Одновременно была выработана система подготовки авиационных кадров для замены в Афганистан. До 1986 г. летный состав готовился для замены в два этапа в местах постоянного базирования и доподготовки на аэродромах Афганистана непосредственно в районе боевых действий. Например, короткую доподготовку (обычно это была неделя) для летчиков армейской авиации давали на аэродроме Каган.
После организации 1038-го Центра подготовки летного состава подготовка к замене в части, дислоцирующиеся на аэродромах Афганистана, проводилась в три этапа, каждый из которых состоял из теоретической и летной подготовки.
Первый этап проводился на аэродромах постоянного базирования, второй этап — в 1038-й ЦПЛС на аэродроме Чирчик и полигоне Чирчик-Горный, третий этап — на аэродромах Афганистана.
Такая подготовка была крайне необходима, так как посадки и взлеты с высокогорных или запыленных площадок, при высоких температурах являются одними из самых сложных элементов в летной подготовке пилота-вертолетчика. Вот что вспоминает об этом Герой Советского Союза, летчик-испытатель Василий Петрович Колошенко: «Двигатели, выбрасывая из жаровых труб раскаленные газы, раскручивают несущий винт. Несущий винт отбрасывает вниз горячий воздух и перемешивает его с раскаленными газами, выходящими из двигателей. Эта смесь, опускаясь до земли, растекается в стороны, поднимает пыль, а затем поднимается вверх и вновь попадает в винт. Вокруг вертолета образуется настолько плотная пелена из воздуха, раскаленных газов и пыли, что еще до взлета вертолет оказывается в нисходящем потоке воздуха. Подняться вертикально вверх вертолет с тяжелым грузом не может, для этого недостаточно его многих тысяч лошадиных сил».
В результате прохождения программы доподготовки в специальных центрах летный состав был в целом готов к ведению боевых действий с применением новых тактических приемов в условиях Республики Афганистан. В процессе доподготовки командиры частей определили состав штатных групп различного тактического назначения исходя из индивидуальных особенностей каждого летчика. Летный состав, не освоивший программу доподготовки с хорошим качеством, откомандировывался в свои части. При такой методике подготовки летного состава к боевым действиям существенно снижалось количество боевых и небоевых потерь.
Система целенаправленной подготовки авиационных кадров к боевым действиям в целом себя оправдала — личный состав включался в боевые действия в основном более или менее подготовленным в техническом, тактическом и морально-психологическом отношениях.
И все же требовалось два-три месяца боевой работы, чтобы заметно возросло качество техники пилотирования, тактического мышления и боевого применения летного состава. Так, точность бомбометания у летчиков с отличной подготовкой по прибытии в Афганистан составляла 60 м, с хорошей — 90 м и с удовлетворительной — 130 м. По истечении срока адаптации она понижалась более чем вдвое, значительно возрастало количество прямых попаданий. Примерно в такой же прогрессии росли результаты применения неуправляемых ракет и стрелково-пушечного вооружения.
Особенностью в деятельности летного состава было также и то, что непосредственно в ходе боевых действий летчикам приходилось постигать все боевые возможности своих вертолетов. То, что еще вчера в мирных условиях считалось невозможным и недопустимым, здесь становилось нормой. Такой нормой в ходе войны в Афганистане стали развороты с креном 45 градусов и более, боевое применение всех видов средств поражения на углах пикирования в 30 градусов и более, уникальные посадки вертолетов на карнизы гор на высотах три и более тысячи метров, эвакуация больных и раненых из труднодоступных мест, доставка негабаритных грузов на внешней подвеске. Жизнь и боевая обстановка заставили значительно расширить рамки летной эксплуатации вертолетов. Статистика более чем десяти тысяч полетов на диапазоне высот от двух до пяти и выше тысяч метров убеждала, что хорошо тренированный, психологически подготовленный летчик выдерживает около часа полета в этих условиях.