В мае же к руководству операциями на фронтах подключается оперативный отдел Народного Комиссариата по военным делам (Оперод Наркомвоена) во главе с Семеном Араловым, преобразованный в апреле из оперативного отдела штаба Московского областного военного комиссариата. «Я в то время заведовал оперативным отделом Наркомвоена, — писал через несколько лет Аралов. — В сферу моей деятельности входила разведывательная работа, организация особых групп для переотправки за рубеж, собирание сведений о состоянии враждебных нам сил, организация подрывных отрядов и проч.». В первое время отдел объединял всю агентурную и войсковую разведку на территории Советской России, а также выполнял специальные задания Совнаркома. «Организационное и разведывательное отделение оперода, — вспоминал Семен Иванович, — возглавлял молодой генштабист Б. Кузнецов, окончивший Николаевскую военную академию в 1916 или 1917 году. Когда отделение разрослось и его функции расширились, Кузнецов занялся исключительно вопросами военной разведки».
Семен Иванович рассказал и об одном из разведывательных отрядов, который возглавлял левый эсер А. Ковригин. «Ко мне обратилась весной 1918 года группа левых эсеров во главе с Ковригиным, Шишко и др., с предложением своих услуг в области разведки в районе Минской, Смоленской, Витебской губерний (так называемый “район западной завесы”) и отчасти Украины. Эта группа работала до конца лета и лево-эсеровский мятеж на ней особенно не отразился… После восстания Ковригин продолжал принимать деятельное участие в нашей разведывательной работе, давал серьезные сведения о расположении частей противника, организовывал подрывные группы…» Ковригин по поручению Аралова сформировал партизанскую школу. «В их распоряжении имелись два полевых орудия, винтовки, пистолеты. Занятия велись в помещении школы, а для практических действий выезжали за город».
17 июля Б. Кузнецов подготовил доклад, где рассказал о положении дел в своем подразделении: «Деньги дали, началась работа, главным образом агентурная, и в результате мы знаем с достаточной достоверностью расположение частей иностранных войск в пограничной полосе с ближайшим тылом, условия жизни в оккупированных местностях и заглядываем в такие центры, как: Рига, Митава, Либава, Минск, Берлин, Киев, Одесса и т. п…» На докладе стоит резолюция Аралова: «Тов. Механошину. Вполне присоединяюсь к докладу консультанта Кузнецова…» Как пишет М. Алексеев в своей работе «Военная разведка России», «разведывательные отделения Оперода Наркомвоена к 1 сентября 1918 года имели 34 агента-резидента, одну агентурную группу, состоящую из шести агентов, и двух агентов-маршрутников. Большая их часть работала на территории, оккупированной германскими войсками, и в основном в городах».
Чтобы скоординировать работу нескольких независимых органов военной разведки, была создана специальная Комиссия по организации разведывательного и контрразведывательного дела, которую возглавил начальник Оперативного управления ВГШ Б. Кузнецов. Оперод в Комиссии представляли: начальник Отдела военного контроля (контрразведки) М. Тракман и консультанты Б. Кузнецов и И. Чинтулов. В результате недельных заседаний (с 1 по 6 июля) было разработано «Общее положение о разведывательной и контрразведывательной службе», которое в конце месяца утвердил наркомвоен Л. Троцкий.
Статья 4 главы 1 «О разведывательной службе» этого документа гласит: