С сентября 1918 года Сергей Иванович служит в Красной армии. Три месяца он был членом РВС 2-й армии Восточного фронта. В это время командармом Второй назначили участника Первой мировой войны, бывшего полковника Василия Ивановича Шорина. 7 октября Гусев докладывал: «Через неделю, благодаря энергичной работе привезенного мною будущего командарма Шорина, из прибывших частей и прорвавшихся отрядов удалось сорганизовать две дивизии, которые немедленно были двинуты в наступление». Армия участвовала в Казанской и Ижевско-Воткинской операциях, наступала на сарапуло-красноуфимском направлении, вела бои против Пермской группировки войск Колчака, сражалась в районе Кунгура и Осы.
С декабря 1918 по июнь 1919 года С. Гусев входит в состав РВС уже всего Восточного фронта. Продолжая наступление, войска фронта, в составе которого воевала и 2-я армия, освободили Уфу и Оренбург, но весной 1919 года под напором противника вынуждены были отойти к Волге. Однако отступление не было долгим, вскоре началось контрнаступление, завершившееся в январе 1920-го разгромом основных сил колчаковской армии.
21 июня 1919 года Сергей Иванович назначается начальником Региструпра ПШ РВСР, хотя это была не единственная его должность. Из-за кадрового голода в ту пору приходилось поручать ответственным работникам сразу несколько направлений деятельности. Так было с Араловым, так произошло и с Гусевым. В июне — декабре он был членом РВС Республики, военным комиссаром ПШ РВСР, а с июля командовал еще и Московским сектором обороны.
Ближайшими помощниками Гусева в Региструпре стали В. Павулан, Д. Ипполитов, Т. Самсонов (Бабий). 1-м (агентурным сухопутным) отделом в этот период командовали: в июне 1919 года — В. Зиверт, затем — Н. Чихиржин, с декабря — В. Вальтер. В июле — сентябре назначены начальники всех четырех отделений этого отдела. Северное отделение возглавил В. Груздуп, Западное — Р. Кальнин, Ближневосточное — Е. Соколов, Дальневосточное — Г. Михайленко.
Только что установленное «Положением о Регистрационном управлении» Консультантство было ликвидировано.
Временно исполняющий должность заместителя начальника Управления Т. Самсонов 1 сентября написал «Объяснительную записку» для члена РВСР С. Гусева, в которой обосновал необходимость ликвидации подразделения, где работали военные специалисты, так как они «свободно могут информировать» о делах Региструпра противника. Вместе с тем, по его мнению, «наши партийные товарищи, работая долгое время с военспецами, уже приобрели технический опыт», а задания для разведки консультанты могут разрабатывать, находясь в составе Разведотдела Оперативного управления Полевого штаба, занимавшегося войсковой разведкой. В ответ С. Гусев наложил резолюцию: «Это вполне совпадает с моими прежними предложениями. Я жду только решения Оргбюро по этому вопросу, чтобы подписать приказ». И 16 сентября был издан приказ РВСР № 1484, в котором говорилось: «С 15 сентября 1919 г. Институт Консультантства при Регистрационном Управлении РВСР упраздняется. Личный состав передается в распоряжение Полевого Штаба для немедленного назначения на фронт». Через неделю был арестован сменивший Г. Теодори бывший старший консультант Региструпра В. Зиверт. Его подозревали в принадлежности к белогвардейской организации.
Вот некоторые из указаний Гусева по работе разведки: «Телеграмма 16/9 15.44. 1. Реввоенсовету 7-й армии. 2. Петрокр. 3. Копия Реввоенсовет Запфронта. Секретно. Ввиду создавшихся условий считаю упразднение агентурного отделения Петрокр несвоевременным. В целях объединения и согласования агентурной работы Штарм 7 с Петрокр необходимо, чтобы заведывающие названными агентурами работали в тесном контакте в смысле взаимной информации и обмена добытыми материалами. Агентуре Петрокр выполнять кроме прямых своих задач все оперативные агентурные задания Штарм 7. Москва 16 сентября 1919 № 899. Член Реввоенсо-вега Республики С. Гусев». «Телеграмма 15.36. Прошу для более успешного ведения дела агентуры оказывать органам Региструпра — агентурно-разведывательным отделениям штабов фронтов, армий и дивизий всяческое содействие [в] смысле предоставления и своевременности получения ими разного рода средств передвижения. 23 сентября № 963/г. Член Реввоенсовета Республики С. Гусев».