Трудность заключалась еще и в том, что в заграждениях среди мин, поставленных с нормальным углублением, встречались мины, поставленные непосредственно у поверхности воды. В первые дни тральных работ, когда еще никто не знал, где находятся мины и как они расположены, тральщики наблюдали, как небольшие парусники подрывались на минах и взлетали на воздух. Часто, особенно после сильного волнения, находили мины, расположенные у самой поверхности воды, так что по ним можно было определить расположение минного поля или заграждения. Ввиду того что осадка миноносцев была большей, нежели у парусников, эти мины представляли для них серьезную опасность. Так, 13 сентября миноносец «Кютахья» («Kutachja») подорвался на мине севернее Кара-Бурну (восточного); кормовая часть его сильно пострадала, один матрос был убит, один — ранен; миноносец был удержан на плаву двумя другими. Попытка буксировать его до гавани не удалась, так как сильно изношенные тросы не выдержали. Прежде чем успели подвести под него якорные цепи, миноносец затонул, вследствие того что переборка в машинном отделении не выдержала. В течение сентября было уничтожено 157 мин.
14 сентября тральщики сделали попытку определить протяжение заграждений или минных полей севернее Босфора и, если возможно, протралить здесь проход. В 4–5 милях на N от маяков были найдены большие заграждения и уничтожено 18 мин. Мысль о проходе на N приходилось временно отложить, так как его пришлось бы отметить вехами на протяжении 10 миль от берега, что сделало бы протраленную полосу известной неприятелю, которому было бы нетрудно снова заградить ее минами или поставить подводные лодки на позиции у входа. Фарватер, оборудованный створами без постановки вех, не мог бы дать надежных результатов, принимая во внимание плохое состояние компасов и неточность карт. Единственной наличной картой являлась генеральная карта Черного моря, на которой 1 миля равнялась 2–3 мм. Более удобные для пользования карты были изготовлены позднее, в один из периодов затишья.
15 сентября предполагалось прибытие из Зунгулдака первого угольного транспорта «Патмос». Два эскадренных миноносца ожидали его на рассвете в четырех милях на N от Кара-Бурну. Когда рассвело, они увидели, что пароход выбросился на берег. Оказалось, что ночью, спасаясь от неприятельских эскадренных миноносцев, он приблизился к берегу, подорвался на мине и выбросился на берег. Минный взрыв произошел в носовой части. Позднее пароход был снят и отведен в док. Для этого пришлось вытралить мины в том районе и очистить фарватер от Кара-Бурну вплотную к берегу. Для этой цели были использованы 2 прибывших из Германии моторных катера из состава босфорской дивизии тральщиков. Выяснилось, что минное заграждение отстояло на 100 м (½ каб.) от берега и мины были установлены со столь малым углублением, что на зыби они появлялись на поверхности воды. В четырех милях на N от Кара-Бурну миноносцы нашли обширные заграждения, целый загражденный район, и к тому же там, где при тралении накануне ничего не нашли. Очевидно, мины были поставлены эскадренными миноносцами, замеченными «Патмосом» или же подводными лодками. Может быть, неприятельские подводные лодки проследили работу тральщиков, а вечером вошли в связь с эскадренными миноносцами. И позднее часто замечалось, что новые заграждения поставлены как раз там, где тральщики работали несколько дней тому назад.
Из-за полной неуверенности в фарватере подводные лодки, находившиеся в Варне, получили приказание временно не входить в Босфор; командиры всех черноморских портов получили извещение, что вход в Босфор невозможен даже для небольших судов. Русская заградительная деятельность летом 1916 г. являлась большим достижением русского флота. Неприятель поставил около 1800–2000 мин. Для этого требовалось немало ночей, так как к берегу можно было приближаться только ночью. Их заграждения доходили непосредственно до берега, они ставили новые мины вплотную к ранее поставленным, и надо было удивляться, с каким искусством и уверенностью они избегали своих мин, поставленных на малое углубление. Русские всегда ориентировались, по-видимому, по спасательным станциям.
