1 августа 1919 года РВСР издал приказ № 1222 с дополнениями к штатам и положению о Региструпре, подписанный заместителем председателя РВСР Э. Склянским и членом РВСР С. Гусевым. Приказ объявлял: «1. Все служащие Регистрационного Управления сохраняют за собой все права, присвоенные красноармейцам, состоящим на службе в Действующей армии. 2. В отношении денежного, пищевого и всех остальных видов довольствия Регистрационное Управление приравнивается к ПШ РВСР, через каковой оно и получает назначенное довольствие, кроме денежного, которое оно получает непосредственно через Финансовый Отдел РВСР».
Однако особое положение Региструпра и его непосредственная подчиненность РВСР все же сказывались, в Полевом Штабе постоянно забывали о том, что и разведка нуждается в довольствии. Временно исполняющий должность заместителя начальника Региструпра Т. Самсонов и сотрудник «для поручения» Д. Ипполитов 3 ноября 1919-го сообщали С.И. Гусеву: «Административно-Учетным Управлением Полевого Штаба и Начальником общей канцелярии того же штаба толкуется, что Регистрационное Управление не входит в состав Полевого Штаба. На основании этого сотрудники Региструпра не включаются ни в какие исходящие от Административно-Учетного Управления требования на вещевое довольствие и предметы топлива. Посему Региструпр более года не снабжается предметами обмундирования и топлива, и сотрудники его, имеющие законное право получать то же. что получают сотрудники Полевого Штаба, терпят крайнюю нужду в предметах обмундирования лишь благодаря своевольному толкованию учреждения, которое обязано снабжать их таковыми предметами. А между тем, абсолютно все кредиты Региструпра, исключая, конечно, агентурных, проходят по смете Полевого Штаба и кроме того на основании приказа Реввоенсовета Республики от 21 июня с.г. за № 1018/186 и от 1-го августа с.г. за № 1222 Региструпр является частью Полевого Штаба…» К этому времени Региструпр обосновался на новом месте — „а Большой Лубянке, 12.
В качестве члена РВСР С. Гусев часто выезжал на фронт. В июле, вскоре после назначения, он побывал на Южном фронте вместе с новым главнокомандующим Вооруженными силами Республики С. Каменевым, членом РВСР И. Смилгой и членом РВС фронта Г. Сокольниковым. Вернувшись из Козлова Тамбовской губернии, где находился штаб фронта, они доложили в ЦК РКП(б) план наступления, разработанный Каменевым при участии Гусева. Главком вспоминал впоследствии: «Исключительную, неоценимую поддержку оказал мне в этот период член РВСР гов. С.И. Гусев. Он более полно ввел меня в курс дела, он помог мне разобраться в обстановке других фронтов, он избавил меня от очень многих неожиданностей». Южным направлением Сергей Иванович занимался и в дальнейшем. В начале сентября В.И. Ленин поручил Э. Склянскому «следить за югом», «два раза в день говоря с Гусевым».
В сентябре Президиум Моссовета утвердил Комитет обороны Москвы и на основании Московского сектора обороны образовал Московский сектор войск, командовать которым также назначили Гусева. Приказ № 1 сектора, подписанный его командующим, гласил: «Московский сектор создается для обороны центральной части Республики, во-первых, от рейдов конницы противника, во-вторых, для упорной борьбы в том случае, если не удастся удержать наступление главных сил противника на Южном и Западном фронтах… Второй задачей войск сектора является: остановить и привести в порядок наши отходящие части и отразить вместе с ними наступление противника на позиции, остов которых составят… укрепленные узлы». На строительство оборонительных сооружений на подступах к столице было мобилизовано 120 тысяч человек. Загодя создавались и партизанские отряды для действий в тылу противника. Чтобы лично выяснить состояние дел в Московском секторе, охватывавшем Московскую, Калужскую, Рязанскую и Тульскую губернии. Гжатский и Юхнове кий уезды Смоленщины, Гусев несколько раз объезжал его. В ноябре опасность для Москвы миновала, и 22 числа РВСР постановил упразднить Московский сектор.
В декабре 1919 — январе 1920 года Сергей Иванович Гусев входил в состав РВС Юго-Восточного фронта, который с 19 ноября 1919 года вместе с Южным фронтом вел наступление против белых войск. Среди командиров фронта находились знакомые ему по Восточному фронту командующий Юго-Восточным фронтом В. Шорин, член РВС В. Трифонов, начальник штаба Ф. Афанасьев. Фронт освобождал Новохо-перск, Урюпинскую, Калач (октябрь — ноябрь 1919), в январе 1920-го — Царицын и Новочеркасск. Согласно постановлению РВСР от 16 января, Юго-Восточный был переименован в Кавказский фронт. Сергей Иванович остался на прежней должности и на новом фронте, те же посты заняли в командовании фронта Шорин, Трифонов и Афанасьев. Продолжая наступление, войска фронта разгромили врага на Северном Кавказе.