В ноябре 1949 г. группа немецких юристов, связанных с промышленниками из компании "Фарбен", включая Отто Амброса, попросила о встрече с Джоном Дж. Макклоем в его офисе, расположенном в бывшем здании "ИГ Фарбен" во Франкфурте. Здание IG Farben было захвачено армией США, когда войска вошли во Франкфурт в марте 1945 г., и с тех пор служило домом для армии США и различных американских правительственных организаций. Из окон огромного комплекса - крупнейшего офисного здания в Европе до 1950-х годов - открывался панорамный вид на Франкфурт, а также парковые зоны, спортивная площадка и пруд. В августе 1949 г. ОМГУС перенес свою штаб-квартиру из Берлина во Франкфурт, а вскоре после этого в комплексе IG Farben разместилась штаб-квартира верховного комиссара США. В сентябре 1949 года на сайте Макклой поселился в . На протяжении всей холодной войны в здании IG Farben находился офис ЦРУ. Оно располагалось несколькими этажами и дверями ниже офиса Макклоя.
Для американского гражданского лица, управлявшего оккупированной Германией , это было опасное время. Советский Союз только что взорвал свою первую атомную бомбу, на много лет раньше, чем прогнозировало ЦРУ. Вооруженные силы США находились в состоянии повышенной боевой готовности, и, пожалуй, нигде не было такого напряжения, как в Западной Германии. Во время ноябрьской встречи в офисе Макклоя в комплексе IG Farben немецкие юристы заявили Макклою, что если Западная Германия и США собираются двигаться вперед единым фронтом против коммунистической угрозы, то необходимо что-то сделать с заключенными в Ландсберге. По словам адвокатов, эти заключенные единодушно рассматривались немцами как "политические заключенные", и они сказали Макклою, что он должен помиловать их всех.
После встречи Макклой направил в юридический отдел Верховной комиссии союзников служебную записку с вопросом о том, имеет ли он, как верховный комиссар США, право пересматривать приговоры "после вынесения их военным трибуналом". В юридическом отделе ему ответили, что в отношении ландсбергских военных преступников он имеет право делать все, что считает нужным. В Америке Телфорд Тейлор, бывший генеральный прокурор Нюрнберга, узнав о том, что происходит в офисе верховного комиссара во Франкфурте, был возмущен. Он написал Макклою письмо, в котором напомнил, что нацистские военные преступники в Ландсберге "без сомнения, являются одними из самых преднамеренных, бесстыдных убийц всего Нюрнбергского списка, и любая идея о дальнейшем помиловании по их делам кажется мне не подлежащей обсуждению". По словам биографа Макклоя Кая Берда, Макклой так и не ответил на письмо .
Макклой создал официальный совет по рассмотрению приговоров военным преступникам - Консультативный совет по вопросам помилования военных преступников, известный как Peck Panel , по имени его председателя Дэвида В. Пека. Влиятельный бывший нацистский генерал-лейтенант Ганс Шпейдель лично обратился к Макклою. Шпейдель был одним из главных советников канцлера Конрада Аденауэра по вопросам перевооружения - весьма спорной теме, но тем не менее обсуждаемой. Младший брат Ганса Шпайделя, Вильгельм Шпайдель, был осужден в Ландсберге как военный преступник. Шпейдель сказал адъюнкту Макклоя в Бонне , "[Если] заключенные в Ландсберге будут повешены, то Германия как вооруженный союзник против Востока станет иллюзией". Канцлер Конрад Аденауэр в столь же агрессивной манере сказал Макклою то же самое, посоветовав ему предоставить " максимально возможное помилование для лиц, приговоренных к тюремному заключению".