Лишь спустя два года министр обороны, лично разобравшись в инциденте, принес Деникину извинения и распорядился восстановить его в правах офицера Генштаба. Потом были годы безупречной службы командиром роты, батальона, полка. Тогда же Деникин попробовал себя в литературе. Его написанные под псевдонимом рассказы из военной жизни имели успех. И приносили небольшой дополнительный заработок: в средствах он по-прежнему был стеснен.
С началом Русско-японской войны Деникин подал рапорт о переводе в действующую армию. Воевал храбро, поражая сослуживцев умением сохранять хладнокровие в самых трудных ситуациях. Был досрочно произведен в полковники с формулировкой «за отличие», награжден орденами и Георгиевским оружием.
Первую мировую войну Деникин встретил уже генерал-майором, командиром бригады. Отличился смелостью и находчивостью в наступательных операциях, стойкостью в обороне. Берег солдат: потери в бригаде были сравнительно невелики. Через полгода Деникину предложили принять дивизию. От предложения он отказался, не желая покидать свою бригаду. Кончилось тем, что в начале 1915 года бригаду Деникина развернули в дивизию, а сам он был произведен в генерал-лейтенанты, став ее командиром. В мае 1916 года дивизия Деникина участвовала в Брусиловском прорыве. В августе того же года он был назначен командиром корпуса.
Вскоре после Февральской революции, которую Деникин, в отличие от многих русских военачальников, приветствовал, он стал командующим Западным фронтом, в августе 1917 года – был переведен на должность командующего Юго-Западным фронтом. К этому времени он порядком разочаровался в политике Временного правительства, и не считал нужным это скрывать. Близко сошелся с генералом Корниловым, видел в нем сильную личность, способную остановить анархию, охватившую армию и государство. В конце августа решительно поддержал выступление Корнилова, за что был заключен в тюрьму, из которой вышел сразу после большевистского переворота. Изменив внешность, Деникин в штатском платье добрался до Новочеркасска, где вместе с Алексеевым и Корниловым приступил к созданию Добровольческой армии. В конце марта 1918 года после гибели Корнилова под Екатеринодаром, Деникин ее возглавил.
Отказавшись от плана овладения Екатеринодаром, Деникин повел Добровольческую армию, численность которой не превышала 5 тысяч штыков и сабель, обратно на Дон, где вспыхнуло антибольшевистское восстание казаков. Договориться об объединении сил с восставшими не удалось, но Деникин получил возможность перегруппировать и пополнить армию, почти удвоив ее численность. Тем же летом Добровольческая армия отправилась в свой Второй Кубанский поход. Невероятно, но факт: Деникину удалось разгромить и обратить в бегство почти стотысячную группировку красных. В начале августа он взял Екатеринодар, куда со всех концов европейской России начали стекаться новые добровольцы. К февралю 1919 года силы Деникина насчитывали около 100 тысяч штыков и сабель. Теперь они именовались Вооруженными силами Юга России и включали три армии – Добровольческую, Донскую, Кубанскую – и Черноморский флот. Западные союзники признали Деникина главным руководителем антибольшевистских сил на юге России. Через Новороссийск к нему начала поступать военная помощь.
И именно в этот момент, когда от Деникина потребовался не только талант полководца, но также мастерство и гибкость политика, он стал допускать ошибки. На занятых войсками Деникина территориях юга России никакой иной власти, кроме военной, фактически не было. А военные управляли по-военному: решение сложных административных и политических проблем откладывали до победы, отдавали жесткие, зачастую невыполнимые приказы, сурово карая за их неисполнение. В казачьих частях, оказавшихся за пределами своих «войсковых» территорий, бытовали грабежи местного населения. Перегруженные добычей обозы снижали их мобильность. Настоящим камнем преткновения стала для Деникина национальная политика. Убежденный приверженец идеи «единой и неделимой России» он не смог найти общего языка с национальными движениями в Украине, Грузии и на Северном Кавказе, лидеры и боевые формирования которых из потенциальных союзников превратились в недоброжелателей, а то и в противников.
К июню 1919 года численность Вооруженных сил Юга России достигла 150 тысяч человек, под их контролем находились 18 бывших губерний Российской империи с населением свыше 40 миллионов человек.
3 июля 1919 года Деникин подписал свою знаменитую «Московскую директиву», нацеливавшую войска на взятие Москвы, куда к тому времени переехало большевистское правительство. Ставший вскоре преемником Деникина генерал Врангель считал эту директиву поспешной и ошибочной. Возможно, он был прав: непрерывно наступавшие части нуждались в передышке и пополнении, их коммуникации растянулись, а в тылу было неспокойно.