Мины, стоявшие вокруг «Патмоса», были вытралены, а пароход разгружен. При этом канонерская лодка «Малатая», входившая в состав босфорского дивизиона тральщиков, 17 сентября подорвалась на мине; вся ее кормовая часть с рулем и винтами была оторвана, и вплоть до переборок машинного отделения все разрушено. Только благодаря тому, что эта переборка не сдала, канонерскую лодку удалось отвести в док. В последующие дни перед Босфором был протрален район радиусом в 5 миль, чтобы создать возможность свободного входа и выхода своим подводным лодкам.
N-е заграждение подводным лодкам надлежало проходить на большой глубине. 21 сентября в одной миле на W от Киссир-Кая было обнаружено новое заграждение, ветви которого шли от NО до NW. Здесь было вытралено 18 мин; точка излома заграждения находилась лишь в 200 м (1 каб.) от берега. В тот же день «Патмос» был снят и на утро с грузом в 2000 т угля через протраленный фарватер доставлен в Босфор. Заграждения к востоку от Босфора, по-видимому, были поставлены перпендикулярно к берегу, в направлении N — S и с севера замыкались двойным заграждением в несколько линий мин с направлением O — W.
Гибель миноносца «Кютахья», канонерской лодки «Малатия» и многих парусников особенно указывала на опасность мин с малым углублением. Протралить фарватер можно было только при тихой погоде моторными тральщиками. Во всяком случае, этим тральщикам приходилось прежде всего тралить мины, поставленные у самой поверхности воды, принимая во внимание, что выход из строя многих тральщиков вынуждал к крайней экономии средств. Делались попытки сперва протралить фарватер на Ost вплотную к берегу, так как здесь еще не были замечены мины с малым углублением и не взорвался еще ни один парусник. Южная ветвь тройного заграждения у Килии была протралена на 1000 м (5½ каб.) от берега, и свободный от мин фарватер отмечен пустыми корпусами мин; ввиду сравнительно небольшой величины этих корпусов и того обстоятельства, что они стояли близко друг от друга, можно было рассчитывать, что неприятель их не заметит. Таким же способом было вытралено заграждение у Киссир-Кая на 1000 м (5½ каб.) от берега и отмечено буями. С 23 по 25 сентября дул сильный NO-й шторм с волною и зыбью. Тральщики не могли выйти в море. Но эти дни плохой погоды оказались очень полезными. Все мины, поставленные на малое углубление, появлялись на поверхности воды в момент своего нахождения у подошвы волны. Через 3 дня все эти мины были оборваны и выброшены на берег, где они и взрывались вследствие прибоя. Наблюдательный пост Кара-Бурну (восточный) в одну из штормовых ночей насчитал 55 взрывов. С наступлением хорошей погоды после исчезновения мин с малым углублением можно было свободно тралить восточный фарватер. У Кара-Бурну и восточнее было вытралено большое количество мин.
Закупорку Босфора русский флот использовал для операций против различных портов восточное Босфора. 21 сентября дредноут и 2 эскадренных миноносца обстреляли на рассвете Килию (Шиле) и Эрегли. Они потопили несколько небольших пароходов. Самолет, вылетевший из Зунгулдака, сбросил 10 бомб по русским кораблям, из которых 2 попали в кормовую часть линейного корабля.
23 сентября комендант Босфора мог доложить, что фарватер до мыса Кара-Бурну (западного) вплотную к берегу протрален; 27 сентября весь W-й вход стал доступен и для больших кораблей, a Ost-й вход стал тоже свободен для больших судов. Было уничтожено всего 300 мин. Вход в Босфор был снова разрешен. В связи с этим стоявший в Зунгулдаке угольный пароход «Керасун» («Кеrаsun») получил приказание идти в Константинополь. 2 октября он благополучно прибыл к месту назначения. Это был первый пароход, пришедший со времени большой закупорки Босфора минами. Однако угольный транспорт «Ирмингард», вышедший в тот же день и шедший тем же курсом, что и «Керасун», подорвался на мине. Несмотря на все усилия, его не удалось удержать на плаву. После двукратного попадания торпедою с неприятельской подводной лодки он был потерян окончательно.