был свидетелем того, как она мужала, росла и закалялась, приумножая свои ратные дела». Армия вела бои с петлюровцами и польскими частями на западе, с войсками Деникина — на востоке, с греческими и венгерскими дивизиями — на юге, с войсками генерала Щербачева у румынской границы. Не говоря уже о многочисленных бандах, засевших в тылу. За это время 12-я армия дважды (декабрь 1919 и июнь 1920) освобождала Киев. В составе армии сражались известные командиры Красной армии: А. Якир, И. Федько, Г. Котовский, Н. Щорс и другие. Летом 1920 года армия понесла большие потери и в декабре была расформирована. Ее наградили Почетным революционным Красным Знаменем.
Уже тогда Семену Ивановичу пришлось поработать и на дипломатическом фронте. В качестве председателя делегации Главного командования армиями РСФСР он вел в октябре 1920 года в Бердичеве переговоры с поляками об установлении демаркационной линии. Благодаря его способностям границу с Польшей удалось отодвинуть и освободить без боев часть территории Украины.
После недолгой — всего в течение месяца — работы в должности члена РВС и помощника командующего Киевским военным округом по политической части, 18 января 1921 года С.И. Аралов был вызван в Москву в распоряжение Народного комиссариата по иностранным делам РСФСР, но, не желая уходить с военной работы, он через М. Фрунзе добился отмены вызова. Однако в апреле его все же отозвали в Москву.
Он был полномочным представителем РСФСР в Литве (апрель — ноябрь 1921), затем фактически первым советским полпредом в Турции (декабрь 1921 — апрель 1923), с которой у Советской республики в то время были дружественные отношения. Работавший с Семеном Ивановичем в Турции Н. Равич писал о нем: «Высокий, крупный мужчина, с открытым лицом и на редкость прямым, если можно так сказать, рыцарским характером. Его очень любили все сотрудники. И у турок он пользовался большим уважением». Помощником военного атташе в Ковно и военным атташе в Анкаре был видный советский разведчик, впоследствии один из руководителей Раз-ведупра К. Звонарев (Карл Звайгзне). Много лет проработали в военной разведке и стали военными атташе тогдашние сотрудники его аппарата, которым Аралов дал отличные оценки: А. Маликов — выделялся «прекрасным знанием турецкого языка и страны», М. Абсалямов — «квалифицированный, хорошо владевший турецким языком, скромный и вдумчивый работник», а также Р. Гинзбург — шифровальщица, «прекрасно знавшая свое дело», впоследствии секретарь военного атташе, радистка нелегальной резидентуры в Италии.
С мая 1923 по ноябрь 1925 года Семен Иванович служил полпредом СССР в Латвии, по возвращении из Риги — членом коллегии НКИД СССР (1925–1927). С 1927 года Аралов — член президиума ВСНХ, председатель акционерного общества «Экспортлес». Затем работал в Наркомфине: член коллегии сектора культуры, начальник Главного управления государственного страхования. Позднее он стал заместителем директора Государственного литературного музея (1938–1941).