Однако в самый тяжелый для СССР момент, когда гитлеровские войска подходили к Сталинграду, когда Красная армия испытывала острый недостаток в оружии, боеприпасах, продовольствии и обмундировании, из СССР в Иран ушла вооруженная и обмундированная 80‐тысячная армия генерала Владислава Андерса, а с нею 37 тысяч гражданских лиц.
В середине апреля 1943 г. германские власти разместили в средствах массовой информации сведения об обнаруженном в Катынском лесу близ Смоленска массовом захоронении польских офицеров, расстрелянных НКВД весной 1940 г. Правительство Сикорского обратилось в Международный Красный Крест с просьбой о расследовании этого факта. Сталина возмутила не сама информация, а шаги поляков, в результате которых к расследованию были привлечены фашистские оккупационные власти. В гневном послании Черчиллю от 21 апреля 1943 г. он писал: «Правительство г-на Сикорского не только не дало отпора подлой фашистской клевете на СССР, но даже не сочло нужным обратиться к Советскому Правительству с какими-либо вопросами или за разъяснениями по этому поводу… На основании всего этого Советское Правительство пришло к выводу о необходимости прервать отношения с этим правительством».
«Лондонское» польское правительство, не считаясь с реальностью, продолжало требовать от своих представителей на освобожденных Красной армией территориях Польши немедленно брать власть в свои руки, а в Виленском крае — не подчиняться создаваемым органам власти Советской Литвы, формировать польские органы местной власти, полицию, органы безопасности, подчинённые Лондону. По сути, оно призывало поляков к гражданской войне в тылу воюющей Красной армии. Главнокомандующий АК генерал Сосновский в директиве от 7 июля 1944 г., направленной из Лондона командующему АК в Польше генералу Бур-Комаровскому, следующим образом определял политику «лондонского» эмигрантского правительства по отношению к советской власти и командованию Красной армии: «…Если по счастливому стечению обстоятельств в последний момент отхода немцев и до подхода красных частей появится шанс хотя бы временного овладения нами Вильно, Львова, другого большого города или определенной хотя бы небольшой местности, это надо сделать и в этом случае выступить в роли полноправного хозяина».
В соответствии с данной директивой на освобожденных территориях Польши и Литвы был организован саботаж. Подразделения АК разгоняли военкоматы, создавали местные органы власти, бойкотировавшие сотрудничество с командованием Красной армии, собирали и складировали оружие и боеприпасы, оставшиеся от гитлеровской армии, самовольно устанавливали систему налогообложения местного населения. В Вильнюсе и Вильнюсском крае повсеместно на публичных зданиях демонстративно вывешивались польские национальные флаги.
Документы воинских частей и соединений действующей Красной армии, подразделений войск НКВД по охране тыла, военной контрразведки «Смерш» подтверждали тот факт, что действия АК, мягко говоря, не вызывали понимания со стороны советских солдат и офицеров. В докладной записке наркома внутренних дел СССР Берии на имя Сталина и Молотова от 16 июля 1944 г. отмечалось, что в районах Вильнюса, Новогрудка, Туркели, Медников было сосредоточено до 25 тысяч солдат АК, хорошо вооруженных и обеспеченных артиллерией, немецкими самоходными орудиями, танками, автомобилями, мотоциклами. «Поляки безобразничают, — писал Берия, — отбирают насильно продукты, рогатый скот и лошадей у местных жителей, заявляя, что это идет для польской армии… В настоящее время поляки проводят усиленную мобилизацию в “Армию Крайову” и собирают оружие… Кроме того, наличие этой “польской армии” дезориентирует местное население. Многие думают, что это польская армия Берлинга, и когда пришли заготовители от 3‐го Белорусского фронта в Ошмяны за продуктами, то им жители заявили, что они уже все задания по налогу выполнили в польскую армию Берлинга